(poslední přednosta prof. MUDr. Jiří Jodl, CSc.)
Dětské oddělení, zřízené roku 1954, se stalo klinikou v roce 1958. Primářem oddělení byl MUDr. J. Krůta, přednosty kliniky pak postupně profesor MUDr. Kamil Kubát (1958–1973), profesorka MUDr. Zdena Hloušková, CSc., (1973–1983), profesor MUDr. Jiří Švorc, DrSc., (1983–1991) a profesor MUDr. Jiří Jodl, CSc., (1991 – zrušení kliniky).
Od svého založení byla klinika profilována jako vstupní pracoviště pro posluchače medicíny v rámci pediatrické propedeutiky. Akcent byl věnován problematice sociální pediatrie a organizace zdravotnictví (prof. Kubát). S rozvojem jednotlivých specializovaných oborů přicházejí pak na kliniku i posluchači vyšších ročníků v rámci výuky jednotlivých specializací. K těmto specializovaným úsekům patřila jednak problematika chronických plicních onemocnění, pro jejichž vyšetření byla klinika postupně vybavena (prof. Hloušková). Dalším specializačním oborem byla dětská nefrologie, která pokračovala v tradici 2. dětské kliniky v Motole (prof. Švorc, as. Dušek). Pro tuto činnost bylo založeno odd. léčebné hemodialýzy a byly vytvářeny předpoklady pro prohloubené vyšetřování pacientů. Všichni primáři kliniky měli široký pediatrický rozhled a orientovali se na doškolování terénních lékařů. Doplňujícími obory byla medicina kojenců, výživa a imunologická problematika, která doplňovala v oboru alergologie specializační obor – chronická respirační onemocnění. V posledním období existence dětské kliniky byly pěstovány zejména tři hlavní superspecializace; do těchto oblastí byly také směrovány výzkumné úkoly kliniky:
Alergologie a chronická respirační onemocnění (doc. Puchmajerová, as. Tvrzníková), pěstované na klinice tradičně s možností kompletního funkčního vyšetření plic a základního vyšetření imunologického.
Nefrologie se zvláštním zaměřením na chronická infekční onemocnění močových cest a hematurie nejasného původu (as. Dušek, prim. Ulrychová).
Kojenecká a dětská výživa a gastroenterologie dětského věku. Problematika výživy se týkala jak zdravých, tak nemocných dětí. Významná byla spolupráce s předními firmami vyrábějícími prostředky pro kojeneckou a dětskou výživu. Tak na klinice vzniklo nutričně rehabilitační centrum s nutným laboratorním zázemím. Nově se tu rozvinul obor dětské gastroenterologie se zajištěním vyšetřovacích metod biochemických, bioptických a endoskopických. V endoskopii spolupracovala klinika s gastroenterologickým oddělením interní kliniky FN Pod Petřínem (prof. Jodl, as. Valtrová, as. Zítek). Klinika samozřejmě zajišťovala i kompletní péči pro pacienty s akutním onemocněním.
Pro nejtěžší pacienty bylo zřízeno oddělení dětské intenzivní péče, pro akutní choroby kojenců bylo náležitě vybaveno oddělení kojenců a batolat.
