Kramná L, Kolářová K, Oikarinen S, Pursiheimo JP, Ilonen J, Simell O, Knip M, Veijola R, Hyöty H, Cinek O. Diabetes Care. 2015 May;38(5):930–3. doi: 10.2337/dc14-2490. Epub 2015 Feb 12. IF: 8.42
Publikaci představuje první autorka Mgr. Lenka Kramná z Pediatrické kliniky 2. LF UK a FN Motol, resp. Laboratoře molekulární genetiky.
Viry jsou dnes často zmiňovány v souvislosti s možnou rolí při spouštění či akceleraci autoimunitní reakce vedoucí k diabetu 1. typu (T1D). Proto jsme se rozhodli provést studii, která měla za pomoci techniky sekvenování nové generace (NGS) poprvé zmapovat střevní virom u malých dětí před nástupem autoimunity proti ostrůvkovým buňkám pankreatu a jejich kontrol.
Příprava vzorku byla založená na tvorbě náhodných fragmentů RNA/DNA, což umožňuje pozorovat vzorek „nezkresleně“, tzn. bez předchozích znalostí co očekávat. Její nespornou výhodou je tedy nejen identifikace virů, ale i získání celých sekvencí jejich genomů ve stavu, jak se ve vzorku opravdu nachází (bez předchozí nutnosti amplifikace na buněčných kulturách). Umožňuje také pozorovat výskyt více virových entit ve vzorku a jejich proporce.
Naše studie zahrnovala 19 případů a 19 kontrol. Virom byl sekvenován v časových obdobích 3, 6 a 9 měsíců před nástupem autoprotilátek u případu.
Pomocí metody NGS jsme dokázali identifikovat všechny běžné viry, které se ve stolici vyskytují a které byly rovněž potvrzeny specifickou PCR (enterovirus, parechovirus, sapovirus, bocavirus). Metodické srovnání ukázalo o něco nižší sensitivitu NGS oproti specifickému PCR. Žádný z nalezených virů nebyl významně zvýšený u případů oproti kontrolám. Zajímavý pozorovatelný rozdíl byl v přetrvávání některých fágů ve střevě (fág napadající E. coli nalezen v celém zkoumaném období 6 měsíců) oproti lidským virům, jejichž infekce trvala vždy jen krátce a vyskytla se pouze v jednom ze tří po sobě jdoucích vzorcích. Pro tuto vlastnost fágů dlouhodobě přetrvávat ve střevě člověka lze usuzovat na jejich potenciál nepřímo působit na imunitní systém střeva přes střevní bakterie. To může představovat další významnou souvislost mezi střevním viromem a autoimunitní T1D.
Naše studie potvrzuje, že sekvenování viromu metodou NGS je významný exploratorní nástroj, jehož nálezy mohou mít později význam pro klinickou praxi.
