Doktorské studijní programy

Cílem studia ve studijním programu Biochemie a patobiochemie je připravit studenta na samostatné vědecké objasňování molekulárních principů životních dějů v lidském organizmu, jejich řízení a molekulárních mechanizmů jejich poruch.
Biochemie a patobiochemie se zabývá problematikou biomakromolekul, tj. bílkovin a enzymů, polysacharidů, lipoproteinů a nukleových kyselin, jakož i jejich stavebních jednotek a dalších významných nízkomolekulárních látek v živých soustavách (aminokyselin, peptidů, sacharidů, lipidů, steroidů). Cílem oboru je i objasňování jejich vzájemné přeměny a jejich úlohy v buněčné signalizaci. Velmi důležitou oblastí je též výzkum nadmolekulárních buněčných struktur a jejich funkce. SP se soustřeďuje též na principy poruch uvedených struktur a jejich funkcí, tedy na molekulární podstatu vzniku, rozvoje a průběhu chorobných stavů. Významnou součástí studia je fyziologický a patogenetický význam reaktivních forem kyslíku a dusíku, předmětem SP jsou mechanizmy působení látek poškozujících nukleové kyseliny a biomembrány. Ve SP je věnována pozornost výzkumu poruch buněčné signalizace včetně kancerogeneze a atherogeneze. Molekulární podstaty dědičných a získaných metabolických poruch, mechanismů udržování stálého vnitřního prostředí (metabolické a iontové rovnováhy) a s tím spojených patologických odchylek. SP se též zabývá vývojem nových laboratorních diagnostických metod.

• Po přijetí vypracovat individuální studijní plán, jeho schválení školitelem a garantem programu
• Absolvování nejméně dvou kurzů organizovaných OR Biochemie a patobiochemie nebo Koordinační radou DSPB. 

Vybrané kapitoly z biochemie a patobiochemie (B90008)

Novinky v biomedicínském výzkumu (B90203)

Kurz základů vědecké činnosti 

Možnost uznat další kurzy organizované jinými obory na UK a AV ČR.

• Zkouška z anglického jazyka
• Státní doktorská zkouška (doporučena v 1.–2. roce studia, podmínky uvedeny níže).
• Účast na národních a mezinárodních sjezdech.

Doporučena alespoň jedna měsíční či delší zahraniční stáž.

Absolvování nejméně dvou kurzů organizovaných OR Biochemie a patobiochemie nebo jinýimi OR v rámci DSPB, zveřejněných na http://pdsb.avcr.cz po projednání se školitelem a na jeho doporučení.

• Jazyková zkouška z angličtiny. Oborová rada doporučuje typ jazykové zkoušky s mezinárodní platností (TOEFL, Cambridge), připouští se také vykonání jazykové zkoušky na Ústavu jazyků 2. LF UK a umožňuje i uznání státní jazykové zkoušky z angličtiny.
• Státní doktorská zkouška se koná zásadně vždy před odevzdáním a obhajobou disertační práce. 

Obecné biochemické okruhy

• Souvislost struktury, biomolekul s jejich vlastnostmi a funkcemi – bílkoviny, nukleové kyseliny, sacharidy, lipidy.
• Metabolizmus sacharidů a lipidů z hlediska bioenergetiky.
• Enzymy – mechanizmy působení, kinetika, regulace aktivity
• Biosyntéza a rozklad aminokyselin, jejich přeměny na specializované biomolekuly – porfyriny a žlučová barviva. Neurotransmitery, hormony.
• Biochemie přenosu genetické informace (enzymologie nukleových kyselin).
• Proteosyntéza
• Regulace genové exprese
• Molekulární principy intracelulární buněčné signalizace.
• Molekulární principy mezibuněčné komunikace.

Nadmolekulární biochemie

• Struktura membrán a buněčných organel
• Cytoskelet
• Extracelulární matrix
• Funkce buněčných organel (Golgiho aparát, endoplazmatické retikulum, lysosomy, mitochondrie, ribosomy)
• Membránový transport
• Buněčný cyklus a jeho regulace, nádorové bujení
• Apoptóza

Příklady speciálních okruhů (podle zaměření doktoranda)

• Izolace a purifikace biomolekul
• Imunochemické metody
• Sekvenování proteinů a nukleových kyselin
• Manipulace s nukleovými kyselinami, génové inženýrství
• Izolace buněk, buněčné kultury
• Spektrofotometrie

Další otázky dle tématu disertace – stanoveny zkušební komisí a školitelem.

Doporučená literatura:
Vysokoškolská učebnice lékařské biochemie např.
Harperova ilustrovaná biochemie, Murray R. K. a kol.
Medical Biochemistry, J. Baynes, M. Dominiczak
Molecular Biology of the Cell, Bruce Alberts

Prvoautorská publikace, PI grantu typu GAUK.

• Státní doktorská zkouška
• Nejméně dvě původní práce, týkající se tématu disertační práce se souhrnným impaktem alespoň jedna. Na jedné z nich je uchazeč uveden jako první autor. Připouští se společné prvouatorství s dalším spolupracovníkem, pokud publikace má IF alespoň 4,0. Minimální součet IF všech prací publikovaných doktorandem musí být 1,0.
• Oborová rada vyžaduje autoreferát. ​

Biologie a patologie buňky je biomedicínský vědní obor zaměřený na stavební a funkční charakterizaci jednotlivých buněk a jejich vzájemnou součinnost při stavbě tkání a orgánů. Předmětem studia je tedy v první řadě buňka samotná na různých úrovních její funkční organizace, přičemž se přihlíží i k vzájemnému provázání strukturně-funkčních úrovní, které udržují buňku jakožto základní stavební a funkční jednotku mnohobuněčných organizmů vč. člověka.

Cílem studia ve studijním programu Biologie a patologie buňky je připravit studenta k samostatné vědecko-výzkumné práci směřující k objasnění dynamiky, vzájemných vztahů a funkčně-strukturální charakteristiky buněk a tkání za normálních – fyziologických okolností a při patologických procesech, jakož i při jejich modelování.

1. Po přijetí vypracovat individuální studijní plán (ISP), který musí být schválen školitelem a garantem programu.
2. Po uplynutí každého akademického roku provést spolu se školitelem hodnocení ISP a odevzdat tento ISP v příslušných termínech k dalším posouzení OR a ke schválení garantem programu.
3. Absolvování těchto kurzů:

• Pokroky v biologii buňky (B90019) – kurz povinný – organizován OR Biologie a patologie buňky
• Pokroky v molekulární biologii a genetice (B90041) – kurz povinný – pořádá ÚMG AV ČR

Doporučují se případně jakékoliv další kurzy organizované oborovými radami se zaměřením blízkým k studentovu programu. Je vhodné zařadit také kurzy pořádané Univerzitou či Akademií věd, kde student získá vědomosti a dovednosti nezbytné pro úspěšnou prezentaci výsledků, práci s odbornou literaturou a vědeckými databázemi a pro získávání grantů.

4. Jazyková zkouška z angličtiny (zkouška na Ústavu jazyků 2. LF UK, státní jazyková zkouška nebo mezinárodně uznávaná jazyková zkouška, např. TOEFL, Cambridge Certificate). Další světové jazyky jsou nepovinné.

5. Státní doktorská zkouška

• Účast na národních a mezinárodních sjezdech.
• Je doporučena výuka pregraduálních studentů.

Předpokládá se alespoň jedna měsíční či delší zahraniční stáž. Lze nahradit účastí na mezinárodním grantu nebo jinou formou přímého zapojení do spolupráce se zahraničím, podle možností a uvážení školitele.

• Zkoušku je nutno skládat před odevzdáním disertační práce a po splnění podstatné části individuálního studijního plánu. Je doporučena aspoň jedna publikace k tématu disertace s autorským podílem studenta.
• Absolvování obou povinných kurzů: Pokroky v biologii buňky a Pokroky v molekulární biologii a genetice.
• Jazyková zkouška z angličtiny. Oborová rada doporučuje typ jazykové zkoušky s mezinárodní platností (TOEFL, Cambridge), připouští se také vykonání jazykové zkoušky na Ústavu jazyků 2. LF UK a umožňuje i uznání státní jazykové zkoušky z angličtiny.

Průběh zkoušky
V první části zkoušky přednese student zhruba 15 minutovou přednášku o vlastních výsledcích vědecké práce dosažených během dosavadního studia. Poté členové komise požádají studenta o zodpovězení otázek souvisejících s dosaženými výsledky. V druhé části zkoušky student odpovídá na 3 otázky, které si vylosoval ze zveřejněného seznamu otázek, které pokrývají tyto základní tematické okruhy:

Prvoautorská publikace. Podíl na výzkumném grantu.

• Splnění všech výše zmíněných studijních povinností vč. složení státní doktorské zkoušky.
• Autorství (spoluautorství) minimálně dvou původních vědeckých prací k tématu disertační práce publikovaných nebo přijatých k publikaci v mezinárodně uznávaném časopise s impakt-faktorem (Web of Science), alespoň u jedné publikace musí být student prvním autorem.

• Oborová rada vyžaduje autoreferát.

Biomedicínská informatika je rychle se vyvíjející obor, jehož náplní je zejména využití počítačů a informačních technologií (IT), systémového přístupu, statistiky a epidemiologie a matematických metodologií v medicíně.

Biomedicínská informatika prochází stálým vývojem, v současnosti je zaměřena na tyto hlavní oblasti: oblast podpory klinického rozhodování, biomedicínské statistiky, robotiky, počítačového modelování, zpracování obrazu a na oblast medicínských informačních systémů. V klinické medicíně jde o tyto oblasti: klinické výpočty, analýza obrazu, problematika biosignálu, počítačové modelování, umělá inteligence (včetně expertních systémů), podpora rozhodování, problematika statistiky a biometrie, klasifikace v medicíně, počítače v řízení přístrojů, robotika a umělé orgány. V oblasti informačních systémů je řešena problematika jejich implementace v prostoru zdravotnictví, specifické otázky ochrany dat a etických problémů a tvorba nemocničních informačních systémů. V oblasti teoretické medicíny jde zejména o modelování fyziologických funkcí a problematiku bioinformatiky.

• Absolvování dvou kurzů. Povinný je nejméně jeden z kurzů této oborové rady: Biomedicínská statistika a informatika, Modelování fyziologických funkcí nebo Klinická informatika a bioinformatika.

Druhý kurz může volit student z kurzů jiných oborových rad v rámci "Biomedicíny" nebo také některého z dále uvedených kurzů (2 kurzy UTIA ČAV).

• Součástí studijního plánu je rovněž zkouška z angličtiny (zkouška na Ústavu jazyků 2. LF UK, státní jazyková zkouška nebo mezinárodně uznávaná jazyková zkouška, např. TOEFL, Cambridge Certificate).
• Průběžné dílčí zpracování problémů zadané práce a publikace dílčích výsledků.
• Hodnocení doktoranda je prováděno průběžně při konzultacích a pohovorech podle ISP.

B90206 Biomedicínská informatika a statistika pro doktorandy
B90246 Modelování fyziologických funkcí
B90277 Klinická informatika a bioinformatika
B90182 Modelování biomedicínských systémů
B90072 Fyziologické regulační systémy v normě a patologii
B90278 Modelování procesů ve zdravotnických informačních systémech
NPGR029 Variační metody ve zpracování obrazu (organizuje ÚTIA AV ČR)
NPGR032 Digitální zpracování obrazu (organizuje ÚTIA AV ČR).

• Absolvování dvou výše uvedených kurzů.
• Publikace či odeslání 1 IF článků k tématu práce.
• Zkouška z anglického jazyka

• Student předloží rešeršní práci k problematice disertace a nastíní teze práce.
• Ty obhájí v kvalifikované diskuzi.
• Odpoví na dvě teoretické otázky. Studenti si mohou vybrat buď dvě otázky z informatiky, nebo jednu ze statistiky a jednu z informatiky.

Informatika

1. Data, informace, znalosti, pojem entropie
2. Rozhodování v medicíně, specifita, senzitivita, prediktivní hodnota
3. Expertní systémy a umělá inteligence v medicíně
4. Biomedicínské informační zdroje
5. Internet v medicíně, hodnocení kvality zdravotnické informace
6. Bayesovské a neuronové sítě, jejich rozdělení
7. Teorie rozhodování v medicíně, systémy pro podporu rozhodování
8. Kybernetická bezpečnost a ochrana dat v medicíně, elektronický podpis
9. Elektronický zdravotní záznam, lékový záznam
10. Struktura a principy informačních systémů ve zdravotnictví
11. Datové sítě ve zdravotnictví.
12. Klasifikace a nomenklatury v medicíně
13. Datamining v medicíně
14. Matematické modelování v biomedicíně
15. Medicína založená na důkazech, translační medicína
16. Klinické studie a jejich principy a klasifikace
17. Lékařská doporučení a jejich formalizace
18. Analýza biologických signálů, základní pojmy, klasifikace biologických signálů
19. Základní principy analýzy obrazu v medicíně
20. Telemedicína, základní principy
21. Bioinformatika, základní principy
22. Zdravotní pojištění, úhrady zdravotní péče a jich optimalizace
23. Národní zdravotnický informační systém

Medicínská statistika

Vypracování disertační práce na určené téma na požadované úrovni a doložení impaktovaných publikací v přihlášce k obhajobě disertace. Po splnění podmínky dvou IF publikací (předložení opublikovaných článků či potvrzení o přijetí článků) a složení státní doktorské zkoušky je student připuštěn k obhajobě.

Oborová rada vyžaduje autoreferát.

Absolvent doktorského studia je profesionálně připraven a vybaven znalostmi a dovednostmi pro řešení vědecko-výzkumných otázek z oblasti základního i aplikovaného výzkumu v biomechanice a práci ve všech oblastech výzkumu a vývoje, kde se uplatňuje biomechanický aspekt. Je schopen komunikovat se širší vědeckou komunitou v rámci své specializace; prokázal inovační schopnost, akademickou a odbornou integritu a dodržování zásad etiky vědecké práce; publikační činností prokazuje schopnost kritické analýzy, vyhodnocení a syntézy nových a komplexních myšlenek v oboru; je rovněž připraven pro vysoce kvalifikovanou a specializovanou práci ve vzdělávacích institucích a v institucích státní a veřejné správy.

Student musí splnit dva povinné předměty a dále volitelné předměty, tak aby součet jejích přidělených hodnot dosáhl 12 bodů, dále požadavky na tvůrčí činnost a absolvování zahraniční stáže. Povinnými předměty jsou Aplikovaná biomechanika (3 body) a Výzkumné metody v biomechanice (3 body). Volitelné předměty musejí být zvoleny dle výčtu volitelných předmětů schválených OR. Volitelné předměty v rozsahu 3 bodů může student splnit z volitelných předmětů mimo zveřejněný seznam po schválení OR.Zvolené předměty musí student splnit do konce čtvrtého semestru studia.

Volitelné předměty: Aplikovaná biomechanika v silovém tréninku, Biomechanické hledisko diagnostiky pohybů člověka, Diagnostika posturální stability a inverzní dynamiky těla, Ergonomie a analýza pohybu, Modelování a simulace pro protetiku a ortotiku, Rehabilitační inženýrstv,í Robotika v rehabilitačním inženýrství, Výzkum kondičních a technických aspektů výkonu v ledním hokeji, Biomechanika pohybového systému člověka, řízení pohybu, Kinematická analýza lidského pohybu, Kineziologie Svalové a kloubní reakční síly u pohybů člověka, Využití numerického modelování v biomechanice.

Student se dále musí zapojit do chodu pracoviště svého školitele a případně dalších pracovišť relevantních k jeho studijnímu plánu, kde bude uplatňovat načerpané teoretické znalosti a rozšiřovat své praktické dovednosti při návrhu a organizaci experimentů, zpracování dat a jejich interpretace v rámci vlastní práce. Dále se bude podílet na výuce u pregraduálního studia a vedení pregraduálních závěrečných studentských prací. Další nedílnou součástí práce studenta je pomoc při tvorbě výukových podkladů formou přednášek, workshopů a lekcí. 

Student musí během doby svého studia absolvovat semestrální (tříměsíční) stáž na zahraničním pracovišti, které je relevantní k řešení jeho disertační práce. Doba zahraniční stáže může být přerušovaná a nebo kombinovaná s více zahraničními pracovišti, kdy bude u každé vykazované stáže uveden konkrétní výstup v kontextu řešení disertační práce. Výběr odborného pracoviště bude z řad spolupracujících institucí, nebo dle vlastního výběru studenta v návaznosti na realizaci jeho disertační práce. 

• Přehled kurzů

• Semináře

Státní doktorskou zkoušku mohou absolvovat studenti, kteří splnili všechny své zvolené předměty dle studijního plánu, kdy nejzazší termín pro splnění státní doktorské zkoušky je do konce 5 semestru. 

Státní doktorská zkouška je členěna do tří okruhů: 

1. buněčné a tkáňové biomechaniky  
2. biomechaniky orgánových soustav a biologických náhrad
3. biomechanických principů pohybu. 

Komise pro státní doktorskou zkoušku a poté obhajobu disertační práce je složena z nejméně pěti členů, kdy každá oblastí vzdělávání studijního programu bude zastoupena alespoň jedním odborníkem. Další členové komise budou zvoleni dle konkrétního zaměření nebo specializace studenta. 

Výčet povinné tvůrčí činnosti

• 2 x prezentace na konferenci formou posteru nebo ústní prezentace
• 2 x recenzovaný článek jako první autor v časopise s impakt faktorem v databázi WOS
• 1 x recenzovaný článek jako spoluautor v časopise z batabáze Scopus nebo WOS včetně emerging sources
• 1 x podání grantové přihlášky

Specifikace tvůrčí činnosti

Prezentace na konferenci musí být realizována v průběhu studia na témata, která přímo souvisejí s tématem řešené disertační práce, přičemž jedna konference musí být mezinárodní. Publikované odborné články v recenzovaných časopisech mohou být formou systematické rešerše, literární rešerše nebo formou originálního článku na téma přímo související s řešením doktorské práce. Jako plnohodnotný recenzovaný článek není publikovaný dopis editorovi nebo rozšířený abstrakt ve sborníku s konferencí. Publikační činnost se realizuje přednostně v renomovaných vědeckých časopisech zejména v oborově specifických pro biomechaniku: Sports Biomechanics, Journal of Biomechanics, Acta of Bioingeneering and Biomechanics, Journal of Applied Biomechanics, Clinical Biomechanics, Gait and Posture, Journal of Electromyography and Kinesiology; Motor Control, Journal of Strength and Conditioning Research, Journal of Sport Science, Sports, Journal of Human Kinetics, V případě jiného časopisu lze oborovou souvislost vysvětlit a uznat OR.

Cílem studia Experimentální chirurgie je připravit studenta k samostatné vědecké i praktické práci v oboru. Studium doktorandům poskytne absolutní znalost teoretických oborů, znalost biologie buněk, farmakologie, imunologie, lékařské chemie a biochemie, fyziologie a patologie, základní laboratorní techniku i nejnovější laboratorní techniky v oboru, a především odbornou znalost v oblasti dětské chirurgie, gynekologie a porodnictví, chirurgie, neurochirurgie, očního lékařství, ortopedie, otorhinolaryngologie, plastické chirurgie, stomatologie a urologie. Absolvent je schopen postavit hypotézu vědecké práce, zvolit příslušné metody pro ověření hypotézy, dané úkony prakticky vykonat, vědecky vyhodnotit a následně dané výsledky publikovat ve vědeckých časopisech s impakt faktorem, přednášet na erudovaných konferencích, symposiích a kongresech. Absolvent má předpoklady pro dobré uplatnění v chirurgickém oboru a pro dosažení dalších vědecko-pedagogických titulů a podílení se na samotném rozvoji oboru.

