Kanderova V, Kuzilkova D, Stuchly J, Vaskova M, Brdicka T, Fiser K, Hrusak O, Lund-Johansen F, Kalina T. Molecular & Cellular Proteomics. 2016 Apr;15(4):1246–61. doi: 10.1074/mcp.M115.054593. Epub 2016 Jan 19. IF: 5.912
Publikaci představuje jedna ze spoluautorů RNDr. Veronika Kanderová, Ph.D., z laboratorního centra Kliniky dětské hematologie a onkologie 2. LF UK a FN Motol.
Ve studii jsme testovali možnosti využití tzv. „SEC-MAP arrays“ ve výzkumu dětských akutních leukemií. Zjistili jsme, že tyto proteomické nástroje (kterých je v klinickém výzkumu všeobecně nedostatek) jsou vhodné pro hlubokou fenotypizaci leukemických buněk, v jednom vzorku můžeme najednou detekovat až 1500 proteinů, včetně stanovení jejich relativního množství a velikosti. Následně lze sledovat rozdíly proteomu mezi jednotlivými subtypy leukemií, např. proteiny korelující s prognostickou skupinou (pomocí protilátky připravené ve spolupráci s ÚMG AV jsme tak zjistili korelaci proteinu OPAL-1 s ETV6-RUNX1 pozitivitou). V neposlední řadě jsme upozornili na úskalí práce s proteiny z primárních klinických vzorků, kde klasické kontrolní proteiny (např. aktin či beta-2-mikroglobulin) neposkytují dostatečnou informaci o případné snížené kvalitě vzorku, a mohou tak přispívat k chybné interpretaci proteomických dat.
