(doc. MUDr. Anna Součková, CSc.)
Na rozdíl od dosud představených ústavů vznikal ústav lékařské mikrobiologie postupně v průběhu několika let ze dvou klinické praxi sloužících provozů – z diagnostické mikrobiologické laboratoře vybudované při dětských klinikách na Karlově (v roce založení FDL UK ji vedla Dr. Šťastná) a z mikrobiologické laboratoře motolské nemocnice (prim. Dr. Lexa). V roce 1959 se výuky mikrobiologie pro posluchače FDL UK ujal docent MUDr. Vladimír Kubelka, který byl pracovníkem ústavu pro lékařskou mikrobiologii a imunologii tehdejší FVL UK, jehož pracovníci zajišťovali i praktickou výuku. Při osamostatnění oboru, který spadal pod katedru patologické anatomie a mikrobiologie vedené prof. Benešovou, byl za přednášky i zkoušky odpovědný tehdy habilitovaný docent, později profesor Potužník, tehdy ještě externista. Praktická cvičení probíhala v prostorách biochemického oddělení fakultní nemocnice Pod Petřínem. V roce 1970 se laboratorní úsek mikrobiologického oddělení přestěhoval do budovy nalezince a v roce 1976 do areálu motolské nemocnice. Roku 1983 se vedení ujal profesor Potužník, jeho zástupcem se stal v roce 1982 habilitovaný doc. MUDr. O. Lochmann, který se také podílí na výuce mediků. Ústavem se oddělení stalo v roce 1988, v roce 1990 k němu byla připojena i virologická laboratoř zaniklého Ústavu výzkumu vývoje dítěte. Téhož roku se přednostou ústavu stala doc. MUDr. A. Součková, CSc.
Je typické, že práce oddělení a později ústavu lékařské mikrobiologie má vysloveně klinickou orientaci. Trvalé a pevné spojení pedagogické práce učitelů s každodenní rutinní praxí je trvalým zdrojem zkvalitňování výuky. Původně směrovaná výuka k pediatrické problematice se postupně rozšířila na celou bakteriologii a parazitologii a po připojení virologické laboratoře i na virologii, takže pokrývá obor v celém rozsahu. Porovnání práce ústavu s analogickými pracovišti ostatních lékařských fakult jednoznačně dokládá převahu koncepce oboru jako klinické mikrobiologie s výrazným akcentem na úzkou spolupráci laboratorních pracovníků s pracovníky klinickými. Výukový a výchovný dosah tohoto pojetí oboru je zřejmý. Rozsah výuky rozšiřuje možnost vyučovat klinickou mikrobiologii jako volitelně povinný předmět ve 4. ročníku (mikrobiologie povinná se přednáší ve 4. a 5. semestru).
Výzkumnou práci limitovaly nedostatky prostorové, i v laboratorním zařízení. I přesto se zásluhou budovatele ústavu prof. Potužníka a jeho zástupce doc. Lochmanna systematicky rozvíjela. Tradičně jsou v ústavu řešeny otázky patogenity různých kmenů Escherichia coli, velmi záhy se pracoviště zapojilo do řešení problematiky patogenního působení Helicobacter pylori při vzniku chronické gastritidy a vředové choroby. Zvláštní pozornost se věnuje otázce imunologické odpovědi na antibiotika a možnostem jejího včasného průkazu metodami in vitro. Ústav lékařské mikrobiologie 2. LF UK je všeobecně uznávaným pracovištěm, které zásadním způsobem ovlivňuje antibiotickou politiku v naší republice.
Virologické oddělení ústavu lékařské mikrobiologie (doc. MUDr. Karel Vaněček, DrSc.) vzniklo, jak už bylo uvedeno, z virologické laboratoře bývalého Ústavu výzkumu vývoje dítěte FDL UK. Ta byla jednou z prvních laboratoří tohoto ústavu vůbec (1956). MUDr. Jiří Holý se v ní tehdy zabýval výzkumem syndromu náhlého úmrtí kojenců a malých dětí. Při laboratoři vybudovaný dokonalý zvířetník pro menší laboratorní zvířata pak sloužil pracovníkům mnoha dalších pracovišť na Karlově. Další výzkumnou tématikou laboratoře byly otázky těžkých respiračních onemocnění a epidemiologie respiračních infekcí virového původu v uzavřených dětských kolektivech. Po přestěhování do motolské nemocnice se soustředil zájem laboratoře na studium výskytu herpetických virů u dětí a na jejich vztah k některým krevním onemocněním, zvláště lymfoblastické leukemii a chorobě Hodgkinově. Po Dr. Holém převzal vedení laboratoře Dr. Vaněček (1980), který se věnoval otázce tvorby endogenního interferonu u dětí za různých fyziologických i patologických stavů. Po spojení laboratoře s ústavem lékařské mikrobiologie se už jako jeho oddělení zapojilo do výuky mikrobiologie, ale také zavádí moderní vyšetřovací metody pro diagnostiku herpetických virů pro potřeby klinických pracovišť.