• Kurz Experimentální chirurgie I. a II.

Kristýna Walterová
vedoucí sekretariátu
I. chirurgická klinika 1. LF UK a VFN
U Nemocnice 499/2, Praha 2
tel.: 224 962 215
e-mail: 

• Nutnost doložení absolvování 2 povinných kurzů v průběhu studia.
• Povinnost složení zkoušky z anglického jazyka.
• Publikace: Nutnost doložení nejméně dvou původních publikací s IF ve vztahu k tématu disertace. Nejméně u jedné z nich je doktorand 1. autorem. Součet IF všech publikací publikovaných doktorandem ve vztahu k disertaci (bez ohledu na pořadí autorů) musí být vyšší než 1. Jedna přehledová publikace s tématem disertace doktoranda publikovaná v časopise s recenzním řízením, kde doktorand je 1. autorem. Tato publikace musí být citována v hodnocení doktoranda nejpozději za 3. rok studia.

Doktorand si volí 2 teoretické okruhy, odborná zkouška je dána oborem, ve které doktorand působí. Otázky si „losují“. 

Při státní doktorské zkoušce budou položeny 2 otázky z obecné části a jedna otázka z daného oboru (gynekologie a porodnictví, chirurgie, oční lékařství, ortopedie, otorhinolaryngologie, stomatologie, urologie, plastická chirurgie, dětská chirurgie).

Obecná část:

Anatomie

1. Topografická anatomie hlavy
2. Topografická anatomie krku
3. Topografická anatomie zad
4. Topografická anatomie horní končetiny
5. Topografická anatomie dolní končetiny
6. Povrchové krajiny v obličeji
7. Trigonum submandibulare, trigonum caroticum
8. Regio cervicalis anterior
9. Štítná žláza a příštítná tělíska – syntopie, cévní zásobení
10. Regio cervicalis lateralis, fissura scalenorum
11. Fossa axillaris
12. Přehled hlavních cévních a nervových kmenů horní končetiny
13. Přehled hlavních cévních a nervových kmenů dolní končetiny
14. Mediastinum – členění, syntopie orgánů
15. Topografie hrudní stěny, cévní a nervové zásobení
16. Topografie přední stěny břišní, cévní a nervové zásobení
17. Topografie orgánů peritoneální dutiny – pars supramesocolica
18. Poloha a syntopie žlučníku a žlučových cest
19. Topografie duodena a pankreatu
20. Topografie orgánů peritoneální dutiny – pars anframesocolica
21. Retroperitoneum – topografie orgánů a velkých cév
22. Topografická anatomie mužské pánve
23. Topografická anatomie ženské pánve
24. Pánevní dno, regio perinealis
25. Topografie páteřního kanálu, lumbální punkce

1. Růstové faktory – přehled nejdůležitějších a mechanismy jejich účinků
2. Diferenciace a její poruchy; klonální složení tkání
3. Kmenové buňky, jejich biologie a aplikace
4. Extracelulární matrix – přehled základních komponent a jejich funkcí
5. Fibroplastické procesy – fysiologie a patologie
6. Kalcifikace – dělení a mechanismy vzniku
7. Nekrosa versus apoptosa
8. Současný pohled na nádorovou transformaci buňky
9. Buněčný cyklus
10. Patologie edémů – základní typy a jejich patofysiologické mechanismy
11. Ischemie – patofysiologie příčin a následků
12. Geneticky podmíněné thrombotické stavy
13. Geneticky podmíněné kardiomyopatie
14. Buněčné transplantace

1. Důvody používání léčiv a druhy farmakoterapie
2. Názvy léčiv a léků používané v seznamech o léčivech
3. Osud látek v organismu; klinická farmakokinetika
4. Farmakodynamika
5. Receptor-efektorové systémy a přenos signálu
6. Nežádoucí účinky léčiv; účelná farmakoterapie
7. Látky ovlivňující vegetativní nervový systém
8. Celková anestetika, periferní myorelaxancia a premedikace
9. Lokální anestetika
10. Hypnotika a antiepileptika
11. Analgetika
12. Psychofarmaka
13. Prokinetika a spazmolytika
14. Kardiotonika a antiarytmika
15. Antihypertenziva a vazoaktivní látky
16. Antikoagulancia
17. Antiastmatika a léčiva respiračního systému
18. Protiinfekční látky
19. Hormony
20. Cytostatika

1. Základní principy a mechanismy signální transdukce
2. Druhy signálů jakožto „materializované informace“
3. Specifita a „promiskuita“ signálních cest: jeden ligand, různé funkce versus různé ligandy obdobná funkce
4. Endokrinní, parakrinní a autokrinní signály: rozdílné funkční, patogenetické, diagnostické a therapeutické důsledky
5. Membránové receptory: struktura, funkce, mechanismy
6. Intracelulární receptory: struktura, funkce, mechanismy
7. „Netypické“ receptory: proteasami aktivované receptory, adhesní molekuly
8. Postreceptorová část signální transdukce. G proteiny, nereceptorové enzymové aktivity, receptorové substráty podílející se na signální kaskádě
9. Projekce signální kaskády na jadernou úroveň
10. Vztah signální transdukčních molekul a onkogenů/antionkogenů
11. Sdílení a křížení signální transdukčních cest; principy a příklady informačního kontexu
12. Signalizace regulující buněčnou proliferaci a diferenciaci
13. Regulace růstu v onkologii: transformace, invaze, metastasovaní, angiogenese
14. Příklady regulací metabolických dějů
15. Molekulární podstata zánětlivé reakce
16. Molekulární podstata kancerogeneze
17. Funkce a význam onkogenů a tumorsupresorových genů
18. Regulace genové exprese
19. Základní metody molekulární biologie, vhodnost použití jednotlivých metod v aplikovaném výzkumu a diagnostice

Patologická fyziologie (1)

1. Regenerace a reparace tkání. Hojení ran – biologie a patologie
2. Účast zánětové reakce při hojení ran
3. Účast tkáňové hypoxie při hojení ran
4. Účast tkáňové hypoxie v procesu růstu nádoru a indukci nových klonů
5. Mechanismus aktivace nebo utlumení genů hypoxií
6. Humorální faktory významné pro angiogenezi
7. Srovnání stagnační a ischemické hypoxie
8. Patofyziologické základy oxygenoterapie
9. Možné nepříznivé účinky inhalace kyslíku
10. Poškození tkání a orgánů při jejich konzervaci pro účely transplantace
11. Metabolické důsledky tkáňové hypoxie
12. Zánik buněk nekrózou a apoptózou v důsledku tkáňové hypoxie
13. Důsledky anémie na parciální tlaky v krvi a ve tkáních
14. Kompenzační reakce kyslíkového transportního mechanismu
15. Mechanismy vazodilatace v hypoxické tkáni a ve tkáni postižené zánětem
16. Patogeneze multiorgánového selhání
17. Patofyziologie septického šoku
18. Patofyziologie cirkulačního šoku
19. Řízená hypotermie
20. Acidifikace a alkalizace vnitřního prostředí
21. Změny v organismu vyvolané imobilizací
22. Mechanismy uplatňující se při rejekci transplantátu
23. Reakce štěpu proti hostiteli (GVHD)
24. Malabsorpční syndrom

Patologická fyziologie (2)

1. Definice bolesti, definice akutní a chronické bolesti
2. Typy bolesti (nociceptivní, neuropatická) a rozdíly mezi nimi
3. Receptory bolesti, faktory způsobující bolest
4. Percepce bolesti na míšní úrovni, Rexedovy míšní zóny, mediátory bolesti na míšní úrovni
5. Dráhy bolesti spinotalamické, spinoretokulotalamické a další dráhy, které ovlivňují bolest
6. Percepce bolesti na talamické úrovni
7. Percepce bolesti na úrovni mozkové kůry a mozku
8. Descendentní bolestivé systémy
9. Pohlavní rozdíly ve vnímání bolesti
10. Bolest a stres
11. Fantomová bolest
12. Viscerální bolest
13. Farmakologické léčení bolesti
14. Neurochirurgické zásahy proti bolestivým projevům
15. Rehabilitační metody, psychoterapie, anesteziologická intervence, při léčení bolesti
16. Paliativní medicína a bolest
17. Algoritmus léčby bolesti akutní a chronické
18. Nejčastější bolestivé syndromy a jejich léčba
19. Psychogenní bolest a její mechanismy
20. Endorfiny, enkefaliny a edomorfiny a jejich úloha v percepci bolesti

1. Poranění hrudníku a plic
2. Poranění jícnu, bránice, srdce a cév
3. Poranění jater, žlučových cest a sleziny
4. Poranění duodena a pankreatu
5. Poranění močového ústrojí
6. Deformity stěny hrudní
7. Bronchopulmonální malformace
8. Získaná plicní a pleurální onemocnění
9. Brániční kýly
10. Onemocnění jícnu
11. Gastroezofageální reflux
12. Nádory plic a hrudní stěny
13. Choroby mediastina
14. Nádory jícnu, žaludku, tenkého a tlustého střeva
15. Teratomy
16. Nádory jater a pankreatu
17. Nádory ledviny a nadledviny
18. Neuroblastom
19. Fimóza, parafimóza, balanitida, nádory varlete
20. Akutní skrotální syndrom
21. Onemocnění žaludku a duodena
22. Atrézie a stenózy tenkého a tlustého střeva
23. Malrotace
24. Mekoniový ileus a syndrom mekoniové zátky
25. Nekrotizující enterokolitida
26. Hirschsprungova choroba
27. Atrézie anorektální a kloakální malformace
28. Invaginace
29. Duplikatury střevního traktu
30. Meckelův divertikl
31. Apendicitida
32. Onemocnění žlučových cest
33. Portální hypertenze
34. Onemocnění pankreatu
35. Onemocnění sleziny
36. Gastroschíze a omfalokéla
37. Pupeční kýla, tříselná kýla, hydrokéla
38. Retence varlete

Gynekologie a porodnictví

1. Menstruační cyklus – endokrinologie, poruchy cyklu, diagnostika, léčba
2. Koncepce, vývoj a výživa, plod, vejce a jeho poruchy
3. Funkční změny orgánů v těhotenství
4. Endokrinní změny v těhotenství
5. Patofyziologie, diagnostika a léčba onemocnění prsu
6. Nádory děložního hrdla
7. Nádory
8. Nádory ovaria
9. Neplodnost ženy
10. Endometrioza
11. Poruchy pohlavní
12. Trofoblastická nemoc
13. Ranné a pozdní gestózy
14. Hypoxie plodu v těhotenství a za porodu
15. Prekancerozy reprodukčního systému
16. Poruchy metabolizmu glukózy v těhotenství
17. DIC v porodnictví
18. Ultrasonografie v porodnictví
19. Nepravidelný vývoj plodu a růstová retardace
20. Klimakterium
21. Genetika v porodnictví
22. Plánované rodičovství – antikoncepce
23. Záněty rodidel
24. Náhle příhody břišní v gynekologii
25. Náhle příhody břišní v porodnictví
26. Patofyziologie, diagnostika a léčba inkontinence moči

Histologie a embryologie

1. Přehled histologie trávicí trubice
2. Přehled histologie žláz trávícího systému
3. Přehled histologie oběhového systému
4. Přehled histologie lymfatického systému
5. Přehled histologie mužského pohlavního systému
6. Přehled histologie ženského pohlavního systému
7. Přehled histologie vylučovacího systému
8. Přehled histologie nervové tkáně a nervové soustavy
9. Přehled histologie smyslového systému  
10. Přehled histologie kůže a kožních adnex
11.  Přehled histologie endokrinního systému  
12. Přehled histologie dýchacího systému  
13. Přehled gametogeneze a fertilizace (klin.- chromosomální aberace, moly)  
14. První tři týdny vývoje zárodku a související vývojové vady  
15. Přehled vývoje trávicí soustavy a související vývojové vady  
16. Přehled vývoje pohybového systému a související vývojové vady  
17. Přehled vývoje j nervového systému a související vývojové vady  
18. Přehled vývoje dýchacího systému a související vývojové vady  
19. Přehled vývoje oběhového systému a související vývojové vady  
20. Přehled vývoje vylučovacího systému a související vývojové vady  
21. Přehled vývoje pohlavního systému a související vývojové vady  
22. Přehled vývoje hlavy a krku (faryngových oblouků a obličeje) a související vývojové vady  
23. Přehled vývoje smyslových ústrojí  
24. Přehled vývoje endokrinního systému a kůže

Chirurgie

• dělení
• způsob ošetření při první pomoci
• způsob ošetření definitivní

• tetanus
• plynatá sněť
• vzteklina

• klasifikace
• ošetření
• popáleninová nemoc

• dělení
• první pomoc a ošetření
• definitivní ošetření

• konzervativně
• osteosyntézy
• extenze
• zevní fixace

• definice
• postup ošetření
• komplikace

• pneumo a hemotorax
• zlomeniny žeber
• způsoby drenáží hrudníku

• klasifikace poruch vědomí
• zlomeniny lebky
• intrakraniální krvácení

• otevřené
• tupé
• hemoperitoneum

• organizace
• právní aspekty
• úspěšnost

11. Transplantace ledvin

12. Transplantace srdce

13. Kombinovaná transplantace

14. Transplantace plic

15. Transplantace jater

16. Transplantace pankreatu

• indikace
• výhody
• úskalí

• definice
• využití
• strategie léčby

• etiologie
• diagnostika
• způsoby léčení

• etiologie
• diagnostika
• způsoby léčení

• symptomatologie
• diagnostika
• způsoby léčení

• krvácení
• perforace
• stenózy

• obstrukční
• zánětlivé
• operační výkony

• akutní
• chronická
• indikace k chirurgické léčbě

• příčiny
• symptomatologie
• léčení

• příčiny
• příznaky
• léčení

• symptomatologie
• komplikace
• léčení

• hemateméza
• meléna
• enteroragie

• M. Crohn
• colitis ulcerosa
• divertikulitis

• poranění
• akutní uzávěr
• embolie

• trombóza
• embolie
• prevence
• léčení

• specifické typy chirurgických infekcí a antimikrobiální terapie

• poruchy objemu
• speciální poruchy elektrolytů
• acidobazická rovnováha
• zásady vodní a elektrolytové léčby

34. Racionální výživa u pacienta před a po operaci střeva, pankreatu, jater a nádorového onemocnění.

35. Ošetřování nemocných se zraněním

36. Chirurgie portální hypertenze

37. Kýly břišní stěny

38. Onemocnění nadledvin a indikace k chirurgické léčbě

39. Chirurgie štítné žlázy a hypofýzy

40. Chirurgie maligní onemocnění prsu

41. ICHS a její chirurgická léčba

42. Chirurgická léčba onemocnění tepen a žil DK

43. Diagnóza a chirurgické postupy při poruchách vědomí

44. Poranění mozku a míchy, smrt mozku

45. Nádorové onemocnění plic a mediatina a chirurgická léčba

Neurochirurgie

I.

I/1 Historie neurochirurgie

I/2 Urgentní stavy v neurochirurgii

I/3 Základy elektrofyziologie (EMG, EEG, EP)

I/4 Zobrazovací metody (CT, MRI, sonografie, AG, PMG) – princip vyšetření, senzitivita, specificita, algoritmus užití

I/5 Intrakraniální hypertenze (mechanizmy vzniku, diagnostika, léčba)

I/6 Monitorování stavu vědomí

I/7 Poruchy likvorodynamiky (hydrocefalus, diagnostika, terapie)

I/8 Monitorování vitálních funkcí a laboratorních hodnot na NCH JIP

I/9 Bolest – projev nemoci

I/10 Epileptický záchvat – projev onemocnění CNS

I/11 Neuromodulace (principy, aplikace, indikace)

I/12 Funkční neurochirurgie (principy, aplikace, indikace)

I/13 Radiochirurgie (principy, aplikace, indikace)

I/14 Stereotaxe (principy, aplikace, indikace)

I/15 Peroperační EF metody

I/16 Intervenční radiologie

I/17 Smrt mozku a transplantační program

II.

II/1 Klasifikace, klinika a algoritmus diagnostického a terapeutického postupu a intrakraniálních nádorů

II/2 Gliomy

II/3 Meningiomy

II/4 Metastázy

II/5 Selární nádory

II/6 Nádory pineální krajiny

II/7 Nádory koutu mostomozečkového

II/8 Nádory mozečkových hemisfér

II/9 Nádory kmene

II/10 Nádory komorového systému

II/11 Pooperační aktinoterapie a chemoterapie

II/12 Spinální nádory

II/13 SAK + mozková aneurysmata

II/14 Mozkové AVM + kavernomy

II/15 Ischemie mozku, karotická endarterektomie, extra-intrakraniální anastomóza

II/16 Intracerebrální krvácení hypertoniků

II/17 Karotido-kavernózní píštěl

III.

III/1 Kraniocerebrální poranění – klasifikace, algoritmus diagnostického a terapeutického postupu

III/2 Frontobazální poranění, zlomeniny lbi

III/3 Střelná poranění mozku

III/4 Poúrazové nitrolební hematomy

III/5 Difúzní axonální poranění

III/6 Poranění mozkových cév a hlavových nervů

III/7 Operační psotupy do nitrolebního prosotru a kranioplastika

III/8 Poranění míchy

III/9 Poranění periferních nervů

III/10 Entrapment syndromy a nádory periferních nervů

III/11 Infekční onemocnění mozku a míchy

III/12 Dětská neurochirurgie

III/13 Etiopatogeneza cervikobrachiálního sxyndromu, Chirurgická léčba výhřezů krčních meziobratlových plotének, Chirurgická léčba bederní stenózy

III/14 Etiopatogeneza cervikobrachiálního syndromu, Chirurgická léčba výhřezů krčních meziobratlových plotének, Chirurgická léčba osteofytů krční páteře

III/15 Spondylolistéza (algoritmus diagnostického a terapeutického postupu), Failed back surgery syndrom

III/16 Chirurgická léčba bolesti

III/17 Epileptochirurgie

Oční lékařství

1. Akomodace, presbyopie a její korekce
2. Refrakce oka, způsoby korekce, chirurgické a nechirurgické
3. Laserové a nelaserové refrakční zákroky a jejich komplikace
4. Dystrofie a denegenerace rohovky – klinika, léčba
5. Transplantace rohovky
6. Úrazy oka – první pomoc
7. Glaukom – diagnostika, typy glaukomu
8. Glaukom  - nechirurgická a chirurgická léčba
9. Oční projevy u DM
10. Léčba diabetické retinopatie
11. Diferenciální diagnostika haemophtalmu
12. Věkem podmíněná makulární degenerace – klinika, léčba
13. Odchlípení sítnice – klinika, léčba
14. Jiná onemocnění sítnice
15. Katarakta – léčba, komplikace
16. Nitrooční nádory dospělých
17. Geneticky podmíněná oční onemocnění
18. Systémové choroby a oko
19. Červené oko - diferenciální diagnostika
20. Bolesti oka – diferenciální diagnostika
21. Zhoršení a ztráta zraku – diferenciální diagnostika
22. Vrozené anomálie oka
23. Amblyopie
24. Oční nádory u dětí
25. Leukokorie – diferenciální diagnostika
26. Obrny okohybných nervů – klinika, diagnostika, léčba  
27. Patologie zornice
28. Neurititida zrakového nervu – klinika, diagnostika, diferenciální diagnostika
29. Nádory a chirurgie očnice
30. Vyšetření zorného pole, patologické nálezy – diferenciální diagnostika

Ortopedie

Coxarthrosis

Projevy zánětlivých revmatických chorob na pohybovém aparátu a jejich chirurgická léčba

Vadné držení těla a skolióza

Benigní nádory pohybového aparátu

Maligní nádory pohybového aparátu

Endoprotetika obecně, druhy kloubních náhrad

Umělé náhrady kolenního kloubu

Umělé náhrady kyčelního kloubu

Preartotické stavy, sekundární artróza

Osteoartróza kolenního kloubu a její léčení

Úžinové syndromy horní končetiny

Choroby svalů, šlach a aponeuróz 

Aseptické kostní nekrózy

Specifické záněty pohybového ústrojí

Metastatické postižení skeletu

Nespecifické záněty kostí a kloubů

Vertebrogenní algický syndrom

Vrozená dysplazie kyčelního kloubu

Entezopatie a tendovaginity

Diferenciální diagnostika bolesti ramena

Otorhinolaryngologie

1. Nádory slinných žláz
2. Nádory dutiny nosní a VDN
3. Karcinom nosohltanu
4. Karcinom orofaryngu
5. Karcinom dutiny ústní
6. Karcinom laryngu
7. Karcinom hypofaryngu
8. Maligní nádory štítné žlázy
9. Uzlinové metastázy dlaždicových karcinomů hlavy a krku
10. Nádory mostomozečkového koutu a pyramidy
11. Diferenciální diagnostika rezistence na krku
12. Poruchy rovnováhy - diagnostický postup
13. Diferenciální diagnostika poruch rovnováhy
14. Periferní vestibulární syndrom
15. Akutní středoušní zánět
16. Chronický středoušní zánět
17. Komplikace středoušního zánětu
18. Otoskleróza
19. Tympanoplastické operace
20. Sanační operace ucha
21. Vyšetření sluchu
22. Diferenciální diagnostika nedoslýchavosti
23. Možnosti rehabilitace nedoslýchavosti a hluchoty – konzervativní a chirurgické
24. ORL aspekty obrny lícního nervu
25. Akutní tonzilitida a její komplikace
26. Chronická tonzilitida a vegetationes adenoideae
27. Akutní záněty hrtanu
28. Chronické záněty a přednádorové stavy hrtanu
29. Diferenciální diagnostika omezení nosní průchodnosti
30. Akutní rinosinusitida a její komplikace
31. Chronická rinosinusitida
32. FESS – koncepce, indikace, komplikace
33. Epistaxe
34. Poranění obličejového skeletu
35. Nádory příštítných tělísek
36. Poruchy polykání diagnostika a léčba
37. Obstrukční syndrom spánkové apnoe

1. Základní charakteristika přirozené imunity
2. Základní charakteristické rysy adaptivní imunity
3. Buňky předkládající antigeny
4. Interakce mezi T a B lymfocyty
5. Kooperace buněk v imunitní odpovědi
6. Adhezivní molekuly a jejich funkce
7. Specifické cytotoxické reakce
8. Komplementový systém a jeho úlohy v zánětlivé reakci
9. Buňky uplatňující se v reakcích přecitlivělosti
10. Fenomen MHC restrikce
11. Základní charakteristika cytokinů
12. Úloha cytokinů v adaptivní imunitě
13. Rozpoznávací struktury imunokompetentních buněk
14. Interferony a jejich funkce
15. Funkce protilátek v infekčním prostředí procesu
16. Mechanismus účinku cytokinů
17. Úloha buněčné imunity v obraně organizmu
18. Typy imunopatologických reakcí
19. Úloha adhezivních molekul v zánětu
20. Mechanismy autoimunitního poškození tkáně
21. Společný slizniční imunitní systém
22. Regulační funkce T lymfocytů
23. Subpopulace T lymfocytů
24. Imunopatologická reakce zprostředkovaná IgE
25. CD4+T lymfocyty a jejich funkce
26. Autoprotilátky orgánově nespecifické
27. Autoprotilátky orgánově specifické
28. Rizika vzniku autoimunity
29. Úloha cytokinů v přirozené imunitě
30. Dělení cytokinů podle funkce
31. Úloha kostimulačních molekul při aktivaci T lymfocytů

Plastická chirurgie

Všeobecné:

Kůže – vlastnosti, štěpy, laloky

Muskulární a muskulokutánní laloky

Základy mikrochirurgie

Základy transplantační techniky – kůže, tuk, fascie, šlachy, svaly, chrupavka, kost, perif. nervy

Keloidní a hypertrofické jizvy

Zásady ošetření poranění (termické, el. proudem, radiací)

Obličej:

Poranění obličeje

Rhinoplastika

Paresa n. facialis

Blefaroplastika, face lift

Kraniofaciální chirurgie

Rozštěpy, kraniofaciální syndromy

Nádory hlavy, krku a kůže

Nádory kůže benigní, maligní

Laloky v oblasti obličeje

Trup a dolní končetiny

Proleženiny

Estetické operace prsů, rekonstrukce prsu

Abdominoplastika

Genitál-vrozené+získané vady, rekonstrukce

Ruka

Relantace a revaskularizace horní končetiny

Základy ošetření poranění ruky

Poranění flexorového a extenzorového aparátu ruky, Dupuytrenova kontraktura

Vrozené a získané vady v oblasti ruky

Infekce v oblasti ruky

Stomatologie

1. Jednotlivá stadia vývoje dočasných a stálých zubů a jejich význam pro pedostomatologickou praxi.

2. Materiály a postupy používané při konzervačním ošetření chrupu u dětí,

3. Příprava dítěte ke stomatologickému ošetření (psychologická, medikamentózní, sedace Midazolamem) a indikace k ošetření v celkové anestézii.

4. Výplňové materiály v záchovné stomatologii – popis, indikace (amalgám, kompozitní pryskyřice, sklopolyalkenoát).

5. Zubní kaz, příčiny, teorie vzniku, dělení, vyšetření a terapie.

6. Anatomie a fyziologie zubu. Tvrdé zubní tkáně, pulpa.

7. Endodontické ošetření zubu – indikace, KI, postup opracování.

8. Onemocnění zubní dřeně a periapikální oblasti – dělení, diff.dg., příznaky, terapie.

9. Primární, sekundární a terciární prevence v záchovné stomatologii.

10. Vyšetření a diagnostika v parodontologii.

11. Plán léčení nemocí parodontu – iniciální fáze.

12. Zásady chirurgického a protetického ošetření v parodontologii.

13. Vyšetření sliznice dutiny ústní.

14. Nejčastější onemocnění sliznice dutiny ústní.

15. Klasifikace defektů chrupu z protetického hlediska.

16. Význam protetického ošetření (rehabilitace, korekce, dlahování).

17. Rozdělení fixních náhrad.

18. Rozdělení snímacích náhrad.

19. Hlavní a pomocné materiály v protetice.

20. Etiologie a prevence ortodontických anomálií.

21. Kraniofaciální vývoj a růst.

22. Ortodontická diagnostika.

23. Typy ortodontické léčby.

24. Ortodonticko – chirurgická léčba u čelistních anomálií.

25. Zánětlivá onemocnění kolem čelistních prostorů. Příčiny, klinický obraz, principy léčení.

26. Úrazy obličeje. Příčiny, klinický obraz, principy léčení.

27. Základní druhy čelistních a obličejových anomálií. Stručný přehled možných příčin, diagnostika, principy léčení.

28. Nádory úst a obličeje. Stručná klasifikace, diagnostika, principy léčení. Onkologická prevence.

29. Biomateriály a řízená tkáňová regenerace.

30. Obličejové bolesti.

Urologie

Klinická anatomie a vývoj močového ústrojí a mužského pohlavního ústrojí

Vrozené vývojové vady ledvin, pánvičky ledvinné a močovodu. Diagnostika a léčba.

Vrozené vývojové vady močového měchýře a močové trubice. Diagnostika a léčba.

Vezikoureterální reflux

Infekce močových cest

Urosepse a septický šok

Urogenitální tuberkulóza

Onemocnění retroperitonea

Nádorová onemocnění nadledvin

Nádory ledvinného parenchymu

Nádory pánvičky ledvinné a močovodu

Nádory močového měchýře

Nádory prostaty Nádory varlat a penisu

Obstrukční uropatie

Benigní hyperplázie prostaty

Struktury močové trubice

Etiopatogeneze urolitiazy, diagnostika, metafylaxe

Léčba urolitiázy

Inkontinence moči Dysfunkce dolních močových cest

Traumata urogenitální soustavy

Akutní skrótum

Mužská infertilita

Erektivní dysfunkce

Derivace moči

Laparoskopie v urologii

Anesteziologie

1. Předanestetické vyšetření, předoperační příprava, premedikace

2. Profylaxe tromboembolické nemoci

3. Volba způsobu anestezie – celková a/nebo regionální

4. Současné pojetí celkové anestezie – doplňovaná a kombinovaná anestezie

5. Současné pojetí a techniky regionální anestezie

6. Neuroaxiální anestezie

7. Intravenózní anestezie

8. Inhalační anestetika

9. Lokální anestetika

10. Svalová relaxancia, nervosvalový přenos a jeho monitorování

11. Farmakokinetika v anesteziologii

12. Sledování a monitorování pacienta v anestezii

13. Péče o pacienty po anestezii

14. Léčba akutní pooperační bolesti

15. Zajištění průchodnosti dýchacích cest

16. Perioperační infuzní léčba

17. Perioperační transfuzní léčba, management krvácivých stavů a ŽOK 18. Perioperační management u pacientů s CHOPN

19. Perioperační management u pacientů s ICHS

20. Perioperační management u pacientů s DM

21. Perioperační management u pacientů s onemocněním ledvin a jater

22. Anestezie v břišní chirurgii

23. Anestezie u hrudních výkonů

24. Anestezie v porodnictví

25. Neuroanestezie

26. Kardioanestezie

27. Anestezie u traumat

28. Ambulantní anestezie

29. Dětská anestezie

30. Anestezie seniorů a u dětí

Student bude povinen doložit před absolvováním státní doktorandské zkoušky nejméně 2 původní publikace vydané v žurnále s IF ve vztahu k tématu disertace. Nejméně u jedné z nich je doktorand 1. autorem. Součet IF všech publikací publikovaných doktorandem ve vztahu k disertaci (bez ohledu na pořadí autorů) musí být vyšší než 1. Jedna přehledová publikace s tématem disertace doktoranda publikovaná v časopise s recenzním řízením, kde doktorand je 1. autorem. Tato publikace musí být citována v hodnocení doktoranda nejpozději za 3. rok studia.

• Státní doktorská zkouška
• 2 práce in extenso se souhrnným impakt faktorem alespoň 1. Na jedné z nich musí být student uveden jako první autor.
• Disertační práce musí být vypracována podle pokynů uvedených na stránkách fakulty. 

• Oborová rada vyžaduje autoreferát.

Farmakologie a toxikologie jsou vědy studující mechanismy vzájemné interakce látek a léčiv s biologickými systémy a sledují jejich příznivé i nepříznivé důsledky pro organismus. Konečným cílem je využití těchto znalostí při prevenci, diagnostice a léčení humánních a veterinárních onemocnění.

Velkou předností studia farmakologie a toxikologie je úzké propojení teoretického oboru se všemi klinickými obory, které provádějí terapii, prevenci a diagnostiku. Studijní program ve farmakologii a toxikologii je proto vhodný nejen pro zájemce o experimentální výzkum, ale i pro zájemce, kteří v budoucnu předpokládají své uplatnění v klinické práci. Zaměření studijního programu je však experimentální a to na úrovni pre-klinické i klinické.

Cílem doktorského programu Farmakologie a toxikologie je připravovat odborníky s hlubokými znalostmi v oblasti klinické i experimentální farmakologie a toxikologie. To zahrnuje znalosti ze širokých oblastí farmakokinetiky, farmakodynamiky, účinku i toxicity léčiv, včetně znalostí o vlastnostech lékových forem.

1. Klasifikace léčiv (včetně podle ATC skupin) Adrenergní mediace Hypnotika, sedativa, charakteristika a mechanismus účinku

2. Fyzikálně-chemické základy farmakokinetiky, význam ionizace, disociace látek, vazby na bílkoviny 4 Cholinergní mediace Terapeutické použití psychofarmak

3. Farmakokinetika a výpočet farmakokinetických parametrů Nesteroidní protizánětlivé látky, mechanismus účinků, terapeutické použití Léčiva používaná u ischemické choroby srdeční

4. Kompartmentové farmakokinetické modely, nultý a první řád ve farmakokinetice, absorpce látek a biologická dostupnost Neuroleptika Léčiva ovlivňující homeostázu minerálů v kostech, léčba osteoporózy

5. Mechanismy účinku léčiv Zásady léčby nespavosti (hlavní hypnotika) Toxicita návykových látek. Stimulancia, sedativa, halucinogeny.

6. Přívodní cesty léčiva do organismu (vztah typu aplikace k rychlosti a délce účinku léčiva, vztah k farmakokinetice látky) Benzodiazepiny; molekulární farmakologie těchto látek Terapeutické použití antikoagulancií a fibrinolytik.

7. Základní farmakokinetické parametry ovlivňující hladinu léčiva v ustáleném stavu Ethylalkohol, celkové a lokální účinky, projevy a léčba akutní otravy Diuretika

8. Distribuce léčiv v organismu (distribuční objem aj., příklady a význam pro dávkování látek) Skupiny antiepileptik, mechanismus účinku, zásady podávání, novější antiepileptika Látky užívané při chorobách dýchacích cest, léčba astma bronchiale

9. Biotransformace léčiv a její význam pro vylučování farmak, farmakologický a toxikologický účinek léčiv (typy biotransformací, enzymová indukce a inhibice) Parkinsonismus a další degenerativní onemocnění CNS – současné možnosti terapie Diuretika používaná v léčbě hypertenze

10. Receptory, klasifikace, transdukční mechanismy Tkáňové působky – možnosti ovlivnění tvorby a účinku) Použití beta-sympatolytik a blokátorů vápníkových kanálů k léčbě hypertenze, ICHS a srdečního selhání

11. Biotransformace xenobiotik. Hlavní typy biotransformačních reakcí. Význam poznatků v toxikologii Celková anestetika a premedikace Léčiva srdeční insuficience

12. Farmakokinetické parametry charakterizující eliminaci léčiv. Terapeutické monitorování koncentrace léčiv Psychofarmaka – přehled skupin Hormony pankreatu a antidiabetika

13. Enzymy pro metabolismus léčiv či návykových látek; individuální odchylky Antidepresiva (včetně SSRI) Ženské pohlavní hormony, hormonální antikoncepce u žen, hormonální substituční terapie

14. Hypofyzární a hypothalamické hormony – regulační úloha a mechanismy působení 5 Antidepresiva a anxiolytika (molekulární farmakologie těchto látek) Terapeutické využití látek působících na VNS.

15. Vztah mezi dávkou, plazmatickou hladinou a účinkem Psychostimulancia a anorektika Nejzávažnější nežádoucí účinky antibiotik

16. Mechanismus účinku léčiv na molekulární úrovni Opioidní analgetika – mechanismus účinku, jednotlivé skupiny látek, morfin a další opioidní agonisté Terapeutické využití glukokortikoidů

17. Agonismus, antagonismus a další vztahy léčiv Opioidní analgetika – opioidní antagonisté Přehled antibiotik

18. Základní kvantitativní hlediska farmakon-receptorové interakce Neopioidní analgetika a nesteroidní protizánětlivé látky Hormony a vitaminy ovlivňující homeostázu vápníku v organismu

19. Membránové receptor-efektorové systémy a účast G regulačního proteinu Imunologické reakce na léky jako nežádoucí účinky. Léčba anafylaktického šoku Diuretika

20. Farmakogenetika Léčiva užívaná k terapii diabetes mellitus Alfa a beta sympatomimetika (rozdělení podle selektivity, terapeutické využití, nežádoucí účinky)

21. Vnitřní aktivita a afinita látek, kompetitivní a nekompetitivní antagonismus a parciální agonismus (graficky znázorněte průběh charakterizačních křivek) Hormony kůry nadledvin Klasifikace imunosupresiv a imunomodulancií včetně cytokinů; klinické indikace

22. Účinky oxidu dusnatého, možné terap. použití donátorů a inhibitorů oxidu dusnatého Antihypertenziva – mechanismus antihypertenzivního působení jednotlivých skupin látek (hlavní výhody a nevýhody jednotlivých skupin) Hypothalamické a hypofyzární hormony, použití u různých endokrinních a metabolických abnormalit, užití k diagnostickým účelům

23. Mechanismus antianginózního, antiarytmického a antihypertenzivního působení beta blokátorů; působení beta blokátorů u srdeční insuficience Mechanismy působení protinádorových chemoterapeutik Uterotonika a tokolytika

24. Desenzitizace a hypersenzitiva receptorů (mechanismy, příklady) Cholinergní mediace a farmakologické ovlivnění Emetika a antiemetika

25. Receptor-efektorový systém, komponenty adenylylcyklázového komplexu Nežádoucí účinky nesteroidních protizánětlivých léčiv Betalaktamová antibiotika – přehled jednotlivých skupin a rozdíly v klinické aplikaci.

26. Hlavní místa působení léčiv (receptory, iontové kanály, enzymy aj.) 6 Lokální anestetika, přehled látek, intoxikace lokálními anestetiky Léčiva užívaná u GIT onemocnění

27. Membránové receptor-efektorové systémy, fosfatidylinositolový komplex Periferní a centrální myorelaxancia Chemoterapie zhoubných nádorů; klasifikace, nově vyvíjené látky, rezistence k cytotoxickým látkám

28. Metabolismus ethanolu, methanolu, glykolů. Toxicita akutní a chronická. Interakce ethanolu s psychotropními látkami Antihypertenziva přehled; inhibitory při léčení hypertenze (účinky při dlouhodobém podávání, nežádoucí účinky) Antianemika

29. Terapeutická šíře, terapeutický index; individuální variabilita v citlivosti pacientů na léky Srdeční selhání; kardiotonika a další látky s positivně inotropním účinkem (význam, indikace, rizika podávání), úloha ACE inhibitorů Spasmolytika GIT, léčba vředové choroby, laxancia a obstipancia

30. Změny účinku léčiva při opakovaném podávání (tachyfylaxe, tolerance, látková závislost) Antiarytmika (rozdělení, mechanismus působení) Post-mortem forenzní toxikologie. Post-mortem změny, tvorba artefaktů se zřetelem na interpretaci nálezů

31. Závislost na návykových látkách Koronární vazodilatancia a látky používané u ischemické choroby srdeční Peniciliny a cefalosporiny

32. Interakce léčiv Nesteroidní protizánětlivé látky, antirevmatika, antiuratika Imunosupresiva, imunomodulancia (klin. aplikace imunosupresiv, vztah mezi imunosupresivní terapií a nádorovou chemoterapií)

33. Nenormální reakce na léčivo Antipsychotika Antihypertenziva – rozdělení; blokátory kalciového kanálu u hypertenze (indikace, nežádoucí účinky)

34. Teratogenní a kancerogenní účinky léčiv Inhibitory vápníkových kanálů Cefalosporiny (rozdíly mezi jednotlivými skupinami, klinické použití)

35. Vedlejší a nežádoucí účinky léčiv Přímá a nepřímá antikoagulancia (mechanismy účinku a použití) Mechanismus působení vitaminu D

36. Vývoj a hodnocení nových léčiv (včetně základních typů preklinických a klinických studií) Obecné zásady antimikrobiální léčby; rozdělení protiinfekčních látek, mechanismy účinku a vzniku rezistence Antiastmatika a další léčiva dýchacího ústrojí

37. Účelná farmakoterapie, farmakoterapeutické riziko a polypragmazie Toxikologie některých prvků a jejich sloučenin (Pb, Hg, As, Cd), včetně léčby (antidota) Antibiotika se širokým spektrem a antibiotika pro speciální použití 7

38. Biotransformace a eliminace léčiv Antihypertenziva a přehled; postavení beta blokátorů mezi antihypertenzivy, beta blokátory s vazodilatačním účinkem Přehled hormonů a autakoidů

39. Klinická farmakokinetika, monitorování léčiv a úprava dávkování léčiv Látky užívané při léčbě chronického srdečního selhání Protivirové látky, hlavně látky užívané k léčbě u pacientů s HIV/AIDS (mechanismy účinku, klinické použití, nežádoucí účinky)

40. Klasifikace receptorů a jejich podtypů Antibiotika pro spec. použití (protistafylokoková, proti legionelám, chlamydiím a pseudomonádám) Antitusika a expektorancia

41. Teratogenní a kancerogenní účinky léčiv Benzodiazepiny a nové látky se selektivními účinky Aminoglykosidy; mechanismus účinků, indikace, nežádoucí účinky

42. Intoxikace léky, zásady péče o pacienta, antidota Léčba obezity; hypolipidemika přehled Peniciliny

43. Farmakokinetika, základní parametry a vzorce pro výpočet FK parametrů Nesteroidní protizánětlivé látky Antiastmatika

44. Zvláštnosti farmakoterapie v těhotenství a během laktace Přehled látek užívaných u Parkinsonismu Kombinace antimikrobiálních látek; výhody a nevýhody, příklady synergismu a antagonismu jednotlivých kombinací

Nejméně dvě originální práce v časopise s IF, které se týkají tématu disertace  a mají dohromady souhrnný impakt faktorem alespoň 1,0. Alespoň u jedné z publikací musí doktorand být prvním autorem.

