Rád bych propojil vědu a kliniku

Laureátem Ceny prof. MUDr. Karla Weignera pro nejlepšího absolventa lékařských programů se v letošním roce stal MUDr. Jan Bařinka. Kromě toho, že studium zakončil s průměrem 1,00, začal už v rámci studia spolupráci na vývoji softwaru, který slouží k detekci změn počtu chromozomů na základně transkriptomických dat. Začátky jeho vědecké dráhy jsou spjaty s pražskou skupinou CLIP (Childhood Leukaemia Investigation Prague). Absolvoval i několik zahraničních stáží, které jeho vědecké cestě daly jasnější směr.

---

Jak se dá vystudovat medicína se samými jedničkami?

Očividně se to dá. Je to asi kombinace štěstí a práce, kterou jsem tomu věnoval. Určitě jsem si hodně odseděl, jak je to u medicíny nutné. Učiva je opravdu spoustu, a aby měl člověk dostatečnou jistotu, že bude připraven na dotazy zkoušejících, tak času stráveného u knih je hodně. Nesporně je to i o nějakém štěstí, protože naučit se všechno opravdu nejde. Záleží tedy i na tom, jestli otázky zkoušejících směřují do oblasti, kterou jsem se naučil.

Co studentský život v takovém zápřahu? Byl jste jen s knihami, nebo jste si užil i radosti jako posedávání v kavárnách nebo U vojáka, dokud ještě stál?

Jasně že jo. Každý si během svého studia čas rozděluje jinak. Já jsem se rozhodl víc času investovat studiu. Neznamená to ale, že bych v knihách byl neustále. Věnoval jsem si i přátelům, rodině, vědě. Ale asi jsem si trochu víc vybíral studentské akce, na které jsem chodil.

Jaký význam pro vás má Cena Karla prof. MUDr. Karla Weignera pro nejlepšího absolventa lékařských programů?

Jsem za tu cenu vděčný. Vnímám ji jako ocenění práce, kterou jsem do studia dal. Byl bych radši, kdyby cena byla spíše za vědecké úspěchy než za prospěch, protože z mého hlediska je to důležitější než samé jedničky. Bylo velmi povzbuzující a velmi motivující se na předávacím ceremoniálu setkat se spoustou studentů, kteří toho během studia zvládli jak ve vědecké, tak ve společenské sféře hodně udělat. Být součástí této skupiny bylo moc pěkné.

Zmínil jste vědecké úspěchy. Jste sice teprve čerstvý absolvent, ale jak vypadají počátky vaší vědecké pouti?

Já jsem první krůčky dělal ve skupině CLIP při Klinice dětské hematologie a onkologie. Tam jsem začal kurzem programování, což postupně přešlo ve skvělou spolupráci. Zabývali jsme se analýzou sekvenačních dat dětských leukémií. V CLIPu mě všichni ochotně podporovali v rozvoji, především doktor Fišer a profesor Trka. Díky tomu mi byla následně umožněna spolupráce i s ostatními výzkumnými ústavy. Momentálně se dětskými leukémie nezabývám, pracuji s dospělými leukémiemi a sarkomy. Je to trochu změna, ale rozhodně to neznamená, že bych od dětských leukémií utíkal.

Proč se váš zájem orientuje právě na leukémie?

Je to kombinace zájmu a příležitosti. Ve společnosti je oprávněně zafixovaný strach a respekt z rakoviny. Už když jsem šel na medicínu, tak jsem to tak vnímal a myslel jsem si, že by to byl smysluplný směr, jakým se během studia dát. Tak jsem se o téma zajímal, shodou okolností jsem začal spolupracovat se skupinou CLIP, a tak se to sešlo.

Během studia jste absolvoval stáž v St. Jude Children's Research Hospital v Memphisu, na Karolinska institutet ve Stockholmu, teď jste v Berlíně. Co vám cestování po světě za vědou přineslo?

Bez těchto zkušeností bych se jistě vydal jiným směrem. Zvlášť ve vědě. Ačkoli v CLIPu se dělá věda na vysoké úrovni, tak v Americe i v celé Evropě je takových skupin obrovské množství. Je to dáno jak velikostí země, tak financemi, které do vědy tečou. A když se člověk dostane do kontaktu s takovým množstvím vysoce kvalitní vědy, zjišťuje, co je možné, nebo kde by se v budoucnosti mohl vidět. Stejně to by bylo u mě. Věděl jsem, že po škole bych chtěl být takovým prostředím posouván dál. I proto jsem teď v Berlíně.

​Co přesně v Berlíně v rámci svého doktorského studia děláte?

Od začátku se zabývám bioinformatikou, což je zpracovávání medicínských dat různého charakteru pomocí informačních technologií. Mnohé moderní technologie, jako například sekvenování genomu, generují obrovské množství dat, jaké člověk bez pomoci počítače nemůže sám analyzovat. Naše laboratoř se konkrétně zabývá jednobuněčným sekvenováním a jednobuněčnými metodami. Tyto metody jsou ve srovnání s klasickým genomovým sekvenováním schopny detekovat a přečíst DNA nebo RNA jednotlivých buněk. To umožňuje poznávat nádor na úrovni buněčných populací.

V minulosti jsme dostali vzorek nádoru a mohli jsme o něm něco říct jako o celku. Ale pomocí této metody můžeme říct: tady tato skupina buněk se chová takhle, a tato jiná skupina má jiný charakter. Otevírá to úplně jiné možnosti. A myslím si, že skrz tyto technologie dostáváme spoustu šancí, jak dále pomoct pacientům.

Kde se vidíte po absolvování Ph.D.?

Mým cílem během Ph.D. budou hlavně publikace a práce, která po člověku zůstane. Co bude dál, nechávám otevřené. V nějakém bodě bych se strašně rád vrátil do kliniky, třeba právě k dětským leukémiím. Vždy když jsem stážoval na Klinice dětské hematologie a onkologie, ohromně mě oslovila práce, kterou tam lékaři dělají. Bylo by mi líto, kdybych se k tomu už nikdy nedostal. Rád bych se stal takzvaným clinician scientist, který se pokouší spojovat znalost pacientových problémů se znalostí možností, jak tyto problémy řešit nebo jak by se mohla nalézat nová řešení.

Podle čeho si vybíráte svá působiště v zahraničí?

Vybíral jsem si podle toho, jestli témata, která se v té skupině probírají, nějak souzní s tím, co bych chtěl dělat. Z velké části mě zajímala i publikační činnost skupiny a nakolik je aktivní ve vědecké sféře. V Berlíně to byla souhra možností, ale i osobního života, koordinovali jsme pobyt zde s přítelkyní.

Jak jste se dostal k bioinformatice? Hrál jste od malička počítačové hry a přišlo vám jako skvělý nápad propojit příjemné s užitečným?

Jo, počítačové hry si rád zahraju, i když teď už míň. Ale ty mou motivací nebyly. Možná to byla i smůla, že jsem se k programování nedostal dřív. Na střední škole si pamatuju jen chabé pokusy o jeho výuku. S programováním jsem se poprvé opravdu setkal až při volitelném předmětu v CLIPu, tam mě to začalo hodně bavit. Z velké části to byl zájem o něco, co se ve společnosti omílalo, a cítil jsem, že to je a především bude důležité. Možná kdybych se programování věnoval dřív, tak bych třeba nešel na medicínu.

Co vás k medicíně přivedlo?

Já bych si rád myslel, že to byl zájem v biologii, v chemii nebo v onkologii, nebo potřeba se nějak společensky angažovat. Ale myslím si, že ve skutečnosti to bylo něco známého, do čeho jsem se vrhal. Protože jak rodiče, tak prarodiče, ale i v širší rodině máme spoustu lékařů.