(prof. MUDr. Jan Švihovec, DrSc.)
Vznik ústavu se datuje 1. lednem roku 1955. Od toho dne až do konce roku 1971 byl ústav spojen s laboratoří Ústavu organické chemie a biochemie ČSAV, kdy byla tato laboratoř přeměněna v samostatný Farmakologický ústav ČSAV. Pracoviště je od svého vzniku dosud umístěno v Purkyňově ústavu na Albertově. Jeho prvním přednostou byla profesorka MUDr. Helena Rašková, DrSc., druhým (1972 – říjen 1988) profesor MUDr. Jiří Vaněček, DrSc. Od listopadu roku 1988 vede ústav prof. Švihovec, DrSc. Ve výuce farmakologie se ústav snaží pokrýt jak obecnou farmakologii, která by měla studentům přiblížit základní principy účinku léčiv, tak i farmakologii speciální, zaměřenou na základní farmakoterapeutické principy. V celé výuce je prosazován terapeutický aspekt, který by měl položit základní znalosti potřebné pro racionální farmakoterapii. Výuka probíhá ve 4. ročníku studií (2 semestry). V budoucnu je nutno více prosazovat zásady klinické farmakologie v celém systému výuky.
Ve výzkumné činnosti se ústav soustředil zpočátku na farmakologii bakteriálních toxinů, v současné době na problematiku placentárního transportu, farmakologii kardiovaskulárního systému a na otázky klinické farmakologie. Na ústavu vyrostla řada významných farmakologů a spolupracovalo s ním i více předních klinických pracovníků.
