Ze sekvencí bakteriálních genomů se snažím vydedukovat průběh evoluce

RNDr. Jaroslav Nunvář, Ph.D. (Ústav lékařské mikrobiologie), získal Cenu Ervína Adama za rok 2017, kterou uděluje vědecká rada 2. lékařské fakulty za vynikající práci preventivního významu pro zdraví populace (v oblastech etiologie, patofyziologie, diagnostiky i terapie). Cena byla předána 15. listopadu 2018 na slavnostním zasedání vědecké rady v kinosále FN Motol. Přečtěte si rozhovor o jeho práci a názorech na situaci mladých vědců.


Jak se máte a co v těchto dnech děláte?

Mám se dobře, tedy po odfiltrování aspektů žité reality, které nemůžu změnit. Po hektickém jaru a létu jsem se přehoupnul do kontemplativního podzimu, čímž se symbolicky uzavírá roční cyklus. V pracovní rovině to znamená především finalizace grantu, který řešíme a v jehož rámci vznikla mimo jiné i oceněná publikace.

Co vás v oboru zajímá a čemu se věnujete?

V oboru mikrobiologie mě nejvíc zajímá evoluce bakterií, což je poměrně nové odvětví evoluční biologie. U bakterií nemáme klasický fosilní záznam – jsme zcela závislí na znalostech sekvencí DNA. Sekvence v sobě naštěstí obsahují „molekulární fosílie“, a to v hojné míře. Věnuju se recentní evoluci bakterií (v řádu jednotek, maximálně desítek let). Snažím se ze sekvencí bakteriálních genomů vydedukovat průběh evoluce a klíčové změny, které se při ní odehrály.

Oč jde v článku, jehož jste hlavním autorem a který byl oceněn?

V devadesátých letech se mezi českými pacienty s cystickou fibrózou šířila patogenní bakterie Burkholderia cenocepacia, konkrétně klon ST32. Onemocnělo přes 50 lidí a většina během deseti let zemřela na zápal plic kombinovaný s otravou krve (tzv. cepacia syndrom). V článku jsou analyzovány změny v genetické informaci B. cenocepacia ST32 , ke kterým dochází v průběhu přibližně dekády chronické plicní infekce. Překvapilo mě, jak jsou tyto bakterie proměnlivé – některé jejich geny mutovaly prakticky u všech pacientů, které jsme měli v analýze. „Skákající geny“ (transpozony) skákaly, velké části genomů byly odvrhnuty jako nepotřebné. Také se podařilo identifikovat mutace v genu katalázy KatG, které jsou spojené se vznikem cepacia syndromu a nevyskytují se u pacientů se stabilizovanou infekcí.

Jak vnímáte svůj status postdoka? Pokládáte zdejší systém „vyzrávání“ mladých vědců za efektivní?

Být postdokem (natož doktorandem) asi není „terno“ nikde – mladí účastníci zahraničních konferencí, které jsem za poslední roky navštívil, často vykazovali znaky subdepresivity. Začínající profesionální vědec těžce shání grantové peníze pro svůj výzkum – systém je nastaven na scientometrické výsledky šéfů týmů, kteří již mají hodnosti docentů a vyšší. Granty pro juniorské výzkumníky existují, bývají ale podmíněné dlouhodobou zahraniční stáží. To považuju za zbytečně striktní vzhledem k tomu, že po materiální stránce jsou dnes české vědecké laboratoře většinou srovnatelně vybavené, a co se týče odborných znalostí a dovedností, komu není shůry dáno, na stáži zpravidla nekoupí.

Náš systém financování je založen na tvrdé kompetici, kde se mezi poměrně málo vítězů dělí velký balík peněz. Dravost a ambicióznost zvyšují jak šance se do vítězného týmu dostat, tak prorazit coby nováček. Osobně bych byl rád, kdyby se mezi mladými vědci zvýšila míra klasických ctností jako skromnost, uměřenost, zdrženlivost a nadhled. Institucionální finanční podpora jako alternativa k soutěžím všeho druhu tomu může pomoci.

Na snímku zleva: děkan 2. lékařské fakulty Vladimír Komárek a prof. Josef Koutecký, předseda soutěžní komise.
Fotografie na této stránce: Michal Hladík (2. LF).
Vydáno: 27. 11. 2018 / Odpovědná osoba: Mgr. Petr Andreas, Ph.D.