Vypracování disertační práce na určené téma na požadované úrovni a doložení impaktovaných publikací v přihlášce k obhajobě disertace. Po splnění podmínky dvou IF publikací (předložení opublikovaných článků či potvrzení o přijetí článků) a složení státní doktorské zkoušky je student připuštěn k obhajobě.

Oborová rada vyžaduje autoreferát.

Program Fyziologie a patofyziologie člověka je zaměřen na studium funkcí jednotlivých systémů organismu (krve, systém oběhový, dýchací, trávicí, vylučovací, humorální, nervový) a jejich řízení, a to od molekulární úrovně, až po studium vzájemných vztahů mezi jednotlivými systémy v normě a za patologických stavů. Stejně významné je studium faktorů, které mohou zasáhnout do mechanismů vývoje, plasticity a adaptace na epigenetické a vnitřní vlivy.

Experimentální a analytický přístup poznání umožňuje využít získané vědomosti pro prevenci, diagnostiku, terapii a rehabilitaci lidského organismu.

Cílem studia ve studijním programu Fyziologie a patofyziologie člověka je připravit studenta tak, aby byl schopen samostatné vědecké práce nutné pro objasňování fyziologických a patofyziologických mechanismů, které mohou být příčinou závažných klinických onemocnění.

• zápočty alespoň ze tří kurzů
• zkouška z anglického jazyka (D0400003)
• jedna publikace v impaktovaném časopise (pouze práce in extenso, ne abstrakt, ne letter to the editor, ne kazuistika), u dokládaných prací uvést IF
• literární přehled k tématu disertace s navazující vědeckou hypotézou a cíli práce (15–20 stran)

Doba mezi podáním žádosti a samotným termínem konání je obvykle 2–3 měsíce.

Předmětem státní doktorské zkoušky jsou tematické okruhy fyziologie a patofyziologie člověka. Ze zkušebních otázek 14 tematických okruhů jsou vytvořeny trojice kombinací. Doktorand se tak může zaměřit na tematické okruhy vycházející z ISP a vymezené školitelem. Při zkoušce jednu z kombinací (trojici) zvolí a otázky z přiřazených okruhů si losuje. Čtvrtá otázka vychází z písemné rešerše a metodologie vědecké práce. Doktorand si vybere předem danou trojici a otázky si losuje.

Literární přehled není autoreferát. Literární přehled je text, jehož cílem je vytvořit kritický přehled současných znalostí o nějakém konkrétním tématu. Literární přehled je obvyklou součástí vědecky orientované literatury a často předchází tvorbě návrhů výzkumných projektů a výběru vhodné metodiky. Jejím základním cílem je přinést čtenáři aktuální přehled současné literatury o daném tématu a poskytuje podklady, z nichž je možné vyhodnotit oprávněnost navrženého budoucího výzkumu.

Literární přehled však není souborem odborných informací poskládaných bez ladu a skladu. Dobrý literární přehled je charakterizován:

1. logickým tokem myšlenek, tj. jednotlivé odstavce by na sebe měly logicky navazovat
2. relevantními bibliografickými odkazy v konzistentním a vhodném formátu
3. správným použitím odborné terminologie
4. nezaujatým a uceleným přehledem dosavadního výzkumu dané problematiky
5. syntézou předložených informací.

Syntéza předložených informací je nejobtížnější částí literárního přehledu a předpokládá, že se autor v dané problematice dobře orientuje. Syntéza poskytuje novou interpretaci starých poznatků či kombinuje nové poznatky se starými. Může načrtnout intelektuální vývoj v daném oboru, navrhovat směry, kudy by se nový výzkum mohl ubírat – měla by se stát podkladem pro vědeckou hypotézu autorovy práce. Literární přehled by měl vyústit v jasné a stručné stanovení hypotézy (předpokladu co chce autor prokázat) a cíle práce (jakým způsobem autor hypotézu prokáže nebo zamítne). 

Proto závěr textu obsahuje návrh hypotézy (stručně) a cíle řešení.

Rozsah je 15 až 20 stran.

Úprava:

1. Titulní strana – viz vzor
2. Písmo – Times New Roman 12
3. Řádkování 1–1,5
4. Očíslovat stránky
5. Literatura: očíslovat, odkazy uvádět jednotně včetně citací v textu – pokud je 1 autor – Autor 1., 1989, pokud jsou autoři 2, uvádějí se oba a rok, u tří a více autorů se uvádí Autor J. et al., rok 

Literární přehled nemusí být svázaný. Oborová rada akceptuje volné (očíslované) listy formátu A4. Tisk může být oboustranný.

1. Principy fyziologických regulací
2. Fyziologie buňky
3. Vnitřní prostředí a obranné funkce organismu
4. Kardiopulmonální systém a jeho význam pro udržení homeostázy
5. Patofyziologie kardiopulmonálního systému
6. Přeměna látek a forem energií
7. Vylučovací systémy organismu a jejich poruchy
8. Endokrinní regulace a její poruchy
9. Krev a dýchání
10. Smyslové informační vstupy
11. Výkonné funkce nervstva a jejich poruchy
12. Fyziologie a patofyziologie chování, biorytmy
13. Vývojová fyziologie
14. Gastrointestinální trakt

Kombinace okruhů:

1,4,14

2, 5, 13

3, 7, 12

4, 7, 11

5, 6, 11

6, 8, 12

7, 10, 14

8, 14, 2

9, 5, 10

10, 2, 4

11, 8, 1

12, 8, 2

13, 14, 7

14, 9, 2

1. Principy fyziologických regulací

1.1. Zásobení tkání kyslíkem

1.2. Isotonie, isoosmie a isohydrie, hospodaření vodou a ionty

1.3. Řízení metabolických dějů v organizmu

1.4. Celkové a lokální řízení krevního tlaku a cirkulace

1.5. Řízení příjmu potravy a vody, pasáž GIT, mikce, defekace

1.6. Řízení dýchání

1.7. Interakce nervový – endokrinní – imunitní systém – psychoneuroendokrinoimunologie

1.8. Lokální, systémové a celotělové řízení fyziologických dějů

1.9. Šok 1.10. Stres

1.11. Látkové a nervové regulační procesy v organizmu

1.12. Hlad a žízeň

1.13. Multiorgánové selhání při sepsi

1.14. Mechanismy adaptace na zevní prostředí

1.15. Genetická podmíněnost chorob

2. Fyziologie buňky

2.1. Funkce buněčné membrány a mezibuněčných kontaktů

2.2. Membránové transportní systémy

2.3. Iontové a vodní kanály

2.4. Intracelulární signální systémy

2.5. Funkce buněčných organel

2.6. Životní cyklus buňky

2.7. Autokrinní a parakrinní informace a komunikace

2.8. Genová exprese a buněčná diferenciace

2.9. Apoptóza a nekróza

2.10. Buněčné receptory a jejich poruchy

2.11. Membránové potenciály

2.12. Srovnání excitace a kontrakce hladkého a kosterního svalu

3. Vnitřní prostředí a obranné funkce organismu

3.1. Tělní tekutiny

3.2. Homeostáza

3.3. Mimobuněčná hmota

3.4. Vnitřní prostředí CNS

3.5. Regulace extracelulární koncentrace draslíku a sodíku

3.6. Imunitní mechanismy a jejich poruchy

3.7. Stáří a stárnutí

3.8. Poruchy acidobazické rovnováhy

3.9. Význam vápníku v organizmu

4. Kardiopulmonální systém a jeho význam pro udržení homeostázy

4.1. Krevní a lymfatický oběh 

4.2. Mechanismus srdeční kontrakce a relaxace

4.3. Srdeční automacie a elektrická činnost srdce

4.4. Srdce jako pumpa, srdeční revoluce

4.5. Kardiovaskulární regulační mechanismy

4.6. Koronární oběh

4.7. Krevní oběh mozkem, splanchnickou oblastí, kůží, svalstvem

4.8. Průtok krve placentou a fetální oběh

4.9. Plicní cirkulace

4.10. Význam cirkulace pro renální funkce

4.11. Krátkodobá a dlouhodobá regulace TK

5. Patofyziologie kardiopulmonálního systému

5.1. Adaptace srdečního svalu na pracovní zatížení

5.2. Remodelace myokardu a stěny cévní

5.3. Srdeční selhání – stunning a hibernace

5.4. Základní poruchy srdečního rytmu

5.5. Arteriální hypertenze

5.6. Hypertenze, kolaps, oběhový šok

5.7. Poruchy tvorby a vedení vzruchu v srdci

5.8. Vrozené vady srdeční, chlopenní vady

5.9. Mechanismus vzniku aterosklerózy a jejích komplikací

5.10. Ischemická choroba srdeční

5.11. Plicní hypertenze a cor pulmonale

5.12. Hypoxie a její druhy

6. Přeměna látek a forem energií

6.1. Tkáňové dýchání

6.2. Termoregulační mechanismy

6.3. Přehled metabolických funkcí jater

6.4. Regulace glykémie

6.5. Formy cirkulujících lipidů a jejich metabolismus

6.6. Kvantitativní a kvalitativní poruchy výživy

6.7. Metabolismus proteinů

6.8. Poruchy metabolismu sacharidů 

7. Vylučovací systémy organismu a jejich poruchy

7.1. Systémy a orgány podílející se na vylučování

7.2. Úloha ledvin a dýchacího systému při udržování acidobazické rovnováhy a vylučování H+

7.3. Úloha hormonů a vnitřního prostředí při vylučování vody ledvinami

7.4. Regulace vylučování draslíku, sodíku, fosfátů a vápníku ledvinami

7.5. Mikce a její poruchy

7.6. Příčiny a důsledky porušení koncentrační schopnosti ledvin

7.7. Akutní renální selhání

7.8. Chronické selhání ledvin

7.9. Tubulární defekty

7.10. Funkce glomerulu a její poruchy

8. Endokrinní regulace a její poruchy

8.1. Obecné principy humorálních regulací

8.2. Postavení hypotalamo-hypofyzárního systému v regulaci periferních žláz

8.3. Metabolické a fyziologické důsledky poruch funkce nadledvin

8.4. Reprodukční endokrinologie

8.5. Patofyziologie štítné žlázy

8.6. Kalciofosfátový metabolismus a jeho hormonální regulace

8.7. Patogeneza DM I. a II. a poruch glukózové tolerance

8.8. Poruchy růstu a sexuální diferenciace 

9. Krev a dýchání

9.1. Krev a krvetvorné orgány

9.2. Hemostáza a její poruchy

9.3. Hemoglobin (ontogenetické typy a funkční deriváty)

9.4. Centrální regulace dýchání

9.5. Vliv periferních receptorů na regulaci dýchání

9.6. Plicní ventilace

9.7. Vztah ventilace/perfuze

9.8. Transport plynů krví

9.9. Patologické formy dýchání

9.10. pH krve a nárazníkové systémy

9.11. Regulace orgánového prokrvení

10. Smyslové informační vstupy

10.1. Zrak a jeho poruchy

10.2. Poruchy rovnováhy

10.3. Sluch a jeho poruchy

10.4. Poruchy chuťových a čichových vjemů

10.5. Hluboké čití

10.6. Bolest

10.7. Somestetické vnímání a jeho poruchy

10.8. Funkce receptorových buněk

10.9. Centrální projekce smyslových informací

11. Výkonné funkce nervstva a jejich poruchy

11.1. Typy svalů, svalová kontrakce

11.2. Motorické projevy a jejich poruchy

11.3. Centrální mechanismy řízení hybnosti a jejich poruchy

11.4. Autonomní nervový systém a jeho poruchy

11.5. Poruchy periferního nervstva

11.6. Syndromy z porušení míchy

11.7. Syndrom nitrolební hypertenze

12. Fyziologie a patofyziologie chování, biorytmy

12.1. Spánek a jeho poruchy

12.2. Biorytmy, mechanismy, projevy, poruchy

12.3. Rytmické projevy endokrinních funkcí

12.4. Paměť a její poruchy

12.5. Proces učení

12.6. Motivace a instinkty

12.7. Funkce mozkové kůry, mozková kůra u člověka

12.8. Vědomí a jeho poruchy

12.9. Vzestupný a sestupný systém retikulární formace

12.10. City a emoce

12.11. Degenerativní poruchy mozku, Alzheimerova choroba

13. Vývojová fyziologie

13.1. Základní etapy ontogeneze, kritické vývojové periody

13.2. Význam perinatálního období a období odstavu pro vývoj jedince

13.3. Ontogeneza vývoje homeostázy

13.4. Puberta

13.5. Vývoj endokrinního a reprodukčního systému

13.6. Změny funkcí organismu v průběhu stárnutí, teorie mechanismů stárnutí

14. Gastrointestinální trakt

14.1. Zpracování potravy v ústech, regulace sekrece slin

14.2. Fyziologie a patofyziologie polykání

14.3. Žaludek, regulace motility a sekrece

14.4. Funkce a patologie tenkého střeva

14.5. Funkce pankreatu, činnost jater

14.6. Tlusté střevo, pohyby, sekrece, resorpce, defekace

14.7. Přehled motility GIT

14.8. Přehled řízení jednotlivých funkcí GIT

14.9. Mechanismy řízení příjmu potravy a jejich poruchy

Doporučená literatura
Lékařská fyziologie, O. Kittnar a kol., Grada 2011
Přehled lékařské fyziologie, Ganong, Galén 2005
Atlas fyziologie člověka, S. Silbernagl, A. Despopoulos, Grada 2016
Atlas patofyziologie, S. Silbernagl, F. Lang, Grada 2012
Atlas fyziologických regulací, O. Kittnar, M. Mlček, Grada 2009
Jakákoliv cizojazyčná učebnice fyziologie a patofyziologie člověka

• Vypracování literárního přehledu
• Publikace minimálně 2 prací s IF

• Státní doktorská zkouška (D0400001)
• Nejméně dvě původní práce, které se týkají tématu disertační práce se souhrnným impaktem alespoň jedna. U dokládaných prací uvést IF.

• Oborová rada vyžaduje autoreferát.

Imunologie je dynamicky se vyvíjející obor integrující poznatky molekulární a buněčné biologie, fyziologie, reprodukční imunologie, histologie i funkční morfologie (v kontextu evoluce i ontogenese) do jediného celku, jehož pojítkem je imunitní systém. Ten je soustavou molekul, buněk a tkání podílejících se na imunitní odpovědi. Témata jako transplantace, alergie, imunitní nedostatečnost, autoimunita, imunosuprese, imunoterapie, či protinádorová imunita jsou typickými oblastmi zájmu imunologů. Imunologie pokrývá všechny úrovně biologického poznání od molekul (cytokiny, imunoglobuliny, receptory, signalizační molekuly), přes buňky (celá plejáda imunokompetentních buněk), celé organismy (zde jsou často využívány transgenní zvířecí modely) i společenstva (frekvence různých alel genů regulujících imunitní odpověď, evoluce imunitních mechanismů). Samostatnou emancipovanou součástí imunologie je imunologie klinická, pro kterou je objektem bádání imunitní systém člověka a poznání mechanismů jeho fungování vede k vývoji případných terapeutických aplikací.

Cílem studia je pokročilé vzdělání v imunologii. Studenti by si měli osvojit široké znalosti z vědní oblasti, být schopni řešit svůj vědecký problém, měli by být kompetentní při provádění a plánování experimentů, být vyškoleni v psaní vědeckého textu a získat kvalifikaci, díky které by byli konkurenceschopnými kandidáty na pozice ve výzkumu, výuce a technologiích, a to v mezinárodním měřítku. 

• Student musí splnit nejméně tři studijní povinnosti (kurzy) a rozvrhnout je do prvních 3 let studia. Při přípravě návrhu individuálního studijního plánu (ISP) ke schválení oborovou radou ve studijním informačním systému Univerzity Karlovy (SIS) by student měl do tohoto plánu zahrnout všechny tři studijní povinnosti.

Všichni studenti musejí absolvovat povinný kurz „Strategie grantové aplikace“. Po získání teoretických základů v několika přednáškách připraví student žádost o grant v angličtině, s využitím formulářů a pravidel Grantové agentury České republiky.

• Studenti si z níže uvedeného seznamu vyberou alespoň dvě studijní povinnosti. Studenti mohou konzultovat se školiteli, které přednášky a kurzy jsou pro ně vhodné s ohledem na projekt. Předpokladem pro zařazení kurzů je, že je student neabsolvoval v předchozích nebo souběžných programech studia.

Přednášky

• Protein dynamics in development and cancer
• Innate immunity
• Advances in Immunology 1
• Immunology
• Immunology – a practical course 
• Clinical Cases in Immunology
• Immunology – a systems biology view
• Animal models in immunology
• Evolutionary and ecological immunology
• Molekulární mechanismy evoluce imunity
• Regulační mechanismy imunity (*)
• Viry a imunitní systém hostitele (*)
• Molekulární biologie rakoviny I (*)
• Molekulární biologie rakoviny II
• Fluorescent microscopy in cell biology
• Advances in molecular biology and genetics (Institute of Molecular Genetics of the ASCR, v. v. i.) https://pokroky.img.cas.cz/ (according to the information for the current academic year)

(*) označené kurzy mohou být dostupné pouze v ČJ

Kurzy

• Zpracování a analýza mikroskopického obrazu v biomedicíně (X00013872), Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

(dle informací pro aktuální akademický rok)

• Mikroskopické metody v biomedicíně (X00012172) ,Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

(dle informací pro aktuální akademický rok)

• Transmision electron microscopy in life sciences, Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

(dle informací pro aktuální akademický rok)

• Pokroky v molekulární biologii a genetice (MPGS0034), Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

(dle informací pro aktuální akademický rok)

Další možnosti výběru poskytuje nabídka kurzů oborových rad DSPB Biomedicina (jsou na webu: http://dspb.avcr.cz/oborove-rady/.

Prezentace výsledků

Studenti jsou povinni se účastnit konference doktorských studentů, která je pořádána každý rok oborovou radou. Studenti se aktivně podílejí na organizaci konference. V rámci konference studenti prezentují výsledky svých projektů a diskutují metody a otázky společného zájmu. Na konferenci jsou pozváni jak členové oborové rady, tak školitelé.

Doporučuje se aktivní účast na mezinárodních konferencích podle zaměření a možností školitelského týmu.

Státní doktorská zkouška je kromě každoroční kontroly ISP důležitým kontrolním bodem studia. Zkouška prověřuje to zda student rozumí projektu a testuje jeho/ její orientaci ve vědní oblasti. Komise posuzuje hloubku a šíři znalostí ve vývojové a buněčné biologii s důrazem na oblasti spojené s projektem. Doporučeným načasováním zkoušky je druhý semestr druhého roku studia nebo první semestr třetího roku, aby zkouška mohla studentovi posloužit jako užitečná zpětná vazba. Odložení zkoušky po 3. roce bez důvodu může mít vliv na výsledek následného ročního hodnocení.

A. Imunologie

I. Základní komponenty a principy imunitního systému

Přirozená a specifická imunita

Hematopoeza, vývoj buněk imunitního systému

Vývoj a funkce T lymfocytů

Pomocné T lymfocyty

Cytotoxické T lymfocyty

Vývoj a funkce B lymfocytů

NK a NKT buňky

Dendritické buňky

Vývoj a funkce myeloidních buněk

Ontogeneze imunity

Lymfatické orgány

Imunitní systém kůže

Mukózní imunitní systém

Základní rysy protilátkových odpovědí

Základní rysy reakce antigenu s protilátkou, afinita a avidita

Reakce imunitního systému na zánět

Mechanismy eliminace autoreaktivních lymfocytů

Imunologická paměť

Regulace imunitní odpovědi – obecné principy

Regulační (supresorové) T lymfocyty

Regulace imunitní odpovědi pomocí protilátek; idiotypová síť

Regulace imunitních reakcí pomocí nervového a endokrinního systému

Fylogeneze imunity

Mechanismy imunologické tolerance

Vztah a spolupráce přirozené a specifické imunity

Mechanismy humorální a celulární cytotoxicity

II. Molekulární mechanismy imunitních dějů

Antigenně nespecifické (přirozené) obranné mechanismy (receptory, efektorové mechanismy)

Buněčné složky přirozené imunity a jejich funkce

Rozpoznávání mikroorganismů buňkami a molekulami přirozené imunity

Proteiny a peptidy s antimikrobní aktivitou

Antigenně specifické receptory lymfocytů – struktura a funkce

Struktura a exprese genů kódujících imunoglobuliny a T buněčné receptory

Vývoj B lymfocytů a selekce repertoáru jejich receptorů – molekulární mechanismy

Vývoj T lymfocytů a selekce repertoáru jejich receptorů – molekulární mechanismy

Buňky prezentující antigen – molekulární mechanismy jejich funkce

Zpracování a prezentace antigenů T lymfocytům

Mechanismy přenosu signálu povrchovými receptory lymfocytů; „pozitivní“ a „negativní“ signály; „aktivace“ T a B lymfocytů

Struktura a funkce sekretovaných imunoglobulinů

Reakce antigenu s protilátkou

Struktura a funkce MHC glykoproteinů

Biologický význam polymorfismu MHC glykoproteinů

Adhezivní molekuly leukocytů

Kostimulační molekuly

Mechanismy recirkulace lymfocytů, „homing“

Efektorové mechanismy buněčné imunity

Efektorové mechanismy humorální imunity

Efektorové mechanismy cytotoxických T lymfocytů a NK buněk

Struktura a funkce základních Fc receptorů

Struktura a funkce komplementových receptorů

Cytokiny, chemokiny a další rozpustné imunoregulační molekuly

Struktura a funkce receptorů pro cytokiny

Komplementová kaskáda; regulace komplementového systému

III. Fyziologické a patofyziologické aspekty imunity

Mechanismy vzniku zánětu; mediátory zánětu

Lokální a slizniční imunita – základní charakteristiky, rozdíly od systémových reakcí

Imunologický význam kojení

Imunodeficity – příčiny, typy, principy terapie

Primární imunodeficity

Získané (sekundární) imunodeficity

Imunopatologické reakce doprovázející fyziologické imunitní odpovědi

Autoimunitní onemocnění – příčiny, typy, terapie

Autoimunitní onemocnění způsobená převážně protilátkami

Autoimunitní onemocnění způsobená převážně T lymfocyty

Orgánově specifické autoimunitní choroby

Orgánově nespecifické autoimunitní choroby

Imunopatologické reakce (přecitlivělosti) obecně: typy, mechanismy, možnosti terapie

Imunopatologické reakce s převažující úlohou IgE

Imunopatologické reakce s převažující úlohou IgG a IgM

Imunopatologické reakce založené na imunokomplexech

Imunopatologické reakce oddáleného typu

Lymfoproliferativní onemocnění

Mechanismy protiinfekční imunity (specifika pro různé typy patogenů)

Imunopatologické důsledky obrany proti infekci

Mechanismy úniku mikroorganismů před imunitními reakcemi

Mechanismy tkáňového poškození patogeny a imunopatologickými reakcemi

Protinádorová imunita-nádorové antigeny, mechanizmy

Mechanizmy úniku nádorů imunitě

Imunoterapie – základní principy a přístupy (stimulace, suprese)

Antigenně specifická imunomodulační terapie (vakcíny, pasivní imunizace, specifická imunosuprese)

Adjuvancia a mechanismy jejich působení

Experimentální modely imunopatologických stavů

Transplantační imunologie – principy, terapeutické přístupy

Xenotransplantace

Imunologicky privilegovaná místa

Imunologický vztah matky a plodu

Reakce štěpu proti hostiteli

IV. Metody

Příprava a charakterizace protilátek

Základní separační techniky (chromatografické, elektroforetické)

Interakce antigenu s protilátkou, afinita, avidita a jejich měření, kvalitativní a kvantitativní průkaz

Principy a použití radioimunochemických a enzymoimunologických metod

Monoklonální protilátky – příprava, vlastnosti, použití, terapie

Metody přípravy a analýza různých typů leukocytů

Průtoková cytofluorometrie: principy a použití

Imunohistologické a imunocytologické techniky

Detekce autoprotilátek

Kultivace a stimulace buněk in vitro

Funkční metody studia B lymfocytů

Funkční metody studia T lymfocytů

Funkční metody studia fagocytů

Metody typizace MHC (HLA) antigenů

Mutantní, transgenní a „knock-out“ myši – použití v imunologii

B. Molekulární a buněčná biologie
I. Viry a priony

            1) obecná charakteristika virů (nebuněčnost, závislost na živé buňce, struktura)

            2) vlastnosti RNA virů (struktura virionů, zástupci, strategie využívání RNA, patogeny) 

            3) DNA viry (struktura virionů, zástupci, patogeny, onkoviry, typy uspořádání DNA)

            4) retroviry (struktura virionů, životní cyklus, reverzní transkripce, onkogenní viry)

            5) HIV (virion, životní cyklus, mechanismus AIDS, principy chemoterapie)

            6) priony (mechanismy vzniku infekčních prionů, epidemiologie prionových chorob)

II. Rozdíl mezi eukaryotickou a prokaryotickou buňkou

            7) rozdíly v organizaci genetického aparátu (počet genů, jaderná membrána, struktura chromozómů)

            8) kompartmentace vnitřního prostoru (organely, cytoskelet, metabolismus, buněčná stěna)

            9) vznik eukaryotní buňky (endosymbiotická teorie, genomy organel, evoluce metabolismů)

III. Biochemie buňky

            10) typy chemických vazeb v buňce (kovalentní, iontová, vodní můstky, van der Waalsovy, hydrofobní) 

            11) mastné kyseliny a steroidy (nasycené a nenasycené, deriváty, hormony)

            12) aminokyseliny (struktura, typy a vlastnosti postranních řetězců, peptidická vazba, S-S můstky)

            13) nukleotidy (struktura, principy párování, cyklické verze)

            14) enzymy (principy katalýzy, aktivační energie, reakční rovnováha, příklady enzymů, regulace)

            16) oxidace a redukce (princip, NAD a NADP, oxidoredukční systémy, donory a akceptory e^-)

            17) ATP (struktura, AMP, ADP, hydrolýza, místa a mechanismy syntézy)

            18) glykolýza (lokalizace, fermentace, propojení s Krebsovým cyklem)

            19) Krebsův cyklus (lokalizace, logika, produkty, propojení s dýchacím řetězcem)

            20) dýchací řetězec (lokalizace, logika, komplexy, konečné produkty)

IV. Bílkoviny

            21) primární struktura proteinů (kde a jak vznikají, S-S můstky, vliv na vyšší struktury)

            22) sekundární struktura proteinů (a helix a b list, proteinové domény)

            23) terciární struktura proteinů (mechanismy sbalování, chaperony)

            24) kvartérní struktura proteinů (logika tvorby a příklady proteinových komplexů, self-assembly)

            25) metabolický obrat proteinů (proteosyntéza vs. degradace, proteazómy)

            26) postranslační modifikace bílkovin (glykosylace, fosforylace, acylace, prostetické skupiny)

            27) membránové proteiny (místo vzniku, typy asociace s membránou, příklady)

            28) protilátky (typy struktur, princip vazby na antigen, avidita vs. afinita)

V. Obecné principy molekulární genetiky

            29) struktura a funkce DNA (dvojšroubovice, antiparalelita, nukleotidy, princip párování, lokalizace)

            30) rozdíl mezi DNA a RNA (nukleotidy, struktura, typy, vlastnosti)

            31) chromozómy (struktura, funkce, centromery, telomery, homologní, typy chromatinu, nukleozóm)

            32) replikace DNA (lokalizace, princip, enzymy, vedoucí a opožďující vlákno, problém konců)

            33) mitóza (fáze, mitotické chromozómy, regulace, ploidie, cykliny)

            34) meióza (homotypické a heterotypické dělení, ploidie, logika redukce chromozomů, rekombinace)

            35) reparace DNA (proč? a jak?, thyminové dimery, zlomy, depurinace a deaminace, telomeráza)

            36) rekombinace (homologní rekombinace, meióza – crossing over, VDJ rekombinace)

            37) transkripce (polymerázy, lokalizace, typy RNA, regulace, komplementarita)

            38) mRNA (rozdíl eukaryota vs. prokaryota, struktura, čepička, poly-A konec, sestřih)

            39) translace (tRNA, ribozóm, aminoacyl-tRNA syntetázy, logika, lokalizace, genetický kód)

            40) regulace genové exprese (proč?, úrovně regulace, promotory, enhancery, silencery, stav chromatinu)

            41) genomy (počty genů v genomech, evoluce genomů, kódující a nekódující sekvence)

VI. Struktura a funkce buňky

            42) struktura membrány (dvojvrstevnost, amtipatie, laterální difůze, fosfolipidy, steroidy, proteiny)

            43) funkce membrány (semipermeabilita, kompartmentace, asymetrie, transportéry, receptory)

            45) logika buněčné kompartmentace (typy organel, topologický vztah mezi membránovými organelami)

            46) jaderná membrána (transport jádro-cytosol, jaderný pór, vztah k ER, dynamika během mitózy, laminy)

            47) mitochondrie (DNA, elektron transportní řetězec, uncoupling proteiny, protonový gradient)

            49) endoplasmatické retikulum (drsné vs. hladké, postranslační modifikace proteinů, syntéza lipidů)

            50) signální sekvence proteinů (logika adresování bílkovin, SRP, mechanismus transportu přes membránu)

            51) Golgiho systém (lokalizace, funkce, glykosylace, sorting molekul do různých destinací)

            52) lysozómy (endocytóza, klatrin, kyselé pH, hydrolázy, manóza 6-fosfát receptor

            53) endocytóza a exocytóza (princip, endozómy – časné, klatrin, recyklující, pozdní, regulace exocytózy)

            54) MHC I a ER (mechanismus plnění MHC I peptidy, transportéry peptidů, transport k plasm. membr.)

            55) MHC II a endozómy (mechanismus plnění MHC II peptidy, invariantní řetězec, pozdní endosomy)

            56) srovnání jednotlivých typů cytoskeletu (logika stavby, shody a odlišnosti ve struktuře a funkci)

            57) mikrotubuly (tubulin, a, b, g , + a – konec, centriola, dělící vřeténko, typy mikrotubulů, funkce)

            58) mikrofilamenty (aktin, + a – konec, struktura, membránový aktin, svalový aktin, myoziny)

            59) intermediální filamenta (buněčná specifita, stavba, keratiny, vimentin, desmin, neurofilamenta, laminy)

            60) molekulární motory (kineziny, dyneiny, myoziny, kde využity, jak poháněny, mechanismus pohybu)

VII. Mezibuněčná signalizace

            61) typy mezibuněčné signalizace (autokrinní, parakrinní, endokrinní, závislé na buň. kontaktu, synaptické)

            62) typy receptorů (povrchové vs. intracelulární, kinázy, cyklázy, iontové kanály, asociované molekuly)

            63) typy signalizačních molekul (oxid dusnatý, oxid uhelnatý, steroidy, peptidy, proteiny, prostaglandiny…)

            64) typy druhých poslů (cyklické GMP a AMP, Ca²⁺, diacylglycerol, inositol fosfáty)

            65) typy signalizačních drah (receptory spojené s G-proteiny, iontovými kanály, kinázovou aktivitou)

            66) receptory spřažené s G-proteiny (trimerní G-protein, struktura receptorů, cAMP, cGMP, PKA, diacylglycerol, fosfolipáza C-b, IP₃, Ca²⁺, PKC, kalmodulin)

67) receptory využívající enzymatickou aktivitu (receptorové tyrosin-kinázy, tyrosin-kinázy asociované s receptory, receptorové tyrosin-fosfatázy, receptorové serin/threonin-kinázy, receptorové guanylyl-cyklázy)

68) přenos signálu pomocí protein-tyrosinkináz (receptorové PTK, autofosforylace, dimerizace, SH2 domény, adaptorové proteiny, kinázy rodiny Src, PLC-g, Ras proteiny, MAP- kinázová dráha, PI 3-kináza)

VIII. Buněčný cyklus a programovaná buněčná smrt

            69) definice buněčného cyklu (G1, G2, M, S fáze, interfáze, modifikace, délka)

            70) regulace buněčného cyklu (kontrolní body, příklady sensorů – Rb protein a p53, Cdk, cykliny)

            71) maligní zvrhnutí (mechanismy vzniku rakovinné buňky, klíčové faktory a molekuly)

            72) apoptóza (definice, apoptóza vs. nekróza, kaspázy, role mitochondrií, Fas, Bcl-2, fosfatidylserin)

            73) apoptóza v imunitním systému (mechanismus cytotoxicity, negativní selekce, makrofágy a apoptotická tělíska)

IX. Mezibuněčné interakce

74) mezibuněčná spojení (pevná spojení, adhezivní spojení, desmosomy, hemidesmosomy, gap junctions, konexiny)

            75) mezibuněčná adheze (cadheriny, cateniny, CAM, selektiny, desmosomy, gap junctions)

76) extracelulární matrix (fibroblasty, glykosaminoglykany, hyaluronany, proteoglykany, kolageny, fibronektin, laminin, metaloproteázy, integrity, FAK)

X. Metody

            77) sekvenování nukleových kyselin (mechanismy, typy, tzv. automatický sekvenátor)

            78) RNA interference (malé interferující RNA, umlčování genové exprese)

            79) gene array (fluorescenční značení DNA, izolace RNA a reverzní transkripce, hybridizace)

            80) FACS (princip průtokové cytofluorometrie, sortování, aplikace)

            81) hybridomová technologie (imunizace, myelomová buňka, selekce

            82) centrifugace (rovnovážná, gradientová, separace organel, určování molekulových hmotností)

            83) chromatografie (princip, typy, afinitní chromatografie s využitím protilátek)

            84) isoelektrická fokusace a SDS-elektroforéza

            85) hmotnostní spektrometrie (použití, výhody, omezení)

            86) detekce DNA a RNA (fluorescenční a radioaktivní sondy, in situ hybridizace)

            87) bloting (typy membrán, Southern, Northern a Western blotting)

            88) klonování DNA (restrikční endonukleázy, vektory, amplifikace)

            89) PCR (logika, princip, termostabilní DNA polymerázy, primery, real time PCR)

            90) x-ray krystalografie (proč krystalizace proteinů, logika určení 3D struktury bílkovin)

            91) kvasinkový dvouhybridní systém (použití, logika, omezení)

            92) transgenní, knock-out a knock-in organismy (ES buňky, homologní rekombinace, využití)

            93) světelná mikroskopie (rozlišovací schopnost, fluorescenční mikroskopie, konfokální mikroskopie)

            94) elektronová mikroskopie (rozlišovací schopnost, skenovací vs. transmisní, výhody, nevýhody)

            95) GFP (logika, in vivo studie, fúzní proteiny, odstíny, FRAP, FRET)

Uchazeč musí být autorem/spoluautorem nejméně dvou publikací přijatých v časopisech s recenzním řízením indexovaných ve WOS (optimálně s IF nad mediánem oboru), přičemž alespoň u jedné publikace musí být prvním autorem (sdílené první autorství by mělo být ex ante komunikováno s oborovou radou). V individuálních výjimečných a jasně zdůvodněných případech může oborová rada rozhodnout jinak. Typickým příkladem zde může být jediná excelentní prvoautorská publikace.

Disertační práce by měla být psána jako stručná, objektivní a ucelená informace o vědeckých výsledcích studenta. Práce by měla umožnit recenzentům a komisi posoudit, zda uchazeč získal teoretické znalosti i metodické dovednosti jako předpoklad pro samostatnou vědeckou práci v oboru. Student by měl v práci postihnout vědecký problém i otevřené otázky projektu a formulovat na ně svoje nezávislé názory.

Disertační práce obsahuje:

a) Abstrakt – měl by shrnout cíle a výsledky projektu pro veřejnost, obsah by neměl překročit 500 slov.

b) Úvod – měl by být nastíněn jako stručný přehled současných znalostí vztahujících se k projektu.

c) Metody a výsledky – V těchto částech by měly být podrobně popsány metody a výsledky experimentů prováděných studentem, které se nestaly součástí publikovaných prací / předložených rukopisů. Publikované práce / předložené rukopisy by měly být zahrnuty jako přílohy.

d) Diskuse – Tato část dává autorovi příležitost představit své nezávislé názory na výsledky a jejich význam. Měla by odrážet úroveň znalostí k datu odevzdání práce a měla by uvádět relevantní literaturu obsahující jak podporující tak případně protichůdné výsledky. Minimální délka je 10 stran.

e) Shrnutí – shrnutí hlavních výsledků. Doporučená délka je 1 strana.

f) Doprovodné oddíly – seznam zkratek, seznam odkazů, případné informace o depozitářích dat nebo webových stránkách, prohlášení popisující roli žadatele v publikovaných pracích, včetně podrobného prohlášení o jeho úloze při přípravě textů publikací.

g) Publikace a předložené rukopisy, které obsahují výsledky získané studentem.

Text v částech a) až e) by měl být napsán studentem a nesmí být obsažen jinde. Text nelze kopírovat, a to ani jeho část, z publikací v oddíle g) ani z jiných textů. Text může být psán v angličtině, češtině nebo slovenštině. Formátování textu, obrázků, tabulek a doprovodných údajů by mělo být v souladu s pravidly relevantního časopisu, například toho, kde byl publikován jeden z autorových článků.

