(doc. MUDr. Martin Vízek, CSc.)
Patofyziologický ústav byl konstituován hned při založení fakulty, byl ovšem rozsahem velice skrovný, obsazený dvěma asistenty a dvěma externími pracovníky. Vědecké zaměření ústavu se teprve hledalo a experimentální práce z té doby se zabývaly endokrinologií a enterální insuflací kyslíku. Výraznou změnu v zaměření ústavu i v jeho úrovni znamenalo jmenování profesora MUDr. Otakara Poupy vedoucím ústavu v roce 1959. Ten ve velmi krátké době vytvořil na ústavu pracovní skupinu zaměřenou na experimentální kardiologii – rezistenci myokardu k hypoxii, hypertrofii srdečního svalu a experimentální nekrózy myokardu. Tato skupina tvořená pracovníky ústavu a pracovníky Fyziologického ústavu ČSAV velmi rychle získala uznání odborné veřejnosti v Československu i zahraničí. Spolupráce s fyziologickými ústavy lékařských fakult Katolické univerzity v Nijmegen a ottawské univerzity přinesla opakované pobyty jednotlivých pracovníků v zahraničí. Světově uznávanými se staly práce o vývoji kapilarizace srdečního svalu a ovlivnění růstu srdečních kapilár v postnatálním období. Zlepšila se i výuka. Na přednáškách se kromě profesora Poupy podíleli i další přední českoslovenští fyziologové – Dr. Hahn, Dr. Koldovský, prof. Křeček, Dr. Pařízek, prof. Servít a další. Toto velmi úspěšné období přerušily události roku 1968. Do zahraničí odešli prof. Poupa (spoluautor 2000 slov), doc. Rakušan, Dr. Turek a Dr. Souhrada. Na ústavu zůstali pouze nejmladší pracovníci – Dr. Herget a Dr. Vízek. Ústav v té době fungoval především zásluhou schopností nástupce prof. Poupy, profesora MUDr. Jiřího Křečka, který kolem sebe dokázal soustředit zbytky fyziologické obce. Spolu s nimi udržel vysokou úroveň výuky a současně pokračoval ve výchově mladých učitelů. Když byl prof. Křeček pro svou politickou aktivitu donucen opustit vysokou školu, stal se jeho nástupcem Dr. Paleček. Prof. Dr. Paleček spolupracoval s ústavem již od svého příchodu na fakultu v roce 1969 a když byl v roce 1972 jmenován jeho vedoucím, začal budovat skupinu zaměřenou na experimentální studium dýchání a plicního oběhu. Díky jeho organizačním schopnostem, technickému nadání a invenci se této skupině brzy podařilo získat uznání československých a posléze i evropských respirologů. Z tohoto období pocházejí prioritní práce o změnách funkční reziduální kapacity plic při modelových plicních onemocněních a o vlivu opakovaných plicních zánětů na rozvoj plicní hypertenze. Prof. Paleček má nemalou zásluhu i na organizačním začlenění československé Společnosti fyziologie a patologie dýchání, jejímž předsedou byl po řadu let, do evropského kontextu v rámci Evropské společnosti klinické respirační fyziologie. I za jeho vedení pokračovala spolupráce ústavu s Fyziologickým ústavem ČSAV při výuce a výuka byla modernizována. Byly navázány odborné kontakty s předními fyziologickými pracovišti v oboru respirologie (Sheffied, Londýn, Denver, Galveston, Lovaň). Výuka patologické fyziologie je studenty vysoce hodnocena.
