(doc. MUDr. Jiří Šnajdauf, DrSc.)
Současně se vznikem samostatné fakulty byla v roce 1953 zřízena klinika dětské chirurgie. Do roku 1968 byl jejím přednostou dětský chirurg světového formátu – profesor MUDr. Václav Kafka, DrSc., který byl zakladatelem moderní dětské chirurgie v Československu. Pod jeho vedením se na klinice rozvíjela dětská chirurgie v plném rozsahu, včetně neurochirurgie, kardiochirurgie, urologie a onkochirurgie. V letech 1968–1979 byl přednostou kliniky prof. MUDr. Václav Tošovský, DrSc. V tomto období nastala úzká specializace i v dětské chirurgii, takže se z kliniky postupně odštěpila samostatná pracoviště dětské kardiochirurgie (prof. MUDr. B. Hučín, DrSc.), klinika dětské onkologie (prof. MUDr. Josef Koutecký, DrSc.) a oddělení dětské neurochirurgie (prof. MUDr. V. Beneš, CSc., v současnosti prim. MUDr. M. Tichý), která v krátké době dosáhla vynikajících výsledků. Nástupcem prof. Tošovského se stal v letech 1979–1990 prof. MUDr. Miroslav Kabelka, DrSc., který vybudoval oddělení novorozenecké chirurgie a dále rozvíjel hlavně oblast hrudní, ale i břišní chirurgie. Od roku 1990 je přednostou kliniky doc. MUDr. Jiří Šnajdauf, DrSc. V současnosti má klinika 86 lůžek na čtyřech základních odděleních. Kromě svého „officia“ z obecné chirurgie pro pět pražských obvodů se specializuje na novorozeneckou chirurgii, hrudní chirurgii, proktologii, onkochirurgii, urologii a traumatologii. Ročně je v průměru operováno 2000 dětí. Na den (včetně sobot a nedělí) připadá šest operací. Těmito počty se řadí pracoviště mezi nejproduktivnější v Evropě. Na jednoho chirurga připadá ročně 130 operací. Jako jediná v České republice má klinika samostatné oddělení novorozenecké chirurgie, na které je ročně přijato 80 chirurgicky nemocných novorozenců. V oblasti hrudní chirurgie se zaměřuje na pacienty s vrozenými defekty hrudní stěny a ve velkém rozsahu vyšetřuje a léčí pacienty s vrozenými a funkčními vadami jícnu. Na pracovišti je operována většina dětí s nádory mediastina. V oblasti hrudní chirurgie se zavedly nové operační techniky (laser, CUSA). Díky spolupráci s klinikou dětské onkologie, kde se koncentrují dětští onkologičtí pacienti prakticky z celých Čech, bylo možné získat velké zkušenosti s operacemi solidních nádorů hrudníku, dutiny břišní a retroperitonea. V letech 1980–1992 jsme operovali 1154 dětí se solidními nádory. Jaterní chirurgie je cílena na problematiku rozšířených resekcí u maligních nádorů jater. Současné výsledky jsou srovnatelné s pracovišti v západním světě. V oblasti dětské urologie je hlavním zájmem problematika vesikoureterálního refluxu a subrenální obstrukce. Na klinice se koncentrují pacienti s rozštěpovou vadou močového měchýře. Ve spolupráci s I. dětskou klinikou se urologové podílejí na problematice transplantace ledvin. Další sférou zájmu je chirurgická léčba vrozené střevní aganglionózy (tzv. Hirschsprungovy choroby) a složitých anorektálních a kloakálních malformací a konečně i problematika těžkých polytraumat (spolu s anesteziologicko-resuscitační klinikou).
Na výuce chirurgie pro studenty 2. LF UK participuje klinika výukou obecné a dětské chirurgie (včetně státní závěrečné zkoušky). Rozsáhlá je i výuková činnost postgraduální.
V současném období připravují dětští chirurgové program transplantace jater v dětském věku.
