Imunologie

Charakteristika studijního programu

Imunologie je dynamicky se vyvíjející obor integrující poznatky molekulární a buněčné biologie, fyziologie, reprodukční imunologie, histologie i funkční morfologie (v kontextu evoluce i ontogenese) do jediného celku, jehož pojítkem je imunitní systém. Ten je soustavou molekul, buněk a tkání podílejících se na imunitní odpovědi. Témata jako transplantace, alergie, imunitní nedostatečnost, autoimunita, imunosuprese, imunoterapie, či protinádorová imunita jsou typickými oblastmi zájmu imunologů. Imunologie pokrývá všechny úrovně biologického poznání od molekul (cytokiny, imunoglobuliny, receptory, signalizační molekuly), přes buňky (celá plejáda imunokompetentních buněk), celé organismy (zde jsou často využívány transgenní zvířecí modely) i společenstva (frekvence různých alergenů regulujících imunitní odpověď, evoluce imunitních mechanismů). Samostatnou emancipovanou součástí imunologie je imunologie klinická, pro kterou je objektem bádání imunitní systém člověka a poznání mechanismů jeho fungování vede k vývoji případných terapeutických aplikací.

Podmínky přijímacího řízení specifické pro studijní program

Podmínky a průběh přijímacího řízení pro kombinovanou formu studia jsou stejné jako podmínky pro prezenční formu.

Doporučujeme předem kontaktovat potenciálního školitele a konzultovat s ním vhodnou formu přípravy na přijímací pohovor. Každý studijní program má svá specifika, proto vám školitel může pomoci při přípravě na přijímací zkoušku (pohovor).

Témata disertačních prací

OR vypsala tato témata, k dispozici jsou i témata uvedená níže. Uchazeč si zvolí téma a kontaktuje potenciálního školitele. Společně s ním konzultuje zvolené téma a dohodne se na jeho přesnější specifikaci. V případě nejasností doporučujeme kontaktovat rovněž předsedu OR. Ten mu může podle potřeby doporučit konzultovat téma i s dalším specialistou podle zaměření zamýšleného projektu. 

Pokud uchazeč neví, jaké téma/jakého školitele si zvolit, kontaktuje předsedu OR, s nímž konzultuje vhodné téma a potenciálního školitele. 

Tato volba je předběžná, přijímací komise může po konzultaci s uchazečem navrhnout jiného školitele.

Témata prací

Školitelé studijního programu

Každý školitel musí být schválen OR. Kritéria pro přijetí nových školitelů si určuje OR. Pokud navrhovaný školitel není dosud schválen OR, musí tak být učiněno nejpozději do zápisu uchazeče do studia (za předpokladu, že uchazeč bude přijat). Seznam školitelů schválených OR naleznete zde. Po rozkliku se zobrazí pracoviště školitele a kontakt na něj.

Požadavky v průběhu studia

Cílem studia je pokročilé vzdělání v imunologii. Studenti by si měli osvojit široké znalosti z vědní oblasti, být schopni řešit svůj vědecký problém, měli by být kompetentní při provádění a plánování experimentů, být vyškoleni v psaní vědeckého textu a získat kvalifikaci, díky které by byli konkurenceschopnými kandidáty na pozice ve výzkumu, výuce a technologiích, a to v mezinárodním měřítku.

Studijní cíl 1

Student musí splnit nejméně tři studijní povinnosti (kurzy) a rozvrhnout je do prvních 3 let studia. Při přípravě návrhu individuálního studijního plánu (ISP) ke schválení oborovou radou ve studijním informačním systému Univerzity Karlovy (SIS) by student měl do tohoto plánu zahrnout dvě studijní studijní povinnosti podle vlastního výběru a dále předmět Rozprava k tématu disertační práce, který je povinný.

Studenti si volitelné studijní povinnosti vyberou z níže uvedeného seznamu, případně po konzultaci se školitelem a schválení garantem další předměty či kurzy, které jsou pro ně vhodné s ohledem na projekt. Předpokladem pro zařazení kurzů je, že je student neabsolvoval v předchozích nebo souběžných programech studia.

Přednášky:

MPGS0054 Grant application strategy

MPGS0137 Advances in Immunology

MB151P146 Molecular Immunology

MB151P140E Functional Immunology

MB151P132 Immunology of Infectious Diseases

MB151P108 Clinical Cases in Immunology

MB151P107E Protein dynamics in development and cancer

MB150P90E Innate Immunity

MB150P14E Immunology

MB170P84 Evolutionary and Ecological Immunology

MB150P13 Regulační mechanismy imunity *

MB140P91 Molecular and Immunologic Mechanisms of Viral Pathogenesis

MB160P75E Parasite Immunology

MB151P80E Cytometry

MB150P89 Molekulární biologie rakoviny *

MB151P96 Fluorescent microscopy in cell biology *

MB151P129 Methods in Genomics

MB140P86 Methods of Functional Genomics

MB100P10 Biological Engineering - ImageJ Intensive course

MB100P01 Seeing is believing I - Everyday Microscopy for Biologists + MB100P02 Seeing is believing II - Advanced Microscopy for Everyone

MB151C05E Fluorescent histology

Advances in Molecular Biology and Genetics (IMG ASCR)   externí kurz (https://pokroky.img.cas.cz) Advances in Molecular Biology and Genetics (IMG ASCR)

(*) označené kurzy mohou být dostupné pouze v ČJ

Kurzy:

MB140C75E Fluorescence spectroscopy in biology

Mikroskopické metody v biomedicíně (Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.) https://www.img.cas.cz/2013/06/15613-mikroskopicke-metody-v-biomedicine/ (dle informací pro aktuální akademický rok)

Zpracování a analýza mikroskopického obrazu v biomedicíně (Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.) https://www.img.cas.cz/2016/04/26119-zpracovani-a-analyza-mikroskopickych-obrazu-v-biomedicine/ (dle informací pro aktuální akademický rok)

Transmision electron microscopy in life sciences (Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.) https://www.img.cas.cz/2015/02/21825-transmission-electron-microscopy-in-life-sciences/ (dle informací pro aktuální akademický rok)

Rozprava k tématu disertační práce

Rozprava k tématu disertační práce (nahrazuje státní doktorskou zkoušku) je kromě každoroční kontroly ISP důležitým kontrolním bodem studia. Podmínkou pro konání rozpravy je splnění dvou volitelných předmětů. Studenti mají povinnost zapsat si zkoušku nejpozději ve třetím roce studia. Doporučeným načasováním zkoušky je druhý semestr druhého roku studia nebo první semestr třetího roku. Nesplnění zkoušky do konce 3. roku je důvodem snížení hodnocení v rámci roční evaluace ISP. Rozprava prověřuje, zda student rozumí svému disertačnímu projektu a zda se orientuje v příslušné vědní oblasti.

Student předloží oborové radě písemné shrnutí dosavadních vědeckých výsledků projektu (v rozsahu 2 stran A4, písmo velikosti 11, řádkování 1,5), podepsané studentem i školitelem, nejméně 7 pracovních dní před konáním zkoušky. Shrnutí musí obsahovat:

1. cíle projektu (včetně případných změn)
2. dosud získané výsledky
3. seznam publikací (pokud existují)
4. plánované cíle a přístupy další práce

Neodevzdání shrnutí v požadovaném termínu bude důvodem k nepřipuštění k Rozpravě.

Součástí Rozpravy je ústní prezentace doktorského projektu (v délce 15 minut) připravená v programu PowerPoint, následovaná diskusí v rozsahu přibližně 45 minut. Komise hodnotí především hloubku a šíři znalostí v oboru imunologie, se zvláštním důrazem na oblasti související s disertačním projektem. Účast školitele, případně jeho zástupce, je povinná.

V případě zásadních výhrad k průběhu Rozpravy si oborová rada vyhrazuje právo požádat o zopakování předmětu v určeném časovém horizontu.

Tento nový formát státní doktorské zkoušky (SDZk) si mohou dobrovolně zvolit i studenti, kteří zahájili studium před akademickým rokem 2025/2026. Pokud se student rozhodne pro nový formát zkoušky, je nutné tuto volbu před podáním přihlášky projednat se svým školitelem a informovat o ní e-mailem garanta oboru a tajemnici programu (@email).

Studijní cíl 2

Stáže a návštěvy ve spolupracujících laboratořích

Studenti vykonávají část své výzkumné práce nebo kurzu v zahraniční instituci po dobu nejméně jednoho měsíce nebo se přímo účastní jiných forem mezinárodní spolupráce, jako je účast na mezinárodním tvůrčím projektu s výsledky publikovanými nebo prezentovanými v zahraničí. Doporučovanou formou je zahraniční vědecká stáž (celkem po dobu nejméně tří měsíců) s důrazem na pokročilé metodiky nebo nové přístupy/ modely.

Studijní cíl 3

Prezentace výsledků

Studenti jsou povinni se účastnit konference doktorských studentů, která je pořádána každý rok oborovou radou.  Studenti se aktivně podílejí na organizaci konference. Alespoň jednou za dobu studia jsou studenti povinni v rámci konference prezentovat výsledky svých projektů. Na konferenci jsou pozváni jak členové oborové rady, tak školitelé a jsou diskutovány výsledky projektů, metodické přístupy a otázky společného zájmu.

Doporučuje se aktivní účast na mezinárodních konferencích podle zaměření a možností školitelského týmu.

