LAboratoř Molekulární PAtologie (LaMPa)

Laboratoř molekulární patologie se zabývá moderní diagnostikou a výzkumem v oboru dětských a dospělých nádorových onemocnění (lymfomy, sarkomy).
 
Žádanka o vyšetření RAS mutací
Žádanka o molekulární vyšetření
 

Seznam vyšetření dostupných v Laboratoři Molekulární Patologie (LaMPa) Ústavu patologie a molekulární medicíny 2. LF ke dni 16. 5. 2016

LYMFOMY
B lymfomy IgH, IgK, IgL klonalita
 
T lymfomy TCRg, TCRd, TCRb klonalita
 
Lymfom z buněk pláště t(11;14) MTC 30–50%
Exprese cyklinu D1
 
>95%
Folikulární lymfom, DLBCL t(14;18) MBR, 3´MBR, mcr
 
65%
Lymfoplazmocytický lymfom mutace v genu MYD88
 
>90%
B/T Lymfomy Ig/TCR-pacient specifické primery pro detekci MRN
 
Anaplastický velkobuněčný lymfom ALK+ Exprese translokované části genu ALK
t(2;5) NPM/ALK ~75%
t(1;2) TPM3/ALK ~18%
inv(2) ATIC/ALK ~2%
t(2;17) CLTC/ALK ~2%
t(2;19) TPM4/ALK <1%
t(2;X) MSN/ALK <1%
t(2;17) ALO17/ALK
 
vzácně
SARKOMY a NÁDORY MĚKKÝCH TKÁNÍ
EWS „like tumors“ t(4;19) CIC/DUX4 cca 30%
t(10;19) CIC/DUX4(10)  
inv(X) BCOR/CCNB3
 
 
Synoviální sarkom t(X;18) SYT/SSX1 65%
  SYT/SSX2 35%
  SYT/SSX4
 
vzácně
Myxoidní liposarkom t(12;16) FUS/CHOP 95%
t(12;22) EWS/CHOP
 
vzácně
Alveolární RMS t(2;13) PAX3/FKHR 60–80%
t(1;13) PAX7/FKHR
 
10–20%
„Clear cell sarcoma“ t(12;22) EWS/ATF1 >90%
t(2;22) EWS/CREB1
 
 
Desmoplastický kulatobuněčný nádor t(11;22) EWS/WT1
 
>90%
Dermatofibrosarcoma protuberans t(17;22) Col1A1-PDGFB >90%
ring17q Col1A1-PDGFB
 
75%
Alveolární sarkom měkkých tkání t(X;17) ASPL/TFE3
 
>90%
Epitelioidní hemangioendoteliom t(1;3) WWTR1/CAMTA1
 
>90%
Infantilní fibrosarkom t(12;15) ETV6/NTRK3
 
>90%
Mesenchymální chondrosarkom t(8;8) HEY1-NCOA2
 
cca 70%
„Low grade“ fibromyxoidní sarkom t(7;16) FUS/CREB3L2 90%
t(11;16) FUS/CREB3L1
 
≤10%
Extraskeletální myxoidní chondrosarkom t(9;22) EWS/TEC 75%
t(9;17) TAF2N/TEC
 
25%
Zánětlivý myofibroblastický nádor t(2;19) ALK/TPM4  
t(1;2) ALK/TPM3  
t(2;17) ALK/CLTC  
Exprese translokované části genu ALK
 
Solitární fibrózní nádor inv(12) NAB2/STAT6
 
>90%
Nodulární fascitída t(17;22) MYH9/USP6
 
cca 75%
Lipoblastomy t(8;8) nebo HAS/PLAG  
přestavba(8) HAS/PLAG  
t(7;8) COL1A2/PLAG  
t(2;8) COL3A/PLAG  
přestavba (8) RAB2A/PLAG
 
 
rabdoidní tu mutace v genu SMARCB1 (INI1)
epiteloidní sarkom mutace v genu SMARCB1 (INI1)
 
GISTy
GIST mutace v genech c-kit, PDGFRα, BRAF
 
KARCINOMY
Kolorektální karcinom mutace v genech RAS (KRAS, NRAS)
mutace v genu BRAF
 
Adenokarcinom plic mutace v genu EGRF
 
MELANOM mutace v genu BRAF
 
NÁDORY LEDVIN
Mezoblastický nefrom t(12;15) ETV6/NTRK3  
Renální karcinom s t(Xp;_) t(1;X) PRCC/TFE3  
t(X;17) ASPL/TFE3
 
 
CCS ledvin ITD (X) ITD BCOR
 
 
CNS
Gliomy mutace v genech IDH1 a IDH2
mutace genu BRAF
mutace genu H3F3A a HIST1H3B
 
Pilocytární astrocytom ITD 7q KIAA1549/BRAF
 
 
Meduloblastom mutace v genu CTNNB
 
AT/RT mutace v genu SMARCB1 (INI1)
 

Materiál

Nejvhodnější materiál pro izolaci nukleových kyselin z primárních nádorů je zmražená tkáň, tzn. zaslána nativní, příp. ve fyziologickém roztoku. V případě konzultačních vyšetření preferujeme fixaci materiálu v alkoholu (40–70%) namísto fixace ve formolu. Jsme však schopni v omezených podmínkách (v závislosti na použitém formolu, délce fixace apod., fixace ve formolu štěpí nukleové kyseliny) izolovat nukleové kyseliny i z parafínových bloků.

Pro detekci reziduální nemoci využíváme odběry punktátů kostní dřeně a/nebo periferní krve odebrané do protisrážlivého prostředku, nejčastěji EDTA. Antikoagulační médium heparin je nevhodný, neboť může blokovat následné PCR reakce.
 

Co je minimální reziduální nemoc a proč je nutné její sledování

Jako MRN označujeme subklinickou úroveň nemoci, kdy v průběhu terapie již maligní buňky nejsou běžnými cytologickými metodami detekovatelné. V této situaci je pacient v kompletní klinické remisi, avšak může mít i za tohoto stavu v těle až 1010 maligních elementů. Právě tyto přežívající nádorové buňky, které léčbě unikly, mohou později způsobit relaps – znovuobjevení nemoci.

Principem sledování MRN je najít na nádorové buňce takový znak, který ponese celý nádorový klon a bude se jím lišit od buněk zdravých. Sledování hladin reziduální nemoci je klinicky velice významné. Původní práce využívaly k určování MRN kvalitativní nebo semikvantitativní metody, ale postupně se ukazovalo, že samotná informace o přítomnosti či nepřítomnosti MRN nevede k přesnějším výsledkům. Proto se rozvíjejí metody kvantitativní (kvantitativní PCR v reálném čase RQ-PCR nebo RQ-RT-PCR), které nám umožňují sledovat dynamiku úbytku, případně nárůstu nádorové populace.

Kvantitativní PCR cyclery:

  

Příklady výsledků:

A – sekvenování a ověřování translokace t(11;14)
B – sledování minimální reziduální nemoci pomocí fúzního genu NPM/ALK a exprese molekuly CD30 u pacienta s anaplastickým velkobuněčným lymfomem

   

 

Z publikační aktivity LaMPa:

Publikace v zahraničních časopisech
Kalinova M., Krskova L., Brizova H., Kabickova E., Kepak T., Kodet R.: Quantitative PCR detection of NPM/ALK fusion gene and CD30 gene expression in patients with anaplastic large cell lymphoma – residual disease monitoring and a correlation with the disease status – Leukemia Research, 2007 v tisku

Krsková, L., Sumerauer, D., Stejskalová, E., Kodet, R.: A novel variant of SYT-SSX1 fusion gene in a case of spindle cell synovial sarcoma, Diagnostic Molecular Pathology – 2007 po revizi zasláno do tisku

Sumerauer D., Vicha A., Zuntova A., Stejskalova E., Krskova L., Kabickova E., Kodet R., Eckschlager T.: Teratoma in an adolescent with malignant transformation into embryonal rhabdomyosarcoma: case report. J Pediatr Hematol Oncol. 2006 Oct;28(10):688–92

Krsková L., Mrhalová M., Sumerauer D., Kodet R.: Rhabdomyosarcoma: molecular diagnostics of patients classified by morphology and immunohistochemistry with emphasis on bone marrow and purged peripheral blood progenitor cells involvement; Virchows Arch. 2006 Apr;448(4):449–58 (IF 2,227)

Jindřichová Š., Kodet R., Krsková L., Vlček P., Bendlová B. The newly detected mutations in the RET proto-oncogene in exon 16 as a cause of sporadic medullary thyroid carcinoma. J Mol Med. 2003 Dec;81(12):819–23. Epub 2003 Nov 15. (IF 4,256)

Soukup J., Krsková L., Hilská I., Kodet R. Ethanol fixation of lymphoma samples as an alternative approach for preservation of the nucleic acids. Neoplasma. 2003;50(4):300–4. (IF 0,822)

Kodet R., Mrhalová M., Krsková L., Soukup J., Campr V., Neškudla T., Szepe P., Plank L.: Mantle cell lymphoma: improved diagnostics using a combined approach of immunohistochemistry and identification of t(11;14)(q13;q32) by polymerase chain reaction and fluorescence in situ hybridization. Virchows Arch. 2003 Jun;442(6):538–47. Epub 2003 May 01. (IF 2,227)

Mrhalová M., Kodet R., Kalinová M., Hilská I.: Relative quantification of ERBB2 mRNA in invasive duct carcinoma of the breast: correlation with the ERBB-2 protein expression and the ERBB2 gene copy number. Pathology – Research and Practice 2003, 199: 453–461

Publikace v domácích časopisech
Krsková L., Hilská I., Kopecká P., Soukup J., Kodet R.: Molekulární diagnostika maligních lymfomů řady B: detekce klonality a stručný přehled problematiky s vlastními výsledky, Čas. lék. českých 3/ 2004; str. 191–197

Kodet R., Mrhalová M., Krsková L., Manďáková P., Kalinová M.: Život patologa mezi molekulami – výstroj a výzbroj pro přežití, 2004 Klinická onkologie 17 (1): 3–8

Mrhalová M., Krsková L., Kalinová M., Soukup J., Kodet R.: Folikulární lymfomy: molekulární diagnostika t(14;18)(q32;q21) – fluorescenční in situ hybridizace, kvalitativní a kvantitativní PCR. Česko-slovenská patologie 2003, 39 (3): 130–137

Soukup J., Krsková L., Campr V.: New aspects of MALT lymphomas of the stomach. Česko-slovenská patologie. 2003 Jul;39(3):120–5

Kodet R., Mrhalová M., Krsková L., Stejskalová E.: Anaplastický velkobuněčný lymfom: přehled problematiky. Československá patologie 2003, 39 (3): 102–114

Soukup J., Krsková L., Mrhalová M., Kodet R., Campr V., Kubáčková K., Trněný M.: Velkobuněčné difúzní B-lymfomy: heterogenní původ a prognóza z hlediska současné diagnostiky. Časopis lékařů českých 2003, 142 (7): 417–422

Abstrakta v zahraničních časopisech
Markéta Kalinová, Kateřina Mužíková, Lenka Krsková, Irena Hilská, Alena Augustiňáková, Edita Kabíčková, Tomáš Kepák, Roman Kodet: Real-time quantitative PCR detection of fusion gene NPM/ALK, cytokine receptor CD30 and T-cell receptor rearrangement in patients with ALCL: monitoring residual disease and correlation with disease status; XXVI Congress of the IAP, 16. 9. – 21. 9. 2006, Modern Pathology 19 (3) 2006, p.116

Linda Čapková, Markéta Kalinová, Lenka Krsková, Daniela Kodetová, František Petřík, Martin Trefný, Jaromír Musil: Detection of molecular changes in bronchial mucosa of heavy smokers in correlation with findings of autofluorescence bronchoscopy; XXVI Congress of the IAP, 16. 9. – 21. 9. 2006, Modern Pathology 19 (3) 2006, p.164

Lenka Krsková, Irena Hilská, Alena Augustiňáková, Markéta Kalinová, Marcela Mrhalová, Marie Neradová, Roman Kodet: Expression of ERBB2 and BCL-2 in synovial darcoma; XXVI Congress of the IAP, 16.9.–21.9.2006, Modern Pathology 19 (3) 2006, p.181

Kalinova M., Krskova L., Hilska I., Kopecka P., Kodet R.: Real-time quantitative PCR detection of fusion gene ALK/NPM in patients with ALCL: residual disease monitoring and a correlation with the disease status – Virchows Archiv 2005, 2, 264

Soukup J, Campr V, Manďáková P, Krsková L, Kalinová M, Mrhalová M, Kodet R (2004) Malignant lymphoma as a part of multiple primary tumors. XII. Meeting of the European Association for Haemathopathology, 26.9.–1.10.2004

Mrhalová M, Kalinová M, Krsková L, Soukup J, Kodet R (2003) Monitoring of patients with  ollicular lymphoma carrying t(14;18)(q32;q21) by real time quantitative PCR. 19th European Congress of Pathology, 6.–11.9.2003 Ljubljana Slovenia. Virchows Archiv 443 (3): 405, P-349

Kodet R, Mrhalová M, Krsková L, Soukup J, Campr V, Szepe P, Plank L, Kubáčková K (2003) Mantle cell lymphoma (MCL): Ki-67 antigen and chromosome 12 ploidy in an estimate of the tumor progression. 19th European Congress of Pathology, 6.–11.9.2003 Ljubljana Slovenia. Virchows Archiv 443 (3): 407, P-353

Mrhalová M, Kalinová M, Kodet R (2002) Quantitative RT-PCR as a tool solving discrepant results between ERBB2 gene copy numbers and expression of the ERBB-2 protein: An improvement of Herceptin therapy indication in breast carcinomas. XXIVth International Congress of the International Academy of Pathology, 5.–10.10.2002 Amsterdam Netherlands. Histopathology 41 (suppl 1): 3, O.01.216

Kodet R, Mrhalová M, Krsková L, Kabíčková E (2002) Burkitt´s lymphoma (BL): fluorescence in situ hybridization (FISH) on interphasic nuclei as a tool to reveal specific translocations, PCR detection of clonality and bone marrow (BM) involvement. XXIVth International Congress of the International Academy of Pathology, 5. – 10. 10. 2002 Amsterodam Netherlands. Histopathology 41 (suppl 1): 91, P.03.201

Soukup J, Krsková L, Mrhalová M, Kodet R, Campr V, Kubáčková M, Trněný M (2002) Diffuse large B cell lymphomas (DLBCL): analysis of the heterogeneous group by means of immunohistochemistry, PCR and FISH. XXIVth International Congress of the International Academy of Pathology, 5.–10.10.2002 Amsterdam Netherlands. Histopathology 41 (suppl 1): 15, O.03.366

Kodet R, Mrhalová M, Krsková L, Soukup J, Szépe P (2001) Mantle cell lymphoma (MLC): A combined immunohistochemical (IHC), fluorescence in situ hybridization (FISH) and PCR study. 18th European Congress of Pathology, 8.–13.9.2001 Berlin Germany. Virchows Archiv 439 (3): 417, P-459
 

Kontakt:

  tel.: email:
RNDr. Markéta Kalinová, Ph.D. 224435634
RNDr. Lenka Krsková, Ph.D. 224435634

Mgr. Alena Kalfusová 224435622

Bc. Irena Hilská 224435650

RNDr. Helena Jungbauerová, Ph.D. 224435622

Vydáno: 27. 1. 2014 / Poslední aktualizace: 16. 5. 2016 / Odpovědná osoba: Administrátor