Vicha A, Holzerova M, Krepelova A, Musil Z, Prochazka P, Sumerauer D, Kodet R, Eckschlager T, Jarosova M. Pathol Oncol Res. 2011 Dec;17(4):801–8. Epub 2011 Apr 5. IF: 1.483
Klinika dětské hematologie a onkologie
Za účelem získání informací o genových aberacích u čtyř dětí s feochromocytomem nebo paragangliomem byly při této studii použity metody komparativní genomová hybridizace (CGH) a array komparativní genomová hybridizace (aCGH). Výsledky získané těmito dvěma metodami se shodovaly a byly díky nim identifikovány 3 chromozomální oblasti zodpovědné za tumorigenezi. Žádné z předpokládaných indikátorů malignity nebyly nalezeny u benigních tumorů, a proto se zdá, že by molekulárně cytogenetické metody mohly být v budoucnu užitečné při odlišování benigních a maligních tumorů.
MUDr. Aleš Vícha, Ph.D., hlavní autor článku, nám odpověděl na následující otázku:
V čem se liší výše zmíněné použité metody – CGH a aCGH?
Klasická komparativní genomová hybridizace využívá hybridizaci značené normální (DNA zdravých dárců) a nádorové DNA k chromozómům připraveným klasickým cytogenetickým způsobem. Po hybridizaci jsou tyto mitózy vizualizovány a přeneseny pomocí mikroskopu a černobílé kamery do karyotypovacího softwaru, kde jsou karyotypovány a dále zpracovány.
Zdroj: www.array-cgh.de
Oproti tomu při array komparativní genomové hybridizaci jsou obě (normální i nádorová) DNA hybridizovány k malým, přesně definovaným částem DNA, které jsou přichyceny na skleněný podklad čipu. Pozice na čipu jsou přesně definovány. Citlivost čipů souvisí s množstvím přichycených (naspotovaných) DNA na konkrétním čipu. Po hybridizaci jsou čipy skenovány pomocí čteček čipů a výsledek je přenesen do počítače. K vyhodnocení čipu je nezbytný software, který příslušnému spotu přiřadí pozici, a tím ho přesně identifikuje a přiřadí další hodnoty.
Obě techniky jsou schopny posoudit deleci nebo zmnožení dané oblasti, ale nedokáží odhalit balancované translokace a u nebalancovaných translokací nemohou stanovit fúzní partnery.
Rozdíl obou technik je také v jejich pracnosti. Klasické CGH trvá nejméně 4 dny, ale většinou si celá analýza při více vzorcích vyžádá nejméně týden, zatímco výsledky z aCGH je možno získat do 3 dnů.
U současných čipů je největší výhodou daleko větší citlivost aCGH oproti klasické CGH. Ta je určena velikostí čipu, který je použitý. Pokud užijeme dostatečně citlivý čip s velkým množstvím spotů, můžeme prokázat změny i na úrovni několika genů. Takové senzitivity nejsme u klasické CGH schopni dosáhnout.
Pro lepší vysvětlení rozdílů CGH a aCGH přikládám obrázek.