Disertační práce:

Publikační předpoklady:

Uchazeč musí být prvním autorem u jedné publikace přijaté v časopise s recenzním řízením indexovaných ve WoS (optimálně s IF nad mediánem oboru), možnost obhajoby disertační práce na základě publikace se sdíleným prvním autorstvím musí být ex ante komunikováno s oborovou radou. Ve výjimečných a oprávněných případech může oborová rada schválit obhajobu disertační práce bez přijaté publikace, v níž by byl uchazeč/ka uveden/a jako první autor. Podmínkou udělení výjimky je žádost garantovi oborové rady, která musí obsahovat:

1. Doporučující dopis od školitele
2. Životopis studenta
3. Každoroční hodnocení studenta ze systému SIS
4. Rukopis článku ve formátu BioRxiv

Garant poté předloží žádost radě ke schválení na individuálním základě.

Disertační práce:

Disertační práce by měla být psána jako stručná, objektivní a ucelená informace o vědeckých výsledcích studenta. Práce by měla umožnit recenzentům a komisi posoudit, zda uchazeč získal teoretické znalosti i metodické dovednosti jako předpoklad pro samostatnou vědeckou práci v oboru. Student by měl v práci postihnout vědecký problém i otevřené otázky projektu a formulovat na ně svoje nezávislé názory.

Disertační práce obsahuje:

a) Abstrakt – měl by shrnout cíle a výsledky projektu pro veřejnost, obsah by neměl překročit 500 slov.

b) Úvod – měl by být nastíněn jako stručný přehled současných znalostí vztahujících se k projektu. Doporučený rozsah je cca 20 stran standardního formátu rukopisu.

c) Metody a výsledky – V těchto částech by měly být podrobně popsány metody a výsledky experimentů prováděných studentem, které se nestaly součástí publikovaných prací / předložených rukopisů. Publikované práce / předložené rukopisy by měly být zahrnuty jako přílohy.

d) Shrnutí podílu práce autora/autroky na publikaci/publikacích

e) Diskuse – Tato část dává autorovi příležitost představit své nezávislé názory na výsledky a jejich význam. Měla by odrážet úroveň znalostí k datu odevzdání práce a měla by uvádět relevantní literaturu obsahující jak podporující, tak případně protichůdné výsledky. Minimální délka je 10 stran.

f) Shrnutí – shrnutí hlavních výsledků. Doporučená délka je 1 strana.

g) Doprovodné oddíly – seznam zkratek, seznam odkazů, případné informace o depozitářích dat nebo webových stránkách, prohlášení popisující roli žadatele v publikovaných pracech, včetně podrobného prohlášení o jeho úloze při přípravě textů publikací.

h) Publikace a předložené rukopisy, které obsahují výsledky získané studentem.

Text v částech a) až f) by měl být napsán studentem a nesmí být obsažen jinde. Text nelze kopírovat, a to ani jeho část, z publikací v oddíle g) ani z jiných textů. Text může být psán v angličtině, češtině nebo slovenštině. Formátování textu, obrázků, tabulek a doprovodných údajů by mělo být v souladu s pravidly relevantního časopisu, například toho, kde byl publikován jeden z autorových článků.

OR nevyžaduje autoreferát. OR rovněž nevyžaduje listinnou kopii dizertační práce - dizertace se odevzdává pouze elektronicky v SIS.

Profil absolventa studijního programu

Absolvent má výborné imunologické znalosti, a to v plné šíři od teoretických molekulárních a buněčných základů, přes praktické metodické aspekty experimentální imunologie až po základy klinické imunologie. Kromě specializovaných znalostí imunologie v užším slova smyslu má dobré teoretické znalosti a základní praktické experimentální dovednosti v příbuzných oborech molekulární a buněčné biologie, biochemie a mikrobiologie. Po vypracování doktorské práce je dobře prakticky obeznámen se specializovanými experimentálními metodami, prací s odbornou literaturou a s obecnými principy vědecké práce včetně hlubokého porozumění etickým pravidlům. Je schopen samostatně řešit teoretické i praktické problémy se kterými se ve své výzkumné činnosti setká. Komunikuje plynně v termínech pokročilé vědecké angličtiny.

Předpokládané uplatnění absolventů

Absolvent se uplatňuje především ve vědeckých i pedagogických pozicích na domácích i zahraničních vysokých školách a ve vědeckých ústavech zabývajících se základním a aplikovaným mikrobiologickým výzkumem nebo příbuznými obory a také ve stejně zaměřených výzkumných a technologických centrech. V neakademické sféře se uplatňuje v aplikovaném výzkumu na vývojových pracovištích a podnikových laboratořích například v oblastech: biotechnologická a farmaceutická produkce, klinická mikrobiologie - molekulární a biochemická diagnostika infekčních nemocnění, potravinářská mikrobiologie, bioremediace, vodohospodářství.