Oborová rada nevyžaduje autoreferát.

Program je zaměřen na celou šíři kardiovaskulárního výzkumu. Z klinických oborů jsou jeho součástí kardiologie, dětská kardiologie, kardiochirurgie, angiologie, cévní chirurgie, vaskulární neurologie – a rovněž související obory teoretické i preklinické resp. jejich části zabývající se kardiovaskulárním výzkumem – anatomie, biologie, embryologie, histologie, fyziologie a patofyziologie, lékařská chemie a biochemie, patologie, farmakologie, mikrobiologie, lékařská imunologie, preventivní lékařství a epidemiologie).

Úspěšný absolvent SP „Kardiovaskulární vědy“ má schopnost samostatné vědecké práce v dané oblasti výzkumu – a to na mezinárodní úrovni. Současně má hluboké znalosti z celého rozsahu kardiovaskulární problematiky. Tyto znalosti a schopnosti využije při výzkumné a/nebo pedagogické činnosti a v klinických oborech též v klinické praxi.

Absolventi se na trhu práce uplatní jako akademičtí pracovníci univerzit, vědečtí pracovníci jiných výzkumných institucí, vedoucí pracovníci firem v privátní sféře (se zaměřením na kardiovaskulární choroby), vedoucí lékaři a primáři v klinické praxi.

Níže uvedená širší témata budou specifikována jednotlivými členy oborové rady a návazně pak i jednotlivými školiteli.

Akutní koronární syndromy
Srdce a mozkové cévní příhody
Tromboza a kardiovaskulární systém
Získané a dědičně choroby myokardu a perikardu
Srdeční selhání
Poruchy srdečního rytmu
Onemocnění periferních tepen
Tromboembolická nemoc
Chlopenní vady
Vrozené srdeční vady
Epidemiologie kardiovaskulárních chorob
Preventivní kardiologie
Esenciální a sekundární hypertenze
Srdce a ledviny
Genetický podklad kardiovaskulárních chorob
Dětská kardiologie a kardiochirurgie
Vasa a nervi vasorum
Diabetes a kardiometabolická onemocnění
Kardiovaskulární stárnutí
Kardiovaskulární zobrazovací metody
Ateroskleróza, lipidologie a vaskulární biologie
Plicní hypertenze a pravostranné srdeční selhání
Srdeční selhání a oběhové podpory
Kardiovaskulární farmakoterapie
Žádoucí a nežádoucí účinky farmak na kardiovaskulární systém
Anatomie a fyziologie oběhového systému
Vývoj kardiovaskulárního systému a jeho poruchy.

Student doktorského programu je povinen přistupovat aktivně k řešeným úkolům, dodržovat školitelem
stanovený harmonogram. Školitele pravidelně písemně informuje o průběhu studia a konzultuje s ním dosažené
výsledky. Zajímá se o aktuální poznatky související s tématem studia, studuje odbornou literaturu, sleduje
prezentace na významných mezinárodních konferencích.
Konkretizace rámcových povinností:
1. ročník studia (prezenční i kombinovaná forma): (a) úspěšné složení zkoušky z angličtiny (D0400003), (b) důkladné
studium odborné literatury a napsání přehledného článku o problematice, kterou se ve svém studiu zabývá,
odeslání tohoto článku do recenzovaného časopisu k publikaci (vč. recenzovaných tuzemských časopisů). Bez
splnění těchto dvou podmínek nemůže student postoupit do dalšího ročníku a studium bude klasifikováno „C“
a bude ukončeno. Dále během prvního ročníku student absolvuje kurz prezentačních dovedností nebo jiný kurz
zaměřený na prezentaci vědeckých výsledků.
2.– 3. ročník (prezenční forma) resp. 2.– 4. ročník (kombinovaná forma): intenzivní výzkumná práce na dané
problematice, přednesení vlastních výsledků v angličtině nejméně na jednom mezinárodním kongresu či
konferenci. Na závěr této části studia absolvování státní zkoušky (D0400001)
4. ročník (prezenční forma) resp. 5. ročník (kombinovaná forma): analýza a publikace získaných výsledků
v mezinárodním časopise s impakt faktorem vyšším než 1,5 (student je prvním autorem nejméně jednoho
článku s vlastními výsledky, publikovaného in extenso), sepsání a obhajoba doktorské disertační práce (D0400002).
V konkrétně odůvodněných případech na písemnou žádost studenta může být studium (kombinovaná forma)
prodlouženo až do celkového trvání 8 let. V takovém případě je na konci každého akademického roku
školitelem a oborovou radou posouzeno, zda student ve svém studiu konkrétně pokročil. Pokud v průběhu
kteréhokoli akademického roku student neprokáže žádnou konkrétní aktivitu, bude mu studium ukončeno.

Níže uvedené povinnosti A, B, C si student naplánuje po dohodě se školitelem tak, aby nejméně jednu z nich
splnil v každém roce studia, tzn., že nejdéle do konce 4. ročníku bude mít všechny splněné.
A) Nejméně 1 měsíc trvající stáž na zahraničním pracovišti, zabývajícím se kardiovaskulárním výzkumem.
B) Nejméně 1 měsíc trvající stáž na špičkovém tuzemském pracovišti, zabývajícím se kardiovaskulárním
výzkumem.
C) Absolvování nejméně dvou povinně volitelných kurzů (možnost volby z těchto kurzů: Metodologie
experimentálního a klinického výzkumu, Teoretické základy výzkumu kardiovaskulárních nemocí,
Biomedicínská statistika vč. databází a metaanalýz, To nejlepší z klinického kardiovaskulárního výzkumu).
Dobrovolnou možností je stáž D:
D) Nejméně 1 měsíc trvající stáž na ústavu či klinice opačného zaměření než je mateřské pracoviště studenta: tzn. studenti
primárně zařazení na teoretických či preklinických ústavech absolvují nejméně 1 měsíční stáž na klinickém pracovišti
s kardiovaskulárním zaměřením (dle vlastní volby) a naopak studenti primárně zařazení na klinikách absolvují nejméně 1
měsíční stáž v teoretickém či preklinickém ústavu (dle vlastní volby).

 CPGS014 Metodologické základy výzkumu kardiovaskulárních nemocí

Bude se jednat o dvojice otázek, z nichž jedna bude z preklinických a teoretických oborů a jedna z klinických oborů.
Ke státní doktorské zkoušce se student může přihlásit tehdy, pokud splnil výše uvedené povinnosti 1.- 3.
ročníku (prezenční forma) resp. 1.– 4. ročníku (kombinovaná forma).

1. ročník studia: sepsání přehledového článku do recenzovaného časopisu a jeho odeslání k publikaci (student
je prvním autorem). Tímto způsobem student prokáže způsobilost studovat odbornou literaturu a získané
vědomosti syntetizovat a srozumitelným způsobem zpracovat. V případě nesplnění bude studium ukončeno
na konci 1. ročníku.
2. ročník: prezentace (přednáška nebo poster, nemusí nutně obsahovat vlastní výsledky, může jít o přehledné
sdělení, kasuistiku apod.) v angličtině na vědecké konferenci či kongresu
3. (4.) ročník: prezentace vlastních výsledků na mezinárodním kongresu či konferenci (první autor),
spoluautorství nejméně 1 článku in extenso v časopise s impakt faktorem vyšším než 1,5.
4. (5.) ročník: druhá prezentace vlastních výsledků na mezinárodním kongresu (první autor), in extenso
publikace článku s hlavními výsledky svého výzkumu v časopise s impakt faktorem vyšším než 1,5 (první
autor).

Analýza a publikace získaných výsledků v mezinárodním časopise s impakt faktorem vyšším než 1,5 (student je prvním autorem nejméně jednoho
článku s vlastními výsledky, publikovaného in extenso), sepsání a obhajoba doktorské disertační práce.

Oborová rada vyžaduje autoreferát.

Zápis z 25. 2. 2019

Zápis z  3. 6. a 24. 6. 2019

Zápis z 4. 3. 2020

Zápis z 3. 6. 2020

Protokol k přijímacímu pohovoru

Studijní program kineziologie a rehabilitace je zaměřen na vědeckou a výzkumnou činnost v oblasti lidského pohybu. Zájemci o tento SP mohou být absolventi magisterských studijních programů fyzioterapie, absolventi lékařských či zdravotně-sociálních fakult a dalších fakult s biomedicínskými SP se zájmem o vědeckou činnost. Program doktorského studia v kineziologii a rehabilitaci navazuje hlavně na magisterské studium medicíny, fyzioterapie, ergoterapie, a případně dalších magisterských či inženýrských oborů, jejichž vědecké poznatky jsou v praxi v rehabilitaci využívány (např. biomedicínská a klinická technika, biomedicínské inženýrství, protetika, biokybernetika, robotické a informační technologie). SP se zaměřuje na objektivizaci fyziologických parametrů lidské motoriky, identifikaci příčin motorických poruch a možností terapeutického ovlivnění. Metodologie jednotlivých výzkumných projektů bude přizpůsobena konkrétním cílům dané práce, přístrojovému vybavení školicího pracoviště a výzkumně-profesnímu zaměření školitele a studenta

1. LF UK a VFN

• Spolupráce fyzioterapeuta, gynekologa a psychologa při léčbě neplodnosti
• Diagnostika a terapie kognitivních funkcí u pacientů po poškození mozku
• Stanovení českých norem vybraných standardizovaných testů využitelných v ergoterapii k diagnostice funkce horních končetin

2. LF UK a FNM

• Hodnocení dynamiky vestibulární kompenzace u rehabilitovaných pacientů po resekci vestibulárního schwannomu
• Poruchy stability a jejich rehabilitace u pacientů s onemocněním mozečku
• Vliv kochleární implantace na funkci vestibulárního systému

2. LF UK a FNM

• Strategie léčby patologií měkkých struktur v oblasti ramenního pletence
• Sportovní traumatologie dětského kolenního kloubu
• Miniinvazivní ošetření nitrokloubních poranění

1. LF UK a VFN

• Spastická paréza u cévní mozkové příhody
• Spastická paréza u roztroušené sklerózy mozkomíšní
• Možnosti objektivizace klinických příznaků Parkinsonovy nemoci a jejich terapeutické ovlivnění

FTVS UK

• Kvantifikace mechanických vlastností axiálního systému člověka
• Energetická bilance srdečního svalu metodou CVS
• Biomechanické reflexe neuromuskuloskeletálního systému v podmínkách profesního dyskomfortu u hudebníků

2. LF UK a FNM

• Vliv regulace nitrobřišního tlaku na stabilizační funkci trupu
• Vztah mezi schopností regulace nitrobřišního tlaku a chronickými bolestmi páteře
• Vztah mezi schopností regulace nitrobřišního tlaku a dysfunkcí zažívacího traktu
• Objektivizace vertebro-viscerálních funkčních vztahů
• Objektivizace posturálních funkcí u pacientů s chronickým algickým vertebrogenním syndromem
• Standardizace funkčních posturálních testů
• Vliv rehabilitační terapie na subjektivní obtíže pacientů s dědičnou neuropatií

2. LF UK a FNM

• Vztah mezi posturální a viscerální funkční patologií
• Posturální funkce v etiologii morfologických poruch pohybového aparátu
• Percepčně-gnostické funkce a jejich vztah k funkcím praktickým

2. LF UK a FNM

• Komplexní bolestivý regionální syndrom

2. LF UK a FNM

• Korelace mezi schopností akrální segmentální hybnosti, mírou spasticity a stupněm dosažené lokomoce
• Dysfunkce autonomního nervového systému po poranění míchy
• Sledování vývoje spastického motorického chování u spinálních pacientů
• Sledování metabolických poruch po poranění míchy

2. LF UK a FNM

• Využití sonografie pro cílené přístupy v rehabilitaci
• Možnosti sonografie ve stanovení rizika rozvoje dysfunkcí hybného systému
• Využití principu mirror therapy u pacientů s komplexním regionálním bolestivým syndromem

1. LF UK a VFN

• Obezita, diabetes a vliv změny tělesné hmotnosti na hybný systém

MUDr. Kamal Mezian, Ph.D., 1. LF UK a VFN

• Muskuloskeletální ultrasonografie v rehabilitačním lékařství

CSc., 2. LF UK a FNM

• Pohybový režim a kostní hustota u bývalých závodních gymnastek

3. LF UK a FNKV

• Možnosti využití virtuální reality ve fyzioterapii nemocných s roztroušenou sklerózou mozkomíšní

 1. LF UK a ÚVN

• Epidemiologie, prevence, diagnostika a léčba vertebrogenních onemocnění
• Epidemiologie, diagnostika a léčba spastické parézy
• Využití roboticky asistované rehabilitace, funkční elektrické stimulace, dynamických dlah a statických progresivních ortéz v léčbě ortopedických a neurologických pacien

2. LF UK a FNM

• Dynamika hrudníku u pacientů s CHOPN, její ovlivnění pomocí inspiračních a exspiračních trenažérů a pomůcek
• Trénink dýchacích svalů jako součást komplexní rehabilitace pacientů s cystickou fibrózou

2. LF UK a FNM

• Sledování vývoje retardačního kvocientu u dětí se spastickou formou dětské mozkové obrny léčených neurofyziologickými rehabilitačními postupy
• Objektivizace selektivní hybnosti akrálních segmentů dolních končetin u pacientů s dětskou mozkovou obrnou
• Objektivizace postupů funkčního vyšetření a komplexní terapie u pacienta s DMO ve věku 0–20 let
• České normy pro chůzové testy ve věku 6–15 let
• České normy pro testy jemné motoriky ve věku 6–15 let

1. LF UK a VFN

• Pohybová aktivita u pacientů po prodělaném infarktu myokardu
• Pohybová aktivita u pacientů s fibrilací síní
• Pohybová aktivita u pacientů s arteriální hypertenzí

LF HK

• Reparace po cévní mozkové příhodě – úloha hodnocení funkčních schopností a aktivit v programu léčebné rehabilitace

LF HK

• Prognóza samostatné chůze po amputaci dolní končetiny

Předložit oborové radě studijní plán sestavený s ohledem na téma disertační práce a odsouhlasený školitelem v průběhu prvního ročníku dle studijního řádu.

V 1. ročníku musí student absolvovat povinný předmět "Základy vědecké činnosti" (DS001)

Ve 2. ročníku studia musí student absolvovat povinný předmět "Postupy a výsledky recentního výzkumu v oborech kineziologie a rehabilitace" (DS015)

Za celou dobu studia musí absolvovat nejméně dva další předměty ze skupiny povinně volitelných předmětů dle vlastního výběru a po konzultaci se školitelem. Seznam předmětů je uveden níže. Pro absolvování předmětu a získání kreditu student kontaktuje garanta předmětu. Po schválení oborovou radou je možné zařadit též předměty z nabídky jiných doktorských SP na vysokých školách v ČR nebo v zahraničí.

Složení zkoušky z předmětu Angličtina pro doktorandy v prvních dvou letech studia. Zkoušku z anglického jazyka může student nahradit sepsáním písemné studie k rozpravě o disertační práci a rozpravou nad ní v anglickém jazyce. V případě, že student předloží mezinárodně platný certifikát o složení zkoušky z anglického jazyka, bude tento certifikát akceptován namísto zkoušky.

Další studijní povinnosti

Součástí individuálního studijního plánu je rovněž zapojení do vědecko-výzkumných aktivit na základě dohody se školitelem. U studentů prezenční formy studia je součástí individuálního studijního plánu pedagogická praxe. Preferováno je zapojení do výuky předmětů souvisejících se zaměřením studia. Výjimky z této pedagogické praxe povoluje vedoucí školicího pracoviště po dohodě se školitelem.

Povinné předměty

1. ročník studia: Kurz základů vědecké činnosti (DS001)
Garant: doc. MUDr. Jiří Bronský, Ph.D.

2. ročník studia: Postupy a výsledky recentního výzkumu v oborech kineziologie a rehabilitace (DS015)
Garant: doc. MUDr. Alena Kobesová, Ph.D.

Povinně volitelné předměty

Student musí během studia získat kredit alespoň ze dvou volitelných předmětů dle vlastního výběru s ohledem na zaměření tématu DP.

Financování vědecké činnosti v rámci DSP

Během prvního či druhého ročníku studia bude vyžadováno, aby student prezenční i kombinované formy podal žádost o udělení grantu u interní grantové agentury UK, případně u agentury pro zdravotnický výzkum ČR.

Součástí studijních povinností v doktorském studijním programu Kineziologie a rehabilitace je absolvování části studia na zahraniční instituci v délce nejméně jednoho měsíce nebo účast na mezinárodním tvůrčím projektu s výsledky publikovanými nebo prezentovanými v zahraničí nebo jiná forma přímé účasti studenta na mezinárodní spolupráci.

Student musí během studia získat kredit alespoň ze dvou následujících předmětů dle vlastního výběru s ohledem na zaměření tématu disertační práce.

1. DS001 Kurz základů vědecké činnosti 
Garant: doc. MUDr. Jiří Bronský, Ph.D. 

5. DS005 Funkční vyšetření a terapie pacientů s bolestmi pohybového aparátu
Garant: doc. MUDr. Alena Kobesová, Ph.D.

6. DS006 Fyziologické základy funkčního vyšetření a pohybové terapie u pacientů s civilizačními chorobami
Garant: doc. MUDr. Jiří Radvanský, CSc.

7. DS007 Individuální ortoticko protetické pomůcky
Garant: Ing. Pavel Černý, Ph.D.

8. DS008 Kineziologie dolní končetiny a chůze
Garant: doc. MUDr. Ivan Vařeka, Ph.D.

9. DS009 Mezinárodní klasifikace funkčních schopností, disability a zdraví WHO (MKF)
Garant: MUDr. Yvona Angerová, Ph.D., MBA 

10. DS010 Myoskeletální postupy v moderní rehabilitaci
Garant: doc. MUDr. Eva Vaňásková, Ph.D. 

11. DS011 Patofyziologie a léčba bolesti
Garant: doc. MUDr. Jiří Kozák, Ph.D.

12. DS012 Pohybová aktivita u pacientů s obezitou
Garant: MUDr. Martin Matoulek, Ph.D.

13. DS013 Pokroky v interprofesním přístupu k vyšetření a rehabilitaci pacientů po poškození mozku
Garant: MUDr. Yvona Angerová, Ph.D., MBA 

14. DS014 Pokroky ve vyšetření a multidisciplinární terapii pacientů po poškození míchy
Garant: doc. MUDr. Jiří Kříž, Ph.D.

15. DS015 Postupy a výsledky recentního výzkumu v oborech kineziologie a rehabilitace
Garant: doc. MUDr. Alena Kobesová, Ph.D. 

16. DS016 Principy neurorehabilitace
Garant: doc. PhDr. Kamila Řasová, Ph.D.

17. DS017 Respirační fyzioterapie v klinických souvislostech
Garant: doc. PaedDr. Libuše Smolíková, Ph.D.

18. DS018 Vyšetření a léčba u pacientů s Parkinsonovou nemocí
Garant: MUDr. Martina Hoskovcová, Ph.D.

19. DS019 Vyšetření a rehabilitace pacientů s poruchami stability
Garant: doc. PhDr. Ondřej Čakrt, Ph.D.

20. DS020 Vyšetření a terapie pacientů se spastickou parézou
Garant: MUDr. Martina Hoskovcová, Ph.D.

21. DS021 Vývojová kineziologie
Garant: prof. PaedDr. Pavel Kolář, Ph.D.

22. DS022 Funkční vyšetření a rehabilitace dětí
Garant: PhDr. Marcela Šafářová, Ph.D.

23. DS023 Centrální mechanismy řízení motoriky
Garant: MUDr. Jan Vacek Ph.D.

Doktorand musí být před obhajobou disertační práce autorem nebo spoluautorem minimálně jedné publikace vydané nebo přijaté k tisku v impaktovaném časopise a současně minimálně jedné další publikace vydané nebo přijaté k tisku v renomovaném recenzovaném časopise. Souhrn IF z publikovaných prací musí být roven nebo vyšší 1,0. Podíl studenta na každém vydaném článku musí být jasně určen. Student musí být prvním autorem aspoň jednoho článku s IF. Články musí tématicky odpovídat řešené disertační práci.

Doktorand po předchozím složení SDZ odevzdává pro započetí řízení k obhajobě svoji disertační práci. Disertační práce je výsledkem řešení konkrétního vědeckého úkolu; prokazuje schopnost doktoranda samostatně tvůrčím způsobem pracovat a musí obsahovat původní a autorem disertační práce publikované nebo k uveřejnění přijaté výsledky vědecké práce. Disertační práce je psána v jazyce českém nebo anglickém. Za disertační práci lze uznat i soubor publikací nebo přijatých rukopisů, opatřených integrujícím textem. Disertační práce musí být podána nejpozději do sedmi let od zápisu do studia.

Konkrétní podmínky, které musí student splňovat, aby mohl přistoupit k obhajobě disertační práce:

• Doktorand musí být před obhajobou disertační práce autorem nebo spoluautorem minimálně jedné publikace vydané nebo přijaté k tisku v impaktovaném časopise a současně minimálně jedné další publikace vydané nebo přijaté k tisku v renomovaném recenzovaném časopise. Souhrn IF z publikovaných prací musí být roven nebo vyšší 1,0. Podíl studenta na každém vydaném článku musí být jasně určen. Student musí být prvním autorem aspoň jednoho článku s IF. Články musí tematicky odpovídat řešené disertační práci.
• Disertační práce je psána v jazyce ve kterém je sepsána akreditace, tj. v jazyce českém nebo anglickém.
• Disertační práce musí odpovídat požadavkům na Závěrečné práce dle opatření děkana 2.LF UK. Disertační práce by měla být sepsána minimálně na 60-80 normostranách, (až 144 000 znaků včetně mezer) bez citované literatury a příloh.
• Za disertační práci lze uznat i soubor minimálně 4 monotematicky zaměřených publikací nebo přijatých rukopisů, opatřených integrujícím textem.  Tento typ práce by měl obsahovat minimálně 30-40 normostran (až 72000 znaků včetně mezer) bez citované literatury a příloh.
• Disertační práce se předkládá oborové radě prostřednictvím oddělení děkanátu. Práce musí být podána nejpozději šest měsíců před ukončením studia.​
• ​​​Oborová rada vyžaduje autoreferát.

Doktorský studijní program Lékařská biofyzika je interdisciplinární vědní obor využívající prakticky všechny biologické obory a je zaměřen na vědecké bádání a samostatnou výzkumnou činnost v multioborovém prostředí od přírodních věd až po klinické lékařské práce. Obor vznikl původně z potřeby vyčlenit z technických a biologických disciplín medicínské aplikace, kde se sleduje interakce fyzikálních polí a záření se živým organizmem.

Cílem studia Lékařské biofyziky je pochopení základních biologických procesů pro vývoj inovativních metod nebo přístrojů pro klinickou aplikaci v diagnostice či terapii. Doktorandi, v návaznosti na své magisterské vzdělání, jsou zapojováni do vědeckých a výzkumných projektů na školicích pracovištích a školitelem motivováni k řešení vlastních vědeckých a výzkumných problémů. Během studia jsou vedeni k samostatnému publikování výsledků své vědecké práce. V souladu s aktuálním vývojem se program Lékařská biofyzika rovněž zaměřuje na provázanost studia s potřebami klinické praxe.

1. Po přijetí vypracovat individuální studijní plán, jeho schválení školitelem a garantem programu.
2. Součástí studijního plánu je povinnost absolvování souboru 3 – 4 jednosemestrálních odborných předmětů (doporučený rozsah jsou 4 předměty) a jazyková příprava, prokázaná zkouškou z angličtiny nebo uznávaným certifikátem jazykové způsobilosti.

Součástí individuálního studijního plánu je průběžná publikační činnost a prezentace výsledků na domácích i zahraničních vědeckých konferencích. Možné/vhodné je i zapojení studentů do pregraduální výuky (praktická cvičení).

Podmínkou konání státní doktorské zkoušky je předchozí úspěšné absolvování studijních povinností a zkoušky z anglického jazyka (zkouška na Ústavu jazyků 2 LF UK, státní jazyková zkouška nebo mezinárodně uznávaná jazyková zkouška, např. TOEFL, Cambridge Certificate).

Cílem státní doktorské zkoušky (SDZ) je ověření šíře a kvality znalostí doktoranda, jeho způsobilosti osvojovat si nové poznatky, hodnotit je a tvůrčím způsobem využívat ve vztahu ke zvolenému oboru doktorského studijního programu a tématu disertační práce. Cílem zkoušky je prověřit vědecké myšlení studenta, tj. schopnost postihnout podstatu problému včetně schopnosti navrhovat vlastní způsoby řešení.

Doporučená literatura:
Ivo Hrazdira, Vojtěch Mornstein: Lékařská biofyzika a přístrojová technika. Neptun 2004,
ISBN-10: 80-902896-1-4
Vojtěch Mornstein, Ivo Hrazdira, Aleš Bourek: Lékařská fyzika a informatika. Neptun 2007,
ISBN-13: 978-80-86850-02-3
Ivo Hrazdira, Vojtěch Mornstein, Jiřina Škorpíková: Základy biofyziky a zdravotnické techniky.
Neptun 2006, ISBN-10: 80-86850-01-3
Navrátil, Leoš; Rosina, Jozef a kolektiv: Medicínská biofyzika, Grada, 2005, s. 524, ISBN: 978-
80-247-1152-2

Fyziologie
1. Buňka – složení
2. Iontové kanály
3. Tělní tekutiny
4. Nervový systém – stavba, funkce
5. Klidový a akční potenciál
6. Synapse
7. Svalstvo – stavba, funkce
8. Kosterní svalstvo
9. Hladké svalstvo
10. Funkční anatomie srdce
11. Činnost srdce, EKG křivka
12. Řízení srdeční činnosti
13. Oběh krve – funkční anatomie
14. Složení krve
15. Hemoglobin
16. Červené krvinky
17. Destičky
18. Krevní skupiny
19. Lymfatický systém
20. Bílé krvinky
21. Imunitní systém
22. Dýchací cesty
23. Transport plynů
24. Regulace dýchání
25. Ledviny
26. Acidobazická rovnováha
27. Vnitřní prostředí CNS
28. Hematoencefalická bariéra
29. Funkční stavy CNS a bioelektrická aktivita
30. Integrační funkce CNS

Doporučená literatura:
1. Lékařská fyziologie – Otomar Kittnar a kolektiv (Grada, 2011)
2. Elektronická učebnici Fyziologie
3. Lékařská fyziologie (Grada-Avicenum, Praha 1994, reedice 1996,1999,2003
4. Základy lékařské fyziologie – M. Langmeier a kol. (Grada 2009) – blíže zde
5. Atlas fyziologických regulací – O. Kittnar, M. Mlček (Grada Publishing,2009
6. Atlas fyziologie člověka – S.Silbernagl, A. Despopoulos (Grada 1993)
7. Základy neurověd – J. Mysliveček a kolektiv (Triton 2009), 2. Opravené a
přepracované vydání

Biochemie
1. Glykolýza
2. Glukoneogeneze
3. Pentozový cyklus
4. Cyklus kyseliny citronové
5. Dýchací řetězec
6. ß-oxidace mastných kyselin
7. Přeměna aminokyselin
8. Energetický metabolismus svalu
9. Membrány
10. Transport látek (voda, ionty, organické molekuly)
11. Metabolismus N-acetylaspartátu
12. Metabolismus kreatinu a fosfokreatinu
13. Metabolismus sloučenin cholinu, nejdůležitější cholinové sloučeniny
14. Metabolismus inositolů
15. Metabolismus nejdůležitějších neurotransmiterů
16. Metabolismus laktátu
17. Metabolismus glukózy
18. Metabolismus fenylalaninu
19. Metabolismus ATP, ADP, AMP
20. Úloha anorganického fosfátu v metabolismu

Doporučená literatura:
MATOUŠ, Bohuslav. Základy lékařské chemie a biochemie. 1. vyd. Praha: Galén,
2010, xv, 540 s. ISBN 978-80-7262-702-8.
PRŮŠA, Richard a kol. Errata k učebnici Matouš, B: Základy lékařské chemie a
biochemie.
MURRAY, Robert K. Harperova biochemie. 4. čes. vyd. Jinočany: Nakladatelství a
vydavatelství H&H, c2002, 872 s. ISBN 80-731-9013-3. 
ALBERTS, Bruce. Základy buněčné biologie: úvod do molekulární biologie buňky. 2.
vyd. Překlad Arnošt Kotyk, Bohumil Bouzek, Pavel Hozák. Ústí nad Labem: Espero
Publishing, c1998, 630 s. ISBN 80-902-9062-0.
KOOLMAN, Jan a Klaus-Heinrich RÖHM. Barevný atlas biochemie. 1. české vyd.
Praha: Grada, 2012, 498 s. ISBN 978-802-4729-770.

Magnetická rezonance
1. Rezonanční podmínka, magnetický moment, gyromagnetický poměr
2. Blochovy rovnice, tvar signálu
3. Intenzita signálu
4. Pulsní NMR spektroskopie
5. Fourierova transformace
6. NMR spektrum, definice chemického posunu, standardizace
7. Relaxační čas T1
8. Aditivita relaxačních časů a základní příspěvky k relaxačním mechanismům
9. Relaxační čas T2
10. NOE
11. MR tomograf a MR spektrometr, rozdíly v konstrukci, základní konstrukční schéma
12. Typy cívek používaných v MR spektroskopii
13. Citlivost NMR měření, poměr signál šum při měření spekter a možnosti jeho zvyšování
14. Rozlišovací schopnost NMR spektrometru
15. Princip MR zobrazování a porovnání MR zobrazování a MR spektroskopie
16. K-prostor v MR zobrazování a MR spektroskopii
17. In vivo MR spektroskopie – její rozdíl od vysoko rozlišující NMR
18. Metody spinového a stimulovaného echa v in vivo MR spektroskopii
19. Metoda povrchových cívek
20. Metoda „single voxel“
21. Metoda „spektroskopického zobrazování“
22. Metody potlačení signálu vody (T1, selektivní pulsy, postprocesing)
23. Metody zpracování – klasický postup (ZE,EM,FT,PH,BL,FIT)
24. Metody zpracování MR spektra ve frekvenční a časové doméně
25. Základní metabolity sledované 1H MR spektroskopii
26. Základní metabolity sledované 31P MR spektroskopii
27. Základní metabolity sledované 13C MR spektroskopií
28. Metody zjišťování absolutních koncentrací 1H MRS
29. Metody zjišťování absolutních koncentrací 31P MRS
30. Vyšetřovací protokol in vivo MR spektroskopie

Doporučená literatura:
1) LIANG, Z. Principles of Magnetic Resonance Imaging: A Signal Processing Perspective.
New York:
IEEE Press, 2000.
2) BERGER, S., BRAUN, S. 200 and More NMR Experiments: Practical Course. Wiley-VCH,
2002.
3) HUETTEL, S. A., SONG, A. W., MCCARTHY, G. Functional Magnetic Resonance Imaging,
Second
Edition, Sinauer Associates, Inc., 2009. ISBN 978-0-87893-286-3.
4) KUPKA K, a kol. Nukleární medicína, učební text, P3K, Příbram 2007, ISBN 978-80-903584-
9-2
5) www.sweb.cz/AstroNuklFyzika
6) SEIDL Z, VANĚČKOVÁ M. Magnetická rezonance mozku, míchy a páteře. Grada 2007. ISBN
978-80-247-1106-5
7) VANĚČKOVÁ M, SEIDL Z. Magnetická rezonance a roztroušená skleróza mozkomíšní.
Mladá Fronta 2010. ISBN 978-80-204-2182-1

Nejméně dvě originální práce v časopise s IF, které se týkají tématu disertační práce a mají dohromady souhrnný impakt faktorem alespoň 1,0. Alespoň u jedné z publikací musí doktorand být prvním autorem. 

Studijní program poskytuje studentům pokročilé teoretické a praktické znalosti z širokého oboru mikrobiologie. Studenti si osvojují současné mikrobiologické, molekulárně genetické, bioinformatické, biochemické, analytické a biofyzikální metody, které uplatňují při studiu mikroorganizmů. Klíčovým tématem výzkumu jsou fyziologické regulace mikrobiální buňky ve vztahu k produkci antimikrobiálních látek a rezistenci, regulace patogeneze infekčních onemocnění a regulace interakcí mikrobů s jejich okolím. Výzkum na úrovni společenstev mikroorganizmů sleduje biodegradační schopnosti mikroorganizmů v cyklech biogenních prvků v přírodě a bioremediace.

1. a 2. ročník studia: Absolvování dvou povinných předmětů:

• dvoutýdenní kurz Pokroky v molekulární biologii (MPGS0034), organizuje prof. MUDr. J. Jonák, CSc., ÚMG AV ČR
• jednodenní seminář Pokroky v mikrobiologii (MPGS0013), organizuje doc. RNDr. J. Gabriel, DrSc., MBÚ AV ČR

Další dva volitelné předměty jsou do plánu doplněny v závislosti na předchozím vzdělání a s ohledem na téma disertace. Jde o předměty z nabídky PřFUK, MFF UK či lékařských fakult. Předměty jsou podmínkou pro podání přihlášky ke státní doktorské zkoušce. Další podmínkou je buďto certifikovaná zkouška z angličtiny (FCE, CAE, TOEFL) nebo zkouška na Ústavu jazyků 2. LF UK.

Vyžaduje se účast na konferenci doktorandů ve 2. a 4. ročníku studia s anglickou prezentací výsledků.

Nejpozději do konce 3. ročníku studia: úspěšné vykonání státní doktorské zkoušky (D0400001).

Doporučeno je aktivní zapojení studenta do přípravy grantových projektů pracoviště. Zároveň student zpravidla připravuje vlastní návrh grantu GA UK.

Doktorand v souladu se standardy studijních programů na UK absolvuje zahraniční stáž na pracovišti s příbuznou problematikou (celková délka alespoň 1 měsíc), aktivně se zúčastňuje zahraničních vědeckých konferencí a kongresů, na nichž referuje o svých výsledcích formou ústního či plakátového sdělení. Pokud stáž nelze zajistit, studenti se zapojují do mezinárodní spolupráce jiným způsobem.

• Nabídka přednášek a kurzů

Zkouška se koná v rozsahu stanoveném oborovou radou. Předmětem zkoušky jsou:

• tematické okruhy, vypsané oborovou radou, zaměřené na obecné znalosti a rozhled v oboru
• znalosti metodických postupů a technik používaných v mikrobiologii, s ohledem na téma disertace
• speciální témata týkající se vědeckého zaměření disertační práce. Cílem zkoušky je prověřit vědecký způsob myšlení studenta, tj. jeho schopnost postihnout podstatu problému včetně schopnosti navrhovat vlastní způsoby řešení.

Povinný okruh:
1) Fyziologie mikroorganismů
2) Genetika mikroorganismů

Volitelný okruh (student volí jednu z nabízených variant, podle tématu disertace):
Molekulární biologie
Lékařská mikrobiologie

Zkouška se zaměřuje na:
1) úroveň teoretických znalostí, schopnost orientace v celé šíři oboru,
2) znalosti principů a možností metod a technik používaných v současné mikrobiologii jak obecně, tak s ohledem na disertační práci
3) detailní znalost problematiky, týkající se zaměření disertační práce.

Součástí zkoušky je úvodní krátká prezentace, kterou student uvede členy komise do své výzkumné problematiky.

Samostatná originální experimentální práce s publikačním výstupem, na kterém má student rozhodující podíl. Dvě prezentace v angličtině na každoroční konferenci doktorandů Mikrobiologie během prvních 4 ročníků studia. Minimálním publikačním požadavkem jsou dvě původní vědecké práce v impaktovaných časopisech (WOS), alespoň na jednom z nich je doktorand prvním autorem.

Řídí se zvyklostmi publikování vědeckých výsledků v oboru mikrobiologie. Má dvojí formu:

a) Disertační práce v plném znění má klasické členění kapitol (Obsah, Úvod s formulací cílů, Literární přehled, Materiál a metody, Výsledky, Diskuse, Souhrn, Použitá literatura, Seznam použitých zkratek); obvyklý rozsah cca 100 stran.

b) Zkrácená forma doktorské práce k získání titulu Ph.D. v oboru mikrobiologie je přípustná při splnění následujících podmínek:

Doktorand je autorem alespoň tří publikací v časopisech, kterým je udělován tzv. impact factor (IF), z nichž na všech je prvním autorem; nebo je autorem pěti publikací v časopisech s IF, alespoň na dvou je prvním autorem. Může se jednat o práce přijaté do tisku.

1. Úvod definující cíle disertační práce: 1 – 2 strany
2. Rozsah Literárního úvodu, se zpracováním tématu disertace 30 – 50 stran.
3. Úvod ke každé publikaci: cca 1 strana.
4. Závěrečná diskuse, společná celé práci: 5-10 stran.
5. Seznam použité literatury.
6. Jazyk práce (český nebo anglický) bez omezení.
7. Zkrácenou formu musí doporučit školitel. 8. Předložené publikace jsou stejného zaměření jako disertace a její cíle. Jedná-li se o publikace, na nichž se podílejí další autoři, musí být uvedeno jejich prohlášení, upřesňující podíl studenta na výsledcích. Disertační práce se předkládá předsedovi příslušné oborové rady v tištěné podobě a pevné vazbě ve 4 exemplářích.

Oborová rada vyžaduje autoreferát v angličtině. 

Studijní program si klade za cíl studentům poskytnout především pokročilé teoretické i praktické znalosti v oblastech molekulární a buněčné biologie, genetiky a virologie, seznámit je s moderními metodickými i technickými přístupy využívanými v daných oborech a s možnostmi jejich uplatnění při řešení aktuálních problémů v biologických vědách a biomedicíně včetně interdisciplinárních přesahů. Toto zaměření lze charakterizovat jako studium biologických procesů na molekulární a buněčné úrovni, zvláště komplexních interakcí mezi buňkami a prostředím a mezi informačními biologickými makromolekulami (DNA, RNA, proteiny), a to za použití nejmodernějších molekulárně biologických a bioinformatických přístupů a technik. 

Doktorandi by měli v průběhu studia absolvovat  odbornou stáž v zahraničí (celková délka alespoň 1 měsíc). O jejím zařazení do ISP rozhoduje především školitel a její realizace závisí na možnostech daného školícího pracoviště. Pokud stáž nelze zajistit, doktorandi se zapojují do mezinárodní spolupráce jiným způsobem v souladu se standardy studijních programů na UK.

• Pokroky v molekulární biologii a genetice (MPGS0034)

Doktorand se musí ke SDZ přihlásit nejpozději ve 3. ročníku  studia, v případě neúspěchu musí být druhý pokus o složení SDZ učiněn nejpozději během následujícího akademického roku.

SDZ probíhá ústní formou a je přizpůsobena konkrétní výzkumné tématice doktoranda. Skládá se ze dvou okruhů, tyto okruhy závisejí na zaměření disertační práce a podléhají schválení OR. Doktorandi musí během zkoušky prokázat především detailní a aktuální znalosti v tématech přímo souvisejících s problematikou disertační práce (první okruh zkoušky), a to včetně přesahových témat a znalostí principů, možností a omezení metodických přístupů, které s jejich výzkumem souvisí. Doktorandi by dále měli prokázat i dobrý všeobecný teoretický přehled v molekulární biologii, buněčné biologii, genetice nebo virologii (druhý okruh zkoušky, doktorand volí jeden z těchto čtyř oborů) na současné úrovni poznání. Očekává se, že doktorandi v průběhu zkoušky jednoznačně potvrdí schopnost postihnout podstatu problému, dokáží jej zařadit do širších souvislostí a zejména prokáží schopnost tvůrčího uvažování.

Na počátku  SDZ (poté, co je doktorand stručně představen předsedou zkušební komise) doktorand přednese krátkou prezentaci o tématu své disertační práce (cíle, stručně zmíněné metodické přístupy a hlavní dosažené výsledky, stávající stav publikační aktivity). Doktorand si za tímto účelem může připravit ppt nebo pdf prezentaci; celé představení současného stavu doktorského projektu však nesmí trvat déle než 8-10 minut.

Část molekulární biologie
Molekulární biologie a genetika a –omiky – předmět studia a metodika.
Molekulární evoluce ve smyslu „RNA svět“, „svět RNA a proteinů“, a „DNA svět“ (podmínky přechodu).
Nobelovy ceny v molekulární biologii a historie moderní MB.
Struktura a konformace DNA – kovalentní a slabé chemické vazby.
Genetická funkce DNA – objev a potvrzení.
Topologie DNA a topoisomerasy.
Struktura a konformace RNA – rozdíly mezi DNA a RNA.
Komplementarita basí – W.C. a neW.C. nukleotidové páry. Denaturace.
Ústřední dogma MB a funkce informačních biopolymerů.
Struktura a konformace proteinů.
Funkční klasifikace proteinů.
Gen, genom, chromosom v pro- a eu-karyotické buňce.
Nukleosom a chromatin; remodelace chromatinu.
Buněčný cyklus a duplikace a segregace chromosomů.
Chemie syntézy DNA a jednotlivé stupně replikace.
Enzymy replikační vidličky a přesnost replikace.
Poškození DNA a opravná (reparativní) syntéza DNA.
Homologní rekombinace a místně specifická rekombinace.
Mobilní elementy (transposony) a transpozice.
V (D) J rekombinace.
Transkripce a RNA polymerasy.
Eukaryotické RNA polymerasy a transkripční faktory.
Posttranskripční úprava a modifikace RNA.
Mechanismy sestřihu primárního transkriptu s introny GI, GII a S (spliceosom); alternativní sestřih.
Sestřih pre-tRNA; translační sestřih (intron).
Editace RNA; posun čtecího rámce; „missense“, „nonsense“ a „frameshift“ mutace.
Struktura mRNA a translace u pro- a eu-karyot.
Struktura a funkce ribosomů.
Iniciační, elongační a terminační stupeň translace.
Genetický kód.
Regulace transkripce u prokaryot.
Regulace transkripce v eukaryotické buňce.
tRNA jako model struktury RNA a její funkce v translaci.
Malé RNA (typu sn a sno) a jejich funkce v posttranskripční úpravě.
Aptamerové vlastnosti RNA a ribospinače.
RNA interference a úloha siRNA a miRNA v umlčování genů.
Klonování molekul, buněk a organismů.
Sekvenování DNA a genomová analýza.
Restrikčně-modifikační systémy u bakterií.
Genové inženýrství.
Posttranslační úpravy a modifikace proteinů.
Plastidy, viry a molekulární vektory.
Modifikace informačních biopolymerů a umlčování genů.
Modelové organismy v molekulární biologii.
Hlavní metody současné molekulární biologie.
Transgenní organismy.

Část buněčná biologie
Historie studia buňky: buněčná teorie, významné objevy týkající se struktury a funkce buněk.
Buňka jako živý systém: vlastnosti živých systémů, hierarchické uspořádání živých systémů.
Nízkomolekulární látky buňky: voda a její vlastnosti, anorganické látky, organické látky.
Makromolekuly buňky: polysacharidy, proteiny, nukleové kyseliny.
Membrány a buněčná stěna: struktura membrán, plazmatická membrána, buněčná stěna.
Cytoplazma a organely: cytosol, mitochondrie, chloroplasty, ostatní organely.
Jádro a chromozómy: jádro a jadérko, struktura chromozomů.
Cytoskelet: mikrotubuly, intermediární filamenta, mikrofilamenta.
Viry a buňka: struktura virionů a virový genom, lytický cyklus, lyzogenní cyklus.
Buněčná motilita a molekulární motory: motilita vázaná na mikrotubuly, motilita vázaná na mikrofilamenta.
Buněčný transport: transport látek přes membrány, intracelulární transport látek.
Extracelulární signální molekuly: klasifikace signálních molekul, mechanismy extracelulární signalizace.
Přenos signálu do buňky a membránové receptory: Mechanismy přenosu signálu do buňky, receptory.
Intracelulární signalizace: signální dráhy, realizace signálu.
Buněčný cyklus: fáze buněčného cyklu, Go buňky, regulace vstupu do buněčného cyklu a progrese buněčným cyklem.
Buněčná diferenciace a stárnutí: Mechanismy buněčné diferenciace, Mechanismy buněčného stárnutí.
Buněčná smrt: programovaná buněčná smrt, apoptotické signály, Mechanismy indukce a exekuce apoptózy.
Extracelulární matrix, buněčné adheze a spoje: extracelulární matrix, buněčná adheze, buněčné spoje.
Obnova a reparace buněk a tkání: kmenové buňky, fyziologická obnova buněk, reparační regenerace a hojení ran.
Nádorové buňky: buněčná transformace a kancerogeny, onkogeny, tumor supresorové geny.
Evoluce buněk: vznik buňky, evoluce prokaryontní buňky, evoluce eukaryontní buňky.
Metody studia buněčných proteinů: izolace a detekce proteinů, gelová elektroforéza a western blot, proteomické techniky.
Mikroskopické techniky: světelná mikroskopie, fluorescenční a konfokální mikroskopie, elektronová mikroskopie.
Metody studia komponent a funkcí buněk: frakcionace buněk, radioizotopové a kolorimetrické techniky, průtoková cytometrie.
Manipulace s buňkami: separace buněk, stimulace/inhibice proliferace, indukce/inhibice apoptózy, hybridizace, mikromanipulace.
Metody kultivace buněk in vitro: kultivační média a podmínky, primokultury a buněčné linie.

Část genetika
Genetická terminologie.
Interakce alel na jednom lokusu: dominance, recesivita, kodominace, intermediarita.
Mendlovy zákony.
Monohybridismus, dihybridismus.
Dominantní dědičnost, charakteristika, příklady znaků a lidských chorob, rizika.
Recesivní dědičnost, charakteristika, příklady znaků a lidských chorob, rizika.
Dědičnost vázána na pohlavní chromozóm, charakteristika, příklady znaků a lidských chorob, rizika.
Mnohotná alelie.
Interakce alel na různých lokusech: komplementarita, epistáze.
Modifikované geny.
Multifaktoriální dědičnost, charakteristika, kvalitativní a kvantitativní znaky, příklady znaků a lidských rizik.
Struktura a funkce DNA.
Struktura eukaryotního genu, geny kódující protein a funkční RNA.
Molekulární struktura chromozomu, typy chromatinu.
Morfologie chromozómů, centromery, telomery.
Struktura geonomu, typy sekvencí v něm obsažených.
Mobilní genetické elementy.
Počet chromozomů, autozómy a gonozómy, karyotyp.
Metody chromozomálního vyšetření, klasická a molekulární cytogenetika.
Odchylky počtu autozómů, syndromy, možnosti prevence.
Strukturální poruchy chromozómů.
Rekombinace, síla vazby, vazebná nerovnováha.
Metody genetického mapování u modelových organismů a člověka.
Užití vazby a vazebné nerovnováhy v identifikaci genů zodpovědných za fenotypové znaky.
Mimojaderná dědičnost.
Genetika prokaryont, horizontální přenos genů.
Informační makromolekuly: DNA, RNA, proteiny, typy, stavba, funkce.
Centrální dogma molekulární biologie, procesy toku genetické informace.
Genom, transkriptom, protein.
Replikace DNA.
Transkripce a postranskripční úpravy.
Genetický kód.
Translace a postranslační úpravy.
Reparace DNA.
Typy variability v eukaryontních geonomech.
Třídy mutací a polymorfismů.
Mutageny, jejich mechanismus účinku a testování.
Regulace genové exprese u prokaryot a eukaryot.
Transkripční faktory.
Regulace exprese malými RNA.
Epigenetické mechanismy.
Genomový imprinting, uniparentální disomie.
Inaktivace chromozómu X.
Faktory ovlivňující genotyp jedince.
Základní nástroje molekulární genetiky.
Klonování DNA a knihovny DNA.
Southernova metoda.
PCR.
Sekvenování DNA.
Molekulárně genetická diagnostika v medicíně.
DNA fingerinting.
Čipové technologie: resekvenace, genotypování, expresní profilování, stanovení počtu kopií, čipy pro analýzu proteinu.
Transgenní organismy.
Genová terapie.
Molekulární mechanismy regulace buněčného cyklu.
Charakteristiky nádorové buňky, genetická podstata nádorového bujení.
Geny činné v kancerogenezi: onkogeny, tumor supresorové geny, funkce.
Mechanismy aktivace onkogenů a inaktivace tumor supresorových genů.
Dědičná predispozice k nádorům, nejčastější typy a jejich genetika.
Chromozomální změny v nádorech.
Molekulární mechanismy tvorby protilátek a receptorů T buněk na úrovni DNA, RNA, proteinu, struktura, procesy, funkce.
Genetika HLA antigenů, struktura, funkce.
Genetika determinace pohlaví.
Genetika vývoje organismu, vývojové geny.
Základní koncepty populační genetiky.
Hardyho-Weinbergův zákon, podmínky platnosti a důsledky.
Faktory podmiňující změny alelových frekvencí: asortativní křížení, selekce, mutace, drift, tok.
Představy o vzniku a evoluci života na Zemi.
Evoluce genů a genomů.
Endosymbiotická hypotéza.

Část virologie
Definice virů, rozdíly od ostatních parazitů.
Taxonomie virů a parametry, podle kterých jsou viry klasifikovány.
Základní principy struktury virových částic a metody studia virových struktur.
Metody práce s viry (pomnožení, purifikace, kvantifikace, metody molekulární a buněčné biologie uplatňující se ve studiu virů a jejich interakcí s hostitelskou buňkou).
Viry a buněčná transformace.

a. Indukce nádorové transformace viry s DNA genomem (polyomaviry, papillomaviry, adenoviry a herpesviry).

b. Indukce nádorové transformace retroviry (chronicky onkogeními, akutně onkogeními viry a retroviry, které kodují transkripční aktivátory – např. HTLV)

c. Indukce nádorové transformace viry hepatitidy B a C.

Viry a imunitní systém – jak viry překonávají obranné mechanismy hostitele.
Replikační strategie RNA virů.

„minus“ RNA virů (na příkladech Orthomyxoviridae, Rhabdoviridae).

Virů jejichž genom je dvouvláknová RNA (reovioridae).

Replikační strategie a patogenní účinky virů kódujících reversní transkripázu:

HIV, viru

hepatitidy B.

Replikační strategie a patogenní účinky DNA virů:

b. Polyomaviry.

c. Papillomaviry.

d. Adenoviry.

e. Herpesviry.

f. Poxviry.

Zařazení známých lidských patogenů do čeledí (a strategií jejich replikace):
Virus vztekliny, spalniček, dětských příušnic, klíšťové encefalitidy, zarděnek, SARS, chřipky, dětské obrny, AIDS, černých neštovic, planých neštovic, žluté zimnice, žloutenky typu A,B,C, virus Ebola.

Hlavním požadavkem na tvůrčí činnost je samostatné provedení vlastní, originální a kvalitní vědecké práce, jejímž výstupem musí být alespoň dvě původní vědecké publikace týkající se tématu disertační práce a publikované v průběhu doktorského studia. Z toho alespoň u jednoho publikačního výstupu typu „původní článek“ musí být doktorand prvním autorem a musí mít na jeho vzniku významný podíl. Publikační výstupy musí být v časopisech s recenzním řízením indexovaných v databázích obecně uznávaných mezinárodní vědeckou komunitou (Web of Science, tzv. impaktované časopisy). Ve výjimečných a odůvodněných případech (např. při získání vysoce kvalitního prvoautorského publikačního výstupu) může OR rozhodnout jinak. U dosud nezveřejněných publikací je třeba doložit potvrzení, že rukopis byl odborným časopisem již přijat ke zveřejnění. Sdílené prvoautorství je možné uznat jako prvoautorství, je však nejprve třeba souhlasu předsedkyně OR. V případě, že druhá požadovaná publikace je jiného typu než “původní článek”, je vhodné situaci rovněž nejprve prokonzultovat s předsedkyní OR. Videopublikace nejsou akceptovány (nejsou-li zároveň doprovázeny plnohodnotným textem).

Případné další požadavky na publikační činnost doktorandů v souvislosti s ISP mohou být stanoveny vnitřními předpisy fakulty.

Obor studuje mechanismy interakcí, chemických, fyzikálních a biologických faktorů životního, pracovního prostředí a organismu. Integruje metodické přístupy především z oblasti toxikologie, molekulární biologie a imunologie. Je teoretickou základnou pro preventivní obory v lékařství, tj. hygienu a epidemiologii. Absolvent doktorského studijního programu získá vzdělání v oboru preventivního lékařství. Na základě principů medicíny založené na důkazech umí hodnotit význam působení faktorů na zdraví jedince i populace a stanovit možnosti i způsoby prevence poruch zdraví. 
Obhajobou disertační práce absolvent dokládá, že je schopen samostatně vědecky pracovat, publikovat výsledky v odborných časopisech a vést mladé vědecké pracovníky. Standardní doba studia jsou 4 roky, což umožní také mezinárodní vědecké aktivity.

• kurzy - absolvování minimálně 2 kurzů z níže uvedené nabídky:

1. doporučený kurz „Obecná epidemiologie a epidemiologická metodologie" (CPGS008)
2. pro studenty z nelékařských oborů je doporučen kurz „Základy lékařských věd pro studenty z nelékařských oborů“ (CPGS004)
3. další kurzy z nabídky kurzů Doktorských studijních programů v biomedicíně (http://dspb.avcr.cz), popřípadě z nabídky kurzů jednotlivých fakult, po domluvě se školitelem

• - zkouška z anglického jazyka (D0400003)
  - státní doktorská zkouška (D0400001)
  - osvojení si základů vědecké práce tak, aby po skončení studia byl student schopen samostatné vědecké práce a publikování jejích výsledků v mezinárodně uznávaných časopisech s definovaným impakt faktorem dle WOS

• prezentace výsledků výzkumné práce (nebo průběžných výsledků) alespoň na jedné studentské nebo národní nebo mezinárodní odborné konferenci nebo obdobném fóru.

• absolvování minimálně 2 kurzů
• zkouška z anglického jazyka (D0400003)
• přehled odborné literatury k dané výzkumné problematice ve formě rešerše

Analýza a hodnocení rizika

1. Základní principy hodnocení rizika poškození zdraví

2. Identifikace nebezpečnosti chemických látek

3. Látky s prahovým účinkem: hodnocení vztahů dávka-účinek, dávka-odpověď

4. Látky s bezprahovým účinkem: hodnocení vztahů dávka-účinek, dávka-odpověď

5. Využití hodnocení zdravotních rizik v ochraně veřejného zdraví

6. Hodnocení expozice

7. Biologické monitorování expozice

8. Analýza zdravotních rizik v životním prostředí

9. Analýza zdravotních rizik v pracovním prostředí

10. Analýza zdravotních rizik v potravinách a ve výživě

11. Význam epidemiologie pro hodnocení zdravotních rizik

12. Řízení rizika, principy řízení rizika při ochraně veřejného zdraví

13. Vnímání rizika a komunikace o riziku

14. Zdroje dat a informací pro hodnocení zdravotních rizik

15. Charakterizace rizika

Toxikologie

1. Intoxikace organickými rozpouštědly (benzin, toluen, trichloretylen, perchloretylen)

2. Toxické poškození jater

3. Intoxikace oxidem uhelnatým

4. Intoxikace etylenglykolem a metylalkoholem

5. Poškození dýchacích cest dráždivými látkami

6. Otravy houbami

7. Olovo a jeho sloučeniny

8. Rtuť a její sloučeniny

9. Kadmium

10. Chemické karcinogeny

11. Toxické látky ve výživě -anorganické kontaminanty (toxické kovy, dusičnany, dusitany)

12. Toxické látky ve výživě -organické kontaminanty (PCB, PCDD, PAU, ftaláty, mykotoxiny)

13. Toxikokinetika látek (vstřebávání, distribuce, biotransformace a vylučování)

14. Testování toxických účinků chemických látek

15. Přípustné limity (principy stanovení, životní prostředí, pracovní prostředí, potraviny, pitná voda) P

Prevence hromadně se vyskytujících onemocnění

1. Obezita (etiopatogeneze, diagnostika, léčba, prevence)

2. Tělesná aktivita a nadváha. Redukční programy

3. Vliv pravidelné tělesné aktivity na organismus

4. Výživa v těhotenství

5. Výživa v prevenci nádorových onemocnění

6. Výživa v prevenci aterosklerózy

7. Hlavní principy správné výživy

8. Výživa v prevenci diabetu

9. Protikuřácké programy,

10. Drogová závislost, prevence

11. Tuky, bílkoviny a sacharidy ve výživě

12. Prevence psychického stresu na pracovišti

13. Hladovění, malnutrice, alternativní výživové směry (výhody a rizika)

14. Charakteristiky růstu a vývoje v jednotlivých obdobích života

15. Základní lidské potřeby

16. Prevence geneticky podmíněných onemocnění

17. Pravidelné, zvláštní, mimořádné očkování

18. Základní charakteristiky zátěže organizmu (zdravotní důsledky působení nepřiměřené zátěže)

Neinfekční epidemiologie

1. Epidemiologie úrazů

2. Epidemiologie nádorů

3. Epidemiologická surveillance, účel a elementy

4. Interní validita epidemiologické studie

5. Přesnost studie a vliv náhodných chyb

6. Typy epidemiologických studií

7. Epidemiologie a identifikace nebezpečnosti

8. Studie případů a kontrol a kohortová studie

9. Popište rozdíly mezi následujícími charakteristikami rozptyl, směrodatná odchylka, střední chyba průměru a mezikvartilové rozpětí.

10. Kontingenční tabulka a její použití. Způsoby hodnocení?

11. Jak je možno měřit vztah dvou kvantitativních veličin? Popište používaný model.

12. Popište základní kvantitativní míry rizika používané v epidemiologických studiích a intepretaci jejich intervalů spolehlivosti

13. Epidemiologie kardiovaskulárních onemocnění

14. Molekulární epidemiologie 

•  Vykonání státní doktorské zkoušky.
•  Minim. 2 publikace v impaktovaných časopisech (1× první autor, spoluautor na libovolném místě).
•  Oborová rada vyžaduje autoreferát.