MetaMass – nástroj pro meta-analýzu dat v subcelulární proteomice

MetaMass, a tool for meta-analysis of subcellular proteomics data.

Lund-Johansen F, de la Rosa Carrillo D, Mehta A, Sikorski K, Inngjerdingen M, Kalina T, Røysland K, de Souza GA, Bradbury AR, Lecrevisse Q, Stuchly J. Nature Methods. 2016 Oct;13(10):837–40. doi: 10.1038/nmeth.3967. Epub 2016 Aug 29. IF: 25.062

Mgr. Jan Stuchlý

Publikaci představuje senior autor Mgr. Jan StuchlýKliniky dětské hematologie a onkologie 2. LF UK a FN Motol. „Pokud jde o autorský podíl na této práci, tak hlavním (a korespondenčním) autorem je Dr. Lund-Johansen, který projekt vymyslel. Hlavními autory v širším smyslu jsme pak dále Quentin Lecrevisse a já,“ upřesňuje Mgr. Stuchlý. „Já jsem se zabýval zejména návrhem a implementací software, analýzou a interpretací dat, statistickou analýzou a formulací závěrů.“

Kombinace subcelulární frakcionace a hmotnostní spektrometrie (MS) umožňuje popsat lokalizaci celého buněčného proteomu. Subcelulární lokalizace přisuzované jednotlivým proteinům se však v publikovaných studiích výrazně liší. Tato variabilita bývá vysvětlována diverzitou buněčného proteomu, což by vylučovalo validaci a standardizaci experimentálních postupů.

V tomto článku prezentujeme meta-analýzu MS dat ze studií napříč různými buněčnými typy a různými metodami frakcionace. Pro tento účel jsme vytvořili MetaMass, jednoduchý nástroj pro clusterovou analýzu a anotaci MS dat. MetaMass umožňuje rychlou analýzu a anotaci MS dat z různých experimentů, jejich kombinaci a porovnání.

Meta-analýza MS dat z 11 studií, ve kterých bylo zkoumáno široké spektrum lidských a myších buněk, ukazuje, že subcelulární lokalizace většiny proteinů je vysoce konzervovaná a standardizovaná sada proteinů a jejich lokalizací může být široce použita pro interpretaci MS dat v subcelulární proteomice.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27571551

Vydáno: 16. 8. 2018 / Odpovědná osoba: Mgr. Ing. Tereza Kůstková