(doc. MUDr. Václava Konrádová, DrSc.)
Základem ústavu se stala laboratoř elektronové mikroskopie, která jako součást ústavu výzkumu vývoje dítěte FDL UK existovala od roku 1961. Počátkem roku 1990 pověřilo vedení 2. LF UK vedoucí lékařku této laboratoře – doc. MUDr. Konrádovou, DrSc., přípravou výuky histologie a embryologie na fakultě. V areálu teoretických a preklinických ústavů 2. LF UK se podařilo vybudovat posluchárny pro semináře a praktická cvičení a do zahájení výuky v akademickém roce 1990/1991, tedy v neuvěřitelně krátkém období, zajistit i veškerou potřebnou výukovou dokumentaci. O rok později byla zahájena i výuka zahraničních studentů v angličtině. Také histologie a embryologie je náplní studia prvních dvou semestrů. Embryologii přednáší našim i zahraničním studentům v částečném pracovním úvazku profesor MUDr. J.E. Jirásek, DrSc.
Výzkumná práce ústavu se zaměřuje zejména na studium ultrastruktury dýchacích orgánů, zvláště problematiku vlivu různých onemocnění, škodlivých látek, léků a terapeutických i experimentálních zásahů na epitel dýchacích cest. Výhledově se výzkumná tématika nezmění.
