V letech 2023–2025 získali pregraduální i postgraduální studenti řadu cen za svoji výzkumnou a vědeckou činnost na Ústavu anatomie. Oceněny byly výhradně jejich prvoautorské články, přednášky nebo postery a ceny zahrnovaly jak fakultní oblast (např. cena prof. Josefa Kouteckého za nejlepší vědeckou práci pregraduálního studenta), tak oblast anatomie (např. Bochdalekova cena České anatomické společnosti za nejlepší vědeckou práci v oboru klinické anatomie nebo cena za nejlepší poster na International Symposium on Clinical and Applied Anatomy ve Swansea, Velká Británie) i oblasti klinické medicíny (např. Reinišova cena České angiologické společnosti za nejlepší odborný článek autora do 35 let v oboru angiologie). Detailně jsou ceny i ocenění autoři uvedeni na stránkách ústavu.