(doc. MUDr. Roman Kodet, CSc.)
Ústav byl založen v roce 1954, krátce po vzniku fakulty dětského lékařství. Byl součástí katedry zahrnující ještě oddělení mikrobiologie a později i oddělení soudního lékařství. Od počátku sídlí v budově Hlavova I. patologicko-anatomického ústavu 1. LF UK. První vedoucí ústavu byla prof. MUDr. Dagmar Benešová, DrSc., která katedru řídila do roku 1973. Hlavní zaměření se týkalo patologie dětského věku, zvláště perinatálního období. Soustředěním pitev z bývalého Pražského, později ze Středočeského kraje byl od roku 1952 získán materiál, který umožnil hlubší studium perinatální a kojenecké úmrtnosti a četnosti vrozených vývojových vad. Tato činnost přispěla, ve spolupráci s porodnickými a s pediatrickými pracovišti, ke snížení novorozenecké úmrtnosti nejen v rámci kraje, ale stala se modelovým příkladem v celostátním měřítku. Od roku 1973 do roku 1992 vedl ústav prof. MUDr. Josef Stejskal, CSc. V širokém měřítku rozvinul bioptickou nefropatologii v dětském věku. Přinesl cenné poznatky v imunopatologii renálních onemocnění a o hereditárních nefropatiích, hemolyticko-uremickém syndromu a diseminované intravaskulární koagulopatii. Původní byla pozorování střádání dextranu u hemodialýzovaných pacientů a experimentální činnost zabývající se rejekčními nefropatiemi (spolu s biologickým ústavem 1. LF UK). Ve spolupráci s klinikou dětské onkologie se systematicky rozvíjela dětská onkopatologie s hlavním zaměřením na bioptickou diagnostiku. Neméně významnými oblastmi bylo prohlubování znalostí vrozených vývojových vad se speciálním zaměřením na vady srdeční a znalostí v oboru gynekologické patologie dětského věku.
Od samého vzniku ústavu se kladl zásadní důraz na výuku studentů. Byly založeny rozsáhlé výukové sbírky preparátů umožňující systematickou praktickou výuku jak v patologii dospělých, tak dětského věku. Studium oboru je zařazeno do 3. ročníku.
V současné době pokrývá ústav komplexní diagnostickou činností téměř všechny oblasti dětské patologie. Zvýšená pozornost se věnuje klinicko-patologické korelaci srdečních malformací, včetně prenatálně diagnostikovaných vad, všeobecné pedopatologii a dětské onkopatologii. Neopomíjí se ani povšechná patologická anatomie dospělých, která slouží jako základ pro pregraduální výuku. Je rozvíjena perspektivní oblast imunopatologické diagnostiky, zvláště v oboru onkopatologie.
Do budoucna se předpokládá prohloubení úzkého sepjetí s jednotlivými klinikami začleněním ústavu do komplexu fakultní nemocnice v Motole. Tento krok umožní rozvoj peroperační a cytologické diagnostiky a tím zlepšení bezprostřední péče o nemocné. Uvedené postupy spolu s průběžným rozvíjením moderních vyšetřovacích metod v patologii (imunohistochemie, in situ hybridizace) budou mít přímou návaznost i na poli aplikovaného výzkumu. Ve výuce studentů bude pokračovat integrace výuky patologické anatomie s ostatními preklinickými a klinickými obory